Un premier article signé Igor Chudov, très sérieux mais assez rigolo quand même. J’ai traduit sous les illustrations le texte qui y figure et j’ai souligné ce que l’auteur a souligné en rouge.
Le SARS-Cov-2 a-t-il été CONÇU pour engendrer autant de variants?
Ralph Baric a créé un variant du SARS à mutation accélérée en 2010
Igor Chudov
26 mars
Comme de nouveaux variants de Sars-Cov-2 apparaissent de plus en plus rapidement, nous devons nous demander ce qui fait que la quasi-espèce Sars-Cov-2 mute si vite, beaucoup plus vite que le Sars original de 2003, engendrant une infinité de nouveaux variants.
Il s’avère que la science a peut-être la réponse! Un scientifique de génie bien connu, Ralph Baric, a publié une recherche intéressante en 2010:
L’infidélité de la réplication du virus mutant Nsp14-Exonucléase du SARS-CoV est révélée par le séquençage complet du génome
Lance D. Eckerle, Michelle M. Becker, Rebecca A. Halpin, Kelvin Li, Eli Venter, Xiaotao Lu, Sana Scherbakova, Rachel L. Graham, Ralph S. Baric, Timothy B. Stockwell, David J. Spiro, Mark R. Denison
PLOS
Publié : 6 mai 2010
https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000896Résumé
La plupart des virus à ARN ne disposent pas des mécanismes nécessaires pour reconnaître et corriger les mutations qui surviennent lors de la réplication du génome, ce qui entraîne une diversité de quasi-espèces nécessaire à la pathogenèse et à l’adaptation. Cependant, on ne sait pas comment les virus codant pour de grands génomes ARN viraux tels que les Coronaviridae (26 à 32 kb) équilibrent les exigences de stabilité du génome et de diversité de la quasi-espèce. De plus, les limites de l’infidélité de réplication pendant la réplication des grands génomes d’ARN et l’impact de la diminution de la fidélité sur l’aptitude du virus au fil du temps ne sont pas connus. Nos travaux précédents ont démontré que l’inactivation génétique de l’exoribonucléase (ExoN) du coronavirus dans la protéine non structurale 14 (nsp14) du virus de l’hépatite murine entraîne une diminution de 15 fois de la fidélité de réplication. Cependant, on ne sait pas si la protéine nsp14-ExoN est nécessaire à la fidélité de réplication de tous les coronavirus, ni l’impact de la diminution de la fidélité sur la diversité du génome et la forme physique pendant la réplication et le passage. Nous rapportons ici l’ingénierie et la récupération de virus mutants nsp14-ExoN du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) qui présentent des défauts de croissance stables et démontrent une augmentation de 21 fois de la fréquence de mutation pendant la réplication en culture. L’analyse des séquences complètes du génome des clones viraux mutants SARS-ExoN a révélé des ensembles de mutations uniques dans chaque génome examiné provenant du même cycle de réplication et un total de 100 mutations uniques dans tout le génome. À l’aide de nouveaux outils bioinformatiques et du séquençage profond du génome complet après 10 passages de population in vitro, nous démontrons la rétention des mutations ExoN et l’augmentation continue de la diversité et de la charge mutationnelle par rapport au SARS-CoV de type sauvage. Les résultats définissent un nouveau modèle génétique et bioinformatique pour l’introduction et l’identification de mutations multi-alléliques dans des virus capables de se répliquer, qui seront des outils puissants pour tester les effets d’une diminution de la fidélité et d’une augmentation de la diversité des quasi-espèces sur la réplication, la pathogenèse et l’évolution virales.
Pourquoi cet article vieux de 12 ans est-il si intéressant? Parce qu’il montre comment Ralph Baric, l’éminent chercheur en matière de gain de fonction, a modifié le virus du SARS (le SARS original de 2003) afin de le faire muter plus rapidement et de lui permettre de créer de nouveaux variants à un rythme plus soutenu.
Apparemment, Ralph Baric était mécontent que le virus original du SARS, bien que hautement pathogène, ne mute pas assez vite. Lui et ses coauteurs ont donc entrepris de modifier le virus du SARS pour qu’il mute plus rapidement!
En tant que brillants chercheurs, ils ont trouvé le moyen d’y parvenir :
Nous rapportons ici l’ingénierie et la récupération de virus mutants nsp14-ExoN du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) qui présentent des défauts de croissance stables et dont la fréquence de mutation est multipliée par 21 pendant la réplication en culture.
À l’aide de nouveaux outils bioinformatiques et du séquençage profond du génome complet après 10 passages de population in vitro, nous démontrons la rétention des mutations ExoN et l’augmentation continue de la diversité et de la charge mutationnelle par rapport au SARS-CoV de type sauvage. Les résultats définissent un nouveau modèle génétique et bioinformatique pour l’introduction et l’identification de mutations multi-alléliques dans des virus capables de se répliquer, qui seront des outils puissants pour tester les effets d’une diminution de la fidélité et d’une augmentation de la diversité des quasi-espèces sur la réplication, la pathogenèse et l’évolution virales.
Financement : Ce travail a été soutenu par des bourses du Service de Santé Publique de l’Institut National des Allergies et des Maladies Infectieuses.
Pour résumer ce qu’ils ont fait en langage simple, ils ont utilisé des outils logiciels de bioinformatique pour trouver les changements génétiques nécessaires pour que le virus mute plus rapidement lors de la réplication, ce qui lui permet d’engendrer plus de variants plus rapidement, tout en restant robuste et compétent pour la réplication.
Ils ont découvert que les mutations dites « ExoN », telles que nsp14-ExoN, font muter le virus 21 fois plus vite, tout en le maintenant compétent pour la réplication (c’est-à-dire qu’il est toujours capable de se répliquer). Ils l’ont également fait passer 10 fois in-vitro comme preuve de concept, pour s’assurer que ce variant mutant du Sars mute effectivement 21 fois plus vite pour engendrer encore plus de variants.
Notez que nsp14 est une « protéine non structurelle » qui doit être mutée pour désactiver la correction des erreurs et permettre l’apparition d’autres mutations pendant la réplication virale.
Et alors, me direz-vous? Pourquoi devrions-nous nous intéresser à cette obscure protéine?
Le Sars-Cov-2 mute plus vite à cause de NSP14
Il s’avère que le Sars-Cov-2 est également connu pour muter plus rapidement à cause des mutations de nsp14…
Les mutations de la protéine nsp14 du SRAS-CoV-2 sont fortement associées à une augmentation de la charge de mutation à l’échelle du génome.
[…]
pour lutter contre la maladie. Dans cette étude, nous avons analysé les densités de mutation des isolats viraux portant des mutations fréquemment observées pour quatre protéines du complexe de synthèse de l’ARN au fil du temps, par rapport aux isolats de type sauvage. Nos observations suggèrent que les mutations de nsp14, une protéine exonucléase correctrice d’erreurs, ont la plus forte association avec une charge de mutation accrue sans pression sélective et à travers le génome, par rapport à nsp7, nsp8 et nsp12, qui forment le noyau du complexe de la polymérase. Nous proposons la nsp14 comme cible de recherche prioritaire pour comprendre le taux de variance génomique dans les isolats du SARS-CoV-2 et les mutations nsp14 comme prédicteurs potentiels des souches à forte mutabilité.
… Et le Sars-Cov-2 contient des nsp14 du Sars mutés:
que la sous-unité nsp14 ExoN du CoV a une fonction supplémentaire, qui est apparemment essentielle à la synthèse de l’ARN viral primaire et diffère donc de la fonction de relecture qui, sur la base d’études antérieures sur le MHV et le SARS-CoV, a été proposée pour renforcer la fidélité de la réplication à plus long terme. IMPORTANCE La sous-unité bifonctionnelle nsp14 de la réplicase des coronavirus contient des domaines 3′-to-5′ exoribonucléase (ExoN) et guanine-N7-méthyltransférase. Pour les bétacoronavirus MHV et SARS-CoV, ExoN a été signalé pour promouvoir la fidélité de la réplication du génome, probablement en médiant une forme de relecture. Pour ces virus, les mutants knock-out ExoN sont viables tout en affichant une fréquence de mutation accrue. De manière frappante, nous avons maintenant établi que les mutants knock-out ExoN équivalents de deux autres bétacoronavirus, le MERS-CoV et le SARS-CoV-2, sont non viables, ce qui suggère une fonction ExoN supplémentaire et critique dans leur réplication. Cela est remarquable compte tenu de la distance génétique très limitée entre le SARS-CoV et le SARS-CoV-2, qui est mise en évidence, par exemple, par l’identité de séquence de 95 % des acides aminés dans leurs séquences nsp14. Les deux activités enzymatiques de la nsp14 (recombinante) du MERS-CoV ont été évaluées à l’aide de nouveaux tests in vitro qui peuvent être utilisés pour caractériser plus en détail ces enzymes clés de la réplication et explorer leur potentiel en tant que cible pour le développement de médicaments antiviraux.
Donc, Sars-Cov-2 contient un nsp14 muté du SARS. Comment se comporte-t-il dans la vie réelle? Très bien, en fait! Les mutations du nsp14 ont favorisé l’apparition de nouveaux variants.
Résultats de l’étude
L’examen des nouveaux génomes du SARS-CoV-2 provenant de ces régions du monde a permis de découvrir les variants BA.1.1 et BA.2. Il est intéressant de noter que ces régions ont été témoins de la résurgence du COVID-19, malgré un bon contrôle préalable. Cela indique que les nouvelles mutations ont pu contribuer à l’augmentation des nouveaux cas dans ces deux pays.
Contrairement au reste du monde, la Nouvelle-Zélande a signalé son premier cas Omicron dû au BA.1 en décembre 2021, et le premier BA.1.1 seulement le premier jour de 2022. Pendant ce temps, l’augmentation des cas de COVID-19 en Nouvelle-Zélande est survenue à partir du 22 février 2022, ce qui conduit à postuler que pendant cette période, l’évolution virale s’est poursuivie.
Cette évolution a été facilitée par l’apparition de jusqu’à 70 mutations par génome viral, les variantes BA.1.1 et BA.2 étant à l’origine de la plupart des cas, tandis que la variante BA.1 semblait s’estomper.
Les nouvelles mutations ont été trouvées dans la protéine non structurelle (NSP)3, NSP10 et NSP14, toutes trois présentes dans les génomes BA.1.1. La mutation NSP10 a été trouvée dans plus de 700 génomes de SARS-CoV-2 ; toutefois, les mutations NSP3 et NSP14 ne se produisent pas ensemble et affectent différentes parties du génome BA.1.1.
Rien à voir ici
Il pourrait s’agir d’une pure coïncidence: certaines chauves-souris, installées dans des grottes à 1000 km de Wuhan, ont décidé par pur hasard de suivre la suggestion de l’article de Baric de 2010 et ont modifié les gènes nsp14 ExoN afin de faire muter leur virus plus rapidement – juste pour le plaisir.
Nous connaissons la suite de l’histoire: ces chauves-souris ont également emprunté des parties du génome du VIH, et des éléments de code génétique pour fabriquer le peptide NGVEGF de la grippe porcine de 2008. En outre, ces chauves-souris ont illégalement violé le brevet de Moderna et ont également inséré une séquence brevetée par Moderna à l’endroit clé du virus Sars-Cov-2, évidemment sans l’autorisation de Moderna.
Franchement, pourquoi Moderna donnerait-elle à des chauves-souris la permission d’utiliser son code breveté dans le Sars-Cov-2? Il n’y a pas la moindre raison! Les milliards que Moderna a gagnés avec les vaccins Covid-19 n’ont sûrement aucun rapport.
Une fois les modifications génétiques effectuées, ces chauves-souris se sont envolées à 1000 km de leur grotte pour rejoindre Wuhan, en Chine, et ont déclenché une pandémie mondiale en plein « marché humide », à 2 km de l’Institut de virologie de Wuhan. Tout ceci n’est, bien sûr, qu’une coïncidence. Il n’y a rien à voir ici. Passez à autre chose, ignorez cette histoire et ne partagez PAS cet article!
Texte original
Was Sars-Cov-2 DESIGNED to Spawn so Many Variants?
Ralph Baric Engineered Faster Mutating SARS Variant in 2010
Igor Chudov
Mar 26
As new variants of Sars-Cov-2 keep appearing faster and faster, we have to ask what makes the Sars-Cov-2 quasispecies mutate so fast, so much faster than the original Sars from 2003, spawning endless new variants.
It turns out that science may have the answer for us! A well known genius scientist Ralph Baric published an interesting piece of research in 2010:
Why is this 12 year old article so interesting? Because it shows how the leading Gain-of-Function researcher Ralph Baric was messing around with the SARS (the original SARS of 2003) virus in order to make it mutate faster and be able to spawn new variants at a greater rate.
Apparently, Ralph Baric was unhappy that the original Sars virus, while highly pathogenic, was not mutating fast enough. So he and his coauthors set out to make changes to the SARS virus to mutate faster!
Being brilliant researchers, they found a way to do it:
We report here the engineering and recovery of nsp14-ExoN mutant viruses of severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) that have stable growth defects and demonstrate a 21-fold increase in mutation frequency during replication in culture.
Using novel bioinformatic tools and deep sequencing across the full-length genome following 10 population passages in vitro, we demonstrate retention of ExoN mutations and continued increased diversity and mutational load compared to wild-type SARS-CoV. The results define a novel genetic and bioinformatics model for introduction and identification of multi-allelic mutations in replication competent viruses that will be powerful tools for testing the effects of decreased fidelity and increased quasispecies diversity on viral replication, pathogenesis, and evolution.
Funding: This work was supported by Public Health Service awards from the National Institute of Allergy and Infectious Diseases
To restate what they did in simple language: they used computer bioinformatic tools to find genetic changes required to make the virus mutate faster upon replication, thus allowing it to spawn more variants faster, while still remaining robust and replication competent.
They found that so called “ExoN” mutations such as nsp14-ExoN, make the virus mutate 21 times faster, while keeping it replication competent (so that it is still able to replicate). They also passed it 10 times in-vitro as proof of concept, making sure that this mutant Sars variant indeed mutates 21 times faster to spawn even more variants.
Mind you, nsp14 is a “non-structural protein” that needs to be mutated to disable error correction and allow more mutations to appear during viral replication.
So what, you would say? Why should we care about this obscure protein?
Sars-Cov-2 Mutates Faster Because of NSP14
Turns out that Sars-Cov-2 is also known to mutate faster because of nsp14 mutations…
… And Sars-Cov-2 contains mutated Sars nsp14:
So, Sars-Cov-2 contains a mutated nsp14 from SARS. How does it do in real life? Turns out, very well! nsp14 mutations helped new variants to occur.
Nothing to See Here
This might be a pure coincidence: certain bats, sitting in the caves 1,000 km away from Wuhan, purely by chance decided to follow the suggestion of the 2010 Baric article and modified the nsp14 ExoN genes in order to make their virus mutate faster — just for fun.
We know the rest of the story: those bats also borrowed parts of the HIV genome, and parts of genetic code to make the NGVEGF peptide from Swine Flu of 2008. In addition, these bats illegally violated Moderna’s patent and inserted a Moderna patented sequence into the key place of the Sars-Cov-2 virus as well, obviously without Moderna’s permission.
I mean, why would Moderna give bats permission to use its patented code in Sars-Cov-2? There is no reason at all! The billions that Moderna made from Covid-19 vaccines, surely, are completely unrelated.
When done with the genetic modifications, those bats flew 1,000 km from their caves to Wuhan, China and started a global pandemic right in the “wet market” 2km away from the Wuhan Institute of Virology. All this is, of course, only a coincidence. There is nothing to see here. Please move on, ignore it, and do NOT share this article!
Le blog de Skidmark 