Voici la traduction d’un article de 42 pages qui présente un tour d’horizon quasi-exhaustif des études médicales sur les mécanismes et la sécurité des « vaccins » à ce jour. Le tout est évidemment sourcé : la liste des références bibliographiques est en bas de page, par ordre alphabétique, et un lien est inclus vers chaque article cité. Les deux illustrations qui figurent dans le texte original ne sont pas reprises ici mais vous pouvez les retrouver dans le pdf original (voir source ci-dessous).

Cette monographie est le résultat de l’énorme travail de Stephanie Seneff (dont une précédente mention dans cet article) et Greg Nigh. Qu’ils en soient remerciés.

J’ai fait le (moins énorme) travail de le traduire.

A vous de faire l'(encore moins énorme) travail de le lire, et éventuellement de le partager, en tout ou en partie, avec vos proches, sur vos réseaux sociaux (qui ne manqueront pas de le censurer) ou sur votre blog (j’en profite ici pour saluer tous les courageux blogueurs qui oeuvrent à diffuser l’info) : c’est un article de référence.

Ne vous laissez pas décourager par les nombreux termes et concepts médicaux présents dans cet article. Les quelques recherches que j’ai faites pour les traduire correctement en valaient la peine. Ça reste de la vulgarisation même si ça demande un petit effort.

Merci et bonne lecture.

Source.

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Pire que la maladie? Examen de certaines conséquences involontaires possibles des vaccins à ARNm contre le COVID-19

INTERNATIONAL JOURNAL OF VACCINE THEORY, PRACTICE AND RESEARCH

Stephanie Seneff

Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory, MIT, Cambridge MA, 02139, USA, E-mail: seneff@csail.mit.edu

Greg Nigh

Naturopathic Oncology, Immersion Health, Portland, OR 97214, USA

ABSTRACT

L’opération Warp Speed ​​a mis sur le marché aux États-Unis deux vaccins à ARNm, produits par Pfizer et Moderna. Les données intermédiaires suggèrent une efficacité élevée pour ces deux vaccins, ce qui a contribué à légitimer l’autorisation d’utilisation d’urgence (EUA) par la FDA. Cependant, la mise en oeuvre exceptionnellement rapide de ces vaccins, depuis des essais contrôlés vers un déploiement de masse, soulève de multiples problèmes de sécurité. Dans cette analyse, nous décrirons d’abord en détail la technologie sous-jacente à ces vaccins. Nous examinerons ensuite les deux composants et la réponse biologique prévue à ces vaccins, y compris la production de la protéine de pointe elle-même, et leur relation potentielle avec un large éventail de pathologies induites, à la fois aiguës et à long terme, telles que les troubles sanguins, les maladies neurodégénératives et les maladies auto-immunes. Parmi ces potentielles pathologies induites, nous discuterons de la pertinence des séquences d’acides aminés liées à la protéine prion au sein de la protéine de pointe. Nous présenterons également un bref bilan des études soutenant le potentiel de « délestage » de la protéine de pointe, la transmission de la protéine d’une personne vaccinée à une personne non vaccinée, entraînant des symptômes induits chez cette dernière. Nous terminerons en abordant un point de débat commun, à savoir : si ces vaccins pourraient ou non modifier l’ADN des personnes vaccinées. Bien qu’il n’y ait aucune étude démontrant clairement que cela se produit, nous proposons un scénario plausible, soutenu par des voies précédemment établies de la transformation et le transport du matériel génétique, dans lesquelles l’ARNm injecté pourrait finalement être incorporé dans l’ADN des cellules germinales menant à une transmission transgénérationnelle. Nous concluerons par nos recommandations pour une surveillance qui aideront à clarifier les effets à long terme de ces médicaments expérimentaux et nous permettront de mieux évaluer le véritable rapport risque/bénéfice de ces nouvelles technologies.

Mots clés : facilitation de l’infection par anticorps, maladies auto-immunes, édition de gènes, nanoparticules lipidiques, ARN messager, maladies à prions, transcription inverse, vaccins SARS-CoV-2

Introduction

Sans précédent. Ce mot a défini tant de choses de l’année de 2020 et de la pandémie liée au SARS-CoV-2. En plus d’une maladie sans précédent et de sa réponse mondiale, le COVID-19 a également initié un processus sans précédent de recherche, de production, de test et de distribution publique de vaccins (Shaw, 2021). Le sentiment d’urgence qui entoure la lutte contre le virus a conduit à la création, en mars 2020, de l’opération Warp Speed (OWS), le programme du président de l’époque, Donald Trump, visant à mettre sur le marché un vaccin contre le COVID-19 le plus rapidement possible (Jacobs et Armstrong, 2020).

L’OWS a instauré quelques autres mécanismes sans précédent, liés au COVID-19. Premièrement, il a amené le Département américain de la Défense à collaborer directement avec les Départements de la Santé américains en ce qui concerne la distribution de vaccins (Bonsell, 2021). Deuxièmement, les National Institutes of Health (NIH) ont collaboré avec la société de biotechnologie Moderna pour mettre sur le marché un type de vaccin sans précédent contre les maladies infectieuses, utilisant une technologie basée sur l’ARN messager (ARNm) (National Institutes of Health, 2020).

La confluence de ces événements sans précédent a rapidement fait prendre conscience au public de la promesse et du potentiel des vaccins à ARNm en tant que nouvelle arme contre les maladies infectieuses pour le futur. Dans le même temps, les événements sans précédent sont, par définition, sans histoire ni contexte qui permettraient d’évaluer pleinement les risques, les avantages espérés, la sécurité et la viabilité à long terme en tant que contribution positive à la santé publique.

Dans cet article, nous passerons brièvement en revue un aspect particulier de ces événements sans précédent, à savoir le développement et le déploiement de vaccins à ARNm contre la classe ciblée de maladies infectieuses sous l’égide du « SARS-CoV-2 ». Nous pensons que bon nombre des problèmes que nous soulevons ici seront applicables à tout futur vaccin à ARNm qui pourrait être produit contre d’autres agents infectieux, ou dans leurs applications liées au cancer et aux maladies génétiques, tandis que d’autres semblent spécifiquement pertinents pour les vaccins à ARNm actuellement mis en œuvre contre la sous-classe des virus corona. Alors que les promesses de cette technologie ont été largement annoncées, les risques évalués objectivement et les problèmes de sécurité ont reçu une attention beaucoup moins détaillée. Nous avons l’intention d’examiner plusieurs aspects moléculaires très préoccupants de la technologie des ARNm liés aux maladies infectieuses et de les corréler avec des effets pathologiques documentés et potentiels.

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Sans précédent

De nombreux aspects du Covid-19 et du développement ultérieur d’un vaccin sont sans précédent dans le cadre d’un vaccin déployé pour une utilisation dans la population générale. Certains d’entre eux comprennent les suivants.

1. Premier à utiliser du PEG (polyéthylène glycol) en injection (voir texte)
2. Premier à utiliser la technologie des vaccins ARN contre un agent infectieux
3. Premier produit que Moderna met sur le marché
4. Première fois que les responsables de la santé publique disent aux personnes vaccinées de s’attendre à une réaction indésirable
5. Premier à être mis en œuvre publiquement sans rien de plus que des données d’efficacité préliminaires (voir texte)
6. Premier vaccin à ne faire aucune déclaration claire sur la réduction des infections, de la transmissibilité ou des décès
7. Premier vaccin contre le coronavirus jamais tenté chez l’homme
8. Première injection de polynucléotides génétiquement modifiés dans la population générale

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Développement des vaccins

Le développement de vaccins à ARNm contre les maladies infectieuses est sans précédent à bien des égards. Dans une publication de 2018 parrainée par la Fondation Bill et Melinda Gates, les vaccins ont été divisés en trois catégories : Simples, Complexes et Sans Précédent (Young et al., 2018). Les vaccins Simples et Complexes représentaient des applications standard et modifiées des technologies vaccinales existantes. Sans Précédent représente une catégorie de vaccin contre une maladie pour laquelle il n’y a jamais eu de vaccin approprié auparavant. Les vaccins contre le VIH et le paludisme en sont des exemples. Comme l’indique leur analyse, illustrée à la figure 1, des vaccins sans précédent devraient mettre 12,5 ans à se développer. Plus inquiétant encore, ils ont 5 % de chances estimées de passer les essais de phase II (évaluation de l’efficacité) et, sur ces 5 %, 40 % de chances de passer les essais de phase III (évaluation des avantages pour la population). En d’autres termes, un vaccin Sans Précédent devait avoir une probabilité de succès de 2% au stade d’un essai clinique de phase III. Comme les auteurs l’ont dit sans ambages, il y a une « faible probabilité de succès, en particulier pour des vaccins sans précédent ». (Young et al., 2018)

(IMAGE)

Figure 1. Le lancement de vaccins innovants est coûteux et prend du temps, avec une faible probabilité de succès, en particulier pour des vaccins sans précédent (adapté de Young et al, 2018).

Dans cet esprit, deux ans plus tard, nous avons un vaccin sans précédent avec des rapports d’efficacité de 90 à 95 % (Baden et al. 2020). En fait, ces rapports d’efficacité sont la principale motivation du soutien public à l’adoption de la vaccination (U.S. Department of Health and Human Services, 2020). Cela défie non seulement les prédictions, mais aussi les attentes. Le British Medical Journal (BMJ) est peut-être la seule publication médicale conventionnelle de premier plan à avoir donné une tribune aux voix qui ont attiré l’attention sur les inquiétudes concernant l’efficacité des vaccins COVID-19. Il y a en effet des raisons de croire que les estimations d’efficacité doivent être réévaluées.

Peter Doshi, rédacteur en chef associé du BMJ, a publié deux analyses importantes (Doshi 2021a, 2021b) des données brutes publiées à la FDA par les fabricants de vaccins, données qui sont à la base de l’affirmation d’une efficacité élevée. Malheureusement, celles-ci ont été publiés sur le blog du BMJ et non dans son contenu évalué par des pairs. Doshi, cependant, a publié une étude sur l’efficacité du vaccin et l’utilité douteuse des critères d’évaluation des essais de vaccins dans le contenu évalué par les pairs du BMJ (Doshi 2020).

Un aspect central de la critique de Doshi des données préliminaires sur l’efficacité est l’exclusion de plus de 3.400 « cas suspects de COVID-19 » qui n’ont pas été inclus dans l’analyse intermédiaire des données du vaccin Pfizer soumises à la FDA. En outre, un pourcentage faible mais non négligeable d’individus dans les essais Moderna et Pfizer a été préliminairement évalué positif au SARS-CoV-1, malgré qu’une infection antérieure représente un motif d’exclusion. Pour ces raisons et d’autres, l’estimation provisoire de l’efficacité d’environ 95 % pour les deux vaccins est suspecte.

Une analyse plus récente s’est penchée spécifiquement sur la question de la réduction du risque relatif par rapport au risque absolu. Tandis que les estimations élevées de la réduction du risque sont basées sur les risques relatifs, la réduction du risque absolu est une mesure plus appropriée pour le grand public pour lui permettre de déterminer si une vaccination fournit une réduction significative du risque personnel. Dans cette analyse, en utilisant les données fournies par les fabricants de vaccins à la FDA, le vaccin Moderna au moment de l’analyse intermédiaire a démontré une réduction du risque absolu de 1,1 % (p = 0,004), tandis que la réduction du risque absolu du vaccin Pfizer était de 0,7 % (p <0.000) (Brown 2021).

D’autres ont soulevé d’importantes questions supplémentaires concernant le développement du vaccin COVID-19, des questions directement pertinentes pour les vaccins à ARNm examinés ici. Par exemple, Haidere, et. Al. (2021) identifient quatre « questions critiques » liées au développement de ces vaccins, des questions qui sont pertinentes à la fois pour leur sécurité et leur efficacité :

• Les vaccins stimuleront-ils la réponse immunitaire ?
• Les vaccins fourniront-ils une endurance immunitaire durable ?
• Comment le SARS-CoV-2 va-t-il muter ?
• Sommes-nous prêts pour les retours de flammes des vaccins ?

L’absence d’essais précliniques et cliniques standard et étendus des deux vaccins à ARNm mis en œuvre fait que chacune de ces questions n’aura de réponse qu’au fil du temps. Ce n’est désormais que par l’observation des données physiologiques et épidémiologiques pertinentes générées par la distribution à grande échelle des vaccins au grand public que ces questions seront résolues. Et cela ne sera possible que s’il existe un accès gratuit à des rapports impartiaux sur les résultats – ce qui semble peu probable étant donné la censure généralisée des informations relatives aux vaccins en raison du besoin perçu d’en déclarer le succès à tout prix.

Les deux vaccins à ARNm qui ont réussi les essais de phase 3 et sont maintenant distribués à la population générale sont le vaccin Moderna et le vaccin Pfizer-BioNTech. Ces vaccins ont beaucoup en commun. Les deux sont basés sur l’ARNm codant pour la protéine de pointe du virus SARS-CoV-2. Les deux ont démontré un taux d’efficacité relative de 94-95%. Les indications préliminaires sont que les anticorps sont toujours présents après trois mois. Les deux recommandent deux doses espacées de trois ou quatre semaines, et récemment, des rapports indiquent que des injections de rappel annuelles sont nécessaires (Mahose, 2021). Les deux sont administrés par injection musculaire et nécessitent tous deux un stockage au congélateur pour empêcher l’ARN de se décomposer. En effet, contrairement à l’ADN double brin, qui est très stable, les produits d’ARN simple brin sont susceptibles d’être endommagés ou rendus inactifs à des températures chaudes et doivent être conservés à des températures extrêmement froides pour conserver leur efficacité potentielle (Pushparajah et al., 2021). Les fabricants prétendent que le vaccin Pfizer doit être conservé à -94 degrés Fahrenheit (-70 degrés Celsius), ce qui rend très difficile son transport et son maintien au froid jusqu’à son administration. Le vaccin Moderna peut être conservé pendant 6 mois à -4 degrés Fahrenheit (-20 degrés Celsius), et il peut être conservé en toute sécurité au réfrigérateur pendant 30 jours après décongélation (Zimmer et al., 2021).

Deux autres vaccins actuellement administrés sous autorisation d’urgence sont le vaccin Johnson & Johnson et le vaccin AstraZeneca. Les deux sont basés sur une technologie d’ADN vecteur très différente de la technologie utilisée dans les vaccins à ARNm. Bien que ces vaccins aient également été mis sur le marché après évaluation insuffisante, ils ne font pas l’objet de cet article, nous décrirons donc brièvement comment ils ont été développés. Ces vaccins sont basés sur une version défectueuse d’un adénovirus, un virus à ADN double brin responsable du rhume. L’adénovirus a été génétiquement modifié de deux manières, de sorte qu’il ne peut pas se répliquer en raison de gènes critiques manquants, et son génome a été augmenté avec le code ADN de la protéine de pointe SARS-CoV-2. La production d’AstraZeneca implique une lignée cellulaire humaine immortalisée appelée Human Embryonic Kidney (HEK) 293, qui est reproduite en culture avec les virus défectueux (Dicks et al., 2012). La lignée cellulaire HEK a été génétiquement modifiée dans les années 1970 en augmentant son ADN avec des segments d’un adénovirus qui fournissent les gènes manquants nécessaires à la réplication du virus défectueux (Louis et al., 1997). Johnson & Johnson utilise une technique similaire basée sur une lignée cellulaire rétinienne fœtale. Étant donné que la fabrication de ces vaccins nécessite des lignées cellulaires tumorales humaines génétiquement modifiées, il existe un potentiel de contamination de l’ADN humain ainsi que de nombreux autres contaminants potentiels.

Les médias ont suscité beaucoup d’enthousiasme à propos de cette technologie révolutionnaire, mais on peut également craindre qu’on ne réalise pas la complexité du potentiel du corps à réagir à l’ARNm étranger et à d’autres ingrédients de ces vaccins qui vont bien au-delà du simple objectif d’inciter le corps à produire des anticorps contre la protéine de pointe.

Dans la suite de cet article, nous décrirons d’abord plus en détail la technologie qui sous-tend les vaccins à ARNm. Nous consacrerons plusieurs sections aux aspects spécifiques des vaccins à ARNm qui nous préoccupent en raison du potentiel de conséquences négatives prévisibles et imprévisibles. Nous concluerons par un appel aux gouvernements et à l’industrie pharmaceutique à envisager de faire preuve d’une plus grande prudence dans l’entreprise actuelle de vacciner le plus de personnes possible contre le SARS-CoV-2.

Technologie des vaccins à ARNm

Dans la première phase du développement de la thérapie génique basée sur les nucléotides, des efforts considérables ont été investis dans la délivrance de gènes par le biais de plasmides d’ADN plutôt que par la technologie d’ARNm. Deux obstacles majeurs pour l’ARNm sont sa nature transitoire due à sa susceptibilité à la dégradation par les ARNases, ainsi que son potentiel connu d’invoquer une forte réponse immunitaire, qui interfère avec sa transcription en protéine. Il a été démontré que l’ADN plasmidique persiste dans le muscle jusqu’à six mois, alors que l’ARNm disparaît presque certainement beaucoup plus tôt. Pour les applications vaccinales, on pensait à l’origine que la nature immunogène de l’ARN pouvait être avantageuse, car l’ARNm pouvait également jouer le rôle d’adjuvant pour le vaccin, éliminant les arguments en faveur d’un additif toxique comme l’aluminium. Cependant, la réponse immunitaire se traduit non seulement par une réponse inflammatoire mais également par la clairance rapide de l’ARN et la suppression de la transcription. Cette idée s’est donc avérée peu pratique.

Il y a eu une longue période au cours de laquelle diverses idées ont été explorées pour essayer d’empêcher l’ARNm de se décomposer avant qu’il ne puisse produire des protéines. Une avancée majeure a été la réalisation que la substitution de la méthyl-pseudouridine à tous les nucléotides d’uridine stabiliserait l’ARN contre la dégradation, lui permettant de survivre assez longtemps pour produire des quantités adéquates d’antigène protéique nécessaire à l’immunogenèse (Liu, 2019). La forme d’ARNm délivrée dans le vaccin n’existe pas dans la nature et présente donc un potentiel de conséquences inconnues.

Les vaccins à ARNm Pfizer-BioNTech et Moderna sont basés sur des technologies très similaires, où une nanoparticule lipidique renferme une séquence d’ARN codant pour la protéine de pointe SARS-CoV-2 complète. Dans le processus de fabrication, la première étape consiste à assembler une molécule d’ADN codant pour la protéine de pointe. Ce processus est maintenant banalisé, il est donc relativement simple d’obtenir une molécule d’ADN à partir d’une spécification de la séquence de nucléotides (Corbett et al., 2020). Suite à une transcription in vitro sans cellule à partir de l’ADN, en utilisant une réaction enzymatique catalysée par l’ARN polymérase, l’ARN simple brin est stabilisé par des modifications nucléosidiques spécifiques et hautement purifié.

La société Moderna, à Cambridge, MA, est l’un des développeurs de vaccins à ARNm déployés pour le SARS-CoV-2. Les dirigeants de Moderna ont le projet grandiose d’étendre cette technologie à de nombreuses applications où le corps peut être dirigé pour produire des protéines thérapeutiques non seulement pour la production d’anticorps, mais aussi pour traiter les maladies génétiques et le cancer, entre autres. Ils développent une plate-forme générique où l’ADN est l’élément de stockage, l’ARN messager est le « logiciel » et les protéines pour lesquelles l’ARN code représentent divers domaines d’application. Leur projet est grandiose et les applications potentielles théoriques sont vastes (Moderna, 2020). La technologie est impressionnante, mais la manipulation du code de la vie pourrait entraîner des effets négatifs totalement imprévus, potentiellement à long terme voire permanents.

Le SARS-CoV-2 fait partie de la classe des virus à ARN à brin positif, ce qui signifie qu’ils codent directement pour les protéines codées par l’ARN, plutôt que de nécessiter une copie sur un brin antisens avant la traduction en protéine. Le virus se compose principalement de la molécule d’ARN simple brin emballée à l’intérieur d’une enveloppe protéique, constituée des protéines structurelles du virus, notamment la protéine de pointe, qui facilite à la fois la liaison virale à un récepteur (dans le cas du SARS-CoV-2, il s’agit du récepteur ACE2) et la fusion du virus avec la membrane de la cellule hôte. La protéine de pointe SARS-CoV-2 est la cible principale des anticorps neutralisants. C’est une glycoprotéine de fusion de classe I, et elle est analogue à l’hémagglutinine produite par les virus de la grippe et à la glycoprotéine de fusion produite par les virus syncytial, ainsi qu’à la gp160 produite par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) (Corbett et al., 2020).

Les vaccins à ARNm sont l’aboutissement d’années de recherche sur la possibilité d’utiliser l’ARN encapsulé dans une particule lipidique comme messager. La machinerie biologique existante de la cellule hôte est cooptée pour faciliter la production naturelle de protéines à partir de l’ARNm. Le domaine s’est épanoui en partie en raison de la facilité avec laquelle des séquences d’ADN oligonucléotidiques spécifiques peuvent être synthétisées en laboratoire sans l’implication directe d’organismes vivants. Cette technologie s’est banalisée et peut être utilisée à grande échelle, à un coût relativement faible. La conversion enzymatique de l’ADN en ARN est également simple et il est possible d’isoler de l’ARN simple brin essentiellement pur à partir de la soupe réactionnelle (Kosuri et Church, 2014).

1. Considérations dans la sélection et la modification de l’ARNm

Bien que le processus soit simple en principe, les fabricants de vaccins à ARNm sont confrontés à des défis techniques considérables. Le premier, comme nous l’avons vu, est que l’ARNm extracellulaire lui-même peut induire une réponse immunitaire qui entraînerait sa clairance rapide avant même d’être absorbée par les cellules. Ainsi, l’ARNm doit être enfermé dans une nanoparticule qui le gardera caché du système immunitaire. Le deuxième problème est d’amener les cellules à absorber les nanoparticules. Cela peut être résolu en partie en incorporant des phospholipides dans la nanoparticule pour tirer parti des voies naturelles de l’endocytose des particules lipidiques. Le troisième problème est d’activer la machinerie impliquée dans la traduction de l’ARN en protéine. Dans le cas du SARS-CoV-2, la protéine produite est la protéine de pointe. Après la synthèse de la protéine de pointe, les cellules présentatrices d’antigène doivent présenter la protéine de pointe aux cellules T, qui finiront par produire des anticorps protecteurs à mémoire (Moderna, 2020). Cette étape n’est pas particulièrement simple, car les nanoparticules sont majoritairement absorbées par les cellules musculaires qui, étant immobiles, ne sont pas nécessairement équipées pour déclencher une réponse immunitaire. Comme nous le verrons, le scénario probable est que la protéine de pointe est synthétisée par les cellules musculaires, puis transmise aux macrophages agissant comme des cellules présentatrices d’antigène, qui lancent ensuite la réponse en cascade génératrice d’anticorps à base de cellules B standard.

L’ARNm contenu dans les vaccins subit plusieurs étapes de modification suite à sa synthèse à partir d’une matrice d’ADN. Certaines de ces étapes impliquent de la préparer pour qu’elle ressemble exactement à une séquence d’ARNm humain modifiée de manière appropriée pour prendre en charge la traduction ribosomique en protéine. D’autres modifications ont pour objectif de le protéger de la dégradation, de sorte qu’une quantité suffisante de protéines puisse être produite pour provoquer une réponse en anticorps. L’ARNm non modifié induit une réponse immunitaire qui conduit à des taux sériques élevés d’interféron-α (IF-α), ce qui est considéré comme une réponse indésirable. Cependant, les chercheurs ont découvert que le remplacement de toutes les uridines de l’ARNm par la N-méthyl-pseudouridine améliore la stabilité de la molécule tout en réduisant son immunogénicité (Karikó et al. 2008; Corbett et al., 2020). Cette étape fait partie de la préparation de l’ARNm dans les vaccins, mais, en plus, une « coiffe » de 7-méthylguanosine est ajoutée à l’extrémité 5′ de la molécule et une queue poly-adénine (poly-A), constituée de 100 nucléotides d’adénine ou plus sont ajoutés à l’extrémité 3′. La coiffe et la queue sont essentielles au maintien de la stabilité de l’ARNm dans le cytosol et à la promotion de la traduction en protéine (Schlake et al., 2012 ; Gallie, 1991).

Normalement, la protéine de pointe bascule très facilement d’une configuration de pré-fusion à une configuration de post-fusion. La protéine de pointe qui se trouve dans ces vaccins a été modifiée pour l’encourager à favoriser une configuration stable dans son état de préfusion, car cet état provoque une réponse immunitaire plus forte (Jackson et al., 2020). Cela a été fait via une « mutation génétique », en remplaçant un segment critique à deux résidus par deux résidus de proline aux positions 986 et 987, au sommet de l’hélice centrale de la sous-unité S2 (Wrapp et al., 2020). La proline est un acide aminé très rigide, elle interfère donc avec la transition vers l’état de fusion. Cette modification fournit aux anticorps un bien meilleur accès au site critique qui prend en charge la fusion et l’absorption cellulaire ultérieure. Mais cela pourrait-il également signifier que la version génétiquement modifiée de la protéine de pointe produite par la cellule hôte humaine suivant les instructions de l’ARNm du vaccin persiste dans la membrane plasmique liée aux récepteurs ACE2 en raison de capacités de fusion altérées? Quelle peut en être la conséquence? Nous ne savons pas.

Des chercheurs chinois ont publié un rapport dans Nature en août 2020 dans lequel ils présentaient des données sur plusieurs vaccins expérimentaux à ARNm où l’ARNm codait pour divers fragments et protéines du virus SARS-CoV-2. Ils ont testé trois formulations vaccinales distinctes pour leur capacité à induire une réponse immunitaire appropriée chez la souris. Les trois protéines structurelles, S (spike), M et E sont des exigences minimales pour assembler une « particule de type virus » (VLP – virus-like particle). Leur hypothèse était que fournir M et E ainsi que la protéine de pointe S dans le code d’ARNm permettrait l’assemblage de VLP qui pourraient déclencher une réponse immunitaire améliorée, car elles ressemblent plus au virus naturel que la protéine S exposée à la surface des cellules. qui n’ont absorbé que l’ARNm de la protéine S des nanoparticules du vaccin. Ils espéraient également que des fragments critiques de la protéine de pointe seraient suffisants pour induire l’immunité, plutôt que la protéine de pointe entière, si des particules de type viral pouvaient être produites par augmentation avec M et E (Lu et al., 2020).

Ils ont confirmé expérimentalement qu’un vaccin contenant les gènes complets des trois protéines a suscité une réponse immunitaire robuste qui a duré au moins huit semaines après la deuxième dose du vaccin. Ses performances étaient de loin supérieures à celles d’un vaccin ne contenant que la protéine de pointe. De manière décevante, un vaccin qui ne contenait que des composants critiques de la protéine de pointe, augmenté des deux autres protéines d’enveloppe, n’a suscité pratiquement aucune réponse.

Les chercheurs de Moderna ont mené des études similaires avec des résultats similaires. Ils ont conclu que la protéine de pointe seule était clairement inférieure à une formulation contenant de l’ARN codant pour les trois protéines d’enveloppe, et ils ont émis l’hypothèse que cela était dû au fait que les trois protéines étaient nécessaires pour permettre à la cellule de libérer des particules virales intactes, plutôt que de simplement poster la protéine de pointe dans la membrane plasmique. La protéine de pointe seule n’a pas réussi à initier une réponse des lymphocytes T dans les études animales, alors que la formulation avec les trois protéines l’a fait (Corbett et al., 2020).

Les deux vaccins approuvés en urgence ne contiennent que le code ARNm de la protéine de pointe (sans E ni M), et il doit y avoir une bonne raison à cette décision, malgré ses mauvaises performances observées. Il est possible qu’une conception plus sophistiquée de la nanoparticule lipidique (voir ci-dessous) ait permis d’utiliser les lipides comme adjuvant (similaire à l’aluminium couramment ajouté aux vaccins traditionnels) tout en protégeant l’ARN de la dégradation.

Autre modification curieuse du code ARN, les développeurs ont enrichi la séquence en cytosines et guanines (C et G) au détriment des adénines et des uraciles (A et U). Ils ont pris soin de ne remplacer que la troisième position dans le codon de cette manière, et uniquement lorsque cela n’altère pas la carte des acides aminés (Hubert, 2020). Il a été démontré expérimentalement que les séquences d’ARNm riches en GC sont exprimées (traduites en protéine) jusqu’à 100 fois plus efficacement que les séquences pauvres en GC (Kudla et al., 2006). Cela semble donc être une autre modification pour assurer davantage la synthèse de copies abondantes de la protéine de pointe. Nous ne connaissons pas les conséquences involontaires de cette manœuvre. Les agents pathogènes intracellulaires, y compris les virus, ont tendance à avoir une faible teneur en GC par rapport au génome de la cellule hôte (Rocha et Danchin, 2020). Ainsi, cette modification peut avoir été motivée en partie par le désir d’améliorer l’efficacité de l’artifice selon laquelle la protéine serait une protéine humaine.

Toutes ces diverses modifications apportées à l’ARN sont conçues pour le faire résister à la dégradation, ressembler davantage à une séquence codant pour une protéine d’ARN messager humain et se traduire efficacement en protéine antigénique.

2. Construction de nanoparticules lipidiques

Les nanoparticules lipidiques (NPL), également connues sous le nom de liposomes, peuvent encapsuler des molécules d’ARN, les protégeant de la dégradation enzymatique par les ribonucléases, et constituent ainsi un ingrédient essentiel d’une méthode d’administration réussie (Wadhwa et al., 2020; Xu et al., 2020). Ces constructions artificielles ressemblent étroitement à des exosomes. Les exosomes sont des vésicules extracellulaires sécrétées par les cellules et absorbées par leurs voisines, et ils intègrent aussi souvent de l’ADN ou de l’ARN. Ainsi, ces nanoparticules peuvent tirer parti des processus naturels d’endocytose qui internalisent normalement les exosomes extracellulaires dans les endosomes. Au fur et à mesure que l’endosome s’acidifie pour devenir un lysosome, l’ARNm est libéré dans le cytoplasme, et c’est là que la traduction en protéine a lieu. Les liposomes se sont en fait avérés plus efficaces pour améliorer la présentation des antigènes et la maturation des cellules dendritiques, par rapport aux protéines de fusion qui encapsulent les vaccins à base de virus (Norling et al., 2019).

Les nanoparticules lipidiques (NPL) de ces vaccins sont composées de lipides cationiques ionisables, de phospholipides, de cholestérol et de polyéthylène glycol (PEG). Ensemble, ce mélange s’assemble en une bicouche lipidique stable autour de la molécule d’ARNm. Les phospholipides de ces vaccins expérimentaux consistent en un groupe de tête phosphatidylcholine relié à deux queues alkyles saturées par l’intermédiaire d’un lieur glycérol. Le lipide utilisé dans ces vaccins, nommé 1,2-distéaroyl-sn-glycéro-3-phosphocholine (DSPC), a 18 unités de carbone répétées. La chaîne relativement longue a tendance à former une phase de gel plutôt qu’une phase fluide. Les molécules avec des chaînes plus courtes (comme une chaîne à 12 carbones) ont plutôt tendance à rester en phase fluide. Les liposomes en phase gel utilisant le DSPC se sont avérés avoir des performances supérieures dans la protection de l’ARN contre la dégradation car les chaînes alkyle plus longues sont beaucoup plus limitées dans leurs mouvements dans le domaine lipidique. Ils semblent également être plus efficaces en tant qu’adjuvant, augmentant la libération du facteur de nécrose tumorale α (TNF-α), de l’interleukine (IL)-6 et de l’IL-1β par les cellules exposées (Norling et al., 2019). Cependant, leur capacité à induire une réponse inflammatoire peut être à l’origine des nombreux symptômes que les gens ressentent, tels que la douleur, l’enflure, la fièvre et la somnolence. Une étude publiée dans bioRxiv a vérifié expérimentalement que ces lipides cationiques ionisables dans les nanoparticules lipidiques induisaient une forte réponse inflammatoire chez la souris (Ndeupen et al., 2021).

Les vaccins à ARNm actuels sont administrés par injection intramusculaire. Les muscles contiennent un vaste réseau de vaisseaux sanguins où les cellules immunitaires peuvent être recrutées au site d’injection (Zeng et al., 2020). Les cellules musculaires peuvent généralement renforcer une réaction immunitaire une fois que les cellules immunitaires s’infiltrent, en réponse à un adjuvant (Marino et al., 2011). Une analyse minutieuse de la réponse à un vaccin à ARNm, administré à des souris, a révélé que l’antigène est exprimé initialement dans les cellules musculaires, puis transféré aux cellules présentatrices de l’antigène, suggérant un « amorçage croisé » comme voie principale pour initier une réponse des lymphocytes T CD8 (Lazzaro et al., 2015). On peut supposer que les cellules musculaires utilisent une réponse immunitaire qui est normalement utilisée pour traiter les protéines humaines mal repliées. De telles protéines induisent une régulation positive des protéines de classe II du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH), qui se lient ensuite aux protéines mal repliées et les transportent intactes jusqu’à la membrane plasmique (Jiang et al., 2013).

La protéine de surface liée au CMH induit alors une réponse inflammatoire et une infiltration subséquente de cellules présentatrices d’antigène (par exemple, des cellules dendritiques et des macrophages) dans le tissu musculaire, qui absorbent ensuite les protéines affichées et les transportent dans le système lymphatique pour les présenter aux cellules T. Ces cellules T peuvent alors enfin lancer la cascade qui produit finalement des anticorps à mémoire spécifiques de la protéine. Les cellules musculaires expriment des protéines du CMH de classe II (Cifuentes-Diaz et al., 1992). Contrairement à la classe I, les protéines du CMH de classe II se spécialisent dans le transport de protéines intactes vers la surface, par opposition aux petites séquences peptidiques dérivées de la dégradation partielle des protéines (Jiang et al., 2013).

Une étude in vitro sur des primates non humains a démontré que l’ARNm radiomarqué se déplaçait du site d’injection vers le ganglion lymphatique drainant et y restait pendant au moins 28 heures. Il a été démontré que les cellules présentatrices d’antigène (CPA) dans le tissu musculaire ainsi que dans les ganglions lymphatiques drainants contiennent de l’ARNm radiomarqué (Lindsay et al., 2019). Les CPA classiques comprennent les cellules dendritiques, les macrophages, les cellules de Langerhans (dans la peau) et les cellules B. Bon nombre des effets secondaires associés à ces vaccins impliquent une douleur et une inflammation au site d’injection, comme on pouvait s’y attendre compte tenu de l’infiltration rapide des cellules immunitaires.

La lymphadénopathie est un état inflammatoire du système lymphatique associé à des ganglions lymphatiques enflés. L’enflure des ganglions lymphatiques dans l’aisselle (lymphadénopathie axillaire) est une caractéristique du cancer du sein métastatique. Un article publié en 2021 décrivait quatre cas de femmes ayant développé une lymphadénopathie axillaire suite à un vaccin contre le SARS-CoV-2 (Mehta et al., 2021). Les auteurs ont exhorté à la prudence dans l’interprétation erronée de cette condition comme indicateur nécessitant un suivi de biopsie pour un éventuel cancer du sein. Ce symptôme corrobore les études de traceur montrant que le vaccin à ARNm est principalement absorbé par les CPA qui synthétisent ensuite vraisemblablement l’antigène (protéine de pointe) à partir de l’ARNm et migrent dans le système lymphatique, affichant la protéine de pointe sur leurs membranes.

Une liste des effets indésirables les plus courants signalés par la FDA qui ont été ressentis au cours des essais cliniques Pfizer-BioNTech comprend «douleur au site d’injection, fatigue, maux de tête, douleurs musculaires, frissons, douleurs articulaires, fièvre, gonflement au site d’injection, rougeur au site d’injection, nausées , malaise et lymphadénopathie. » (US Food and Drug Administration, 2021).

Nous passons maintenant aux problèmes de systèmes moléculaires et organiques individuels qui surviennent avec ces vaccins à ARNm.

Adjuvants, polyéthylène glycol et anaphylaxie

Les adjuvants sont des additifs vaccinaux destinés à « obtenir des profils immunologiques distinctifs en ce qui concerne la direction, la durée et la force des réponses immunitaires » des vaccins auxquels ils sont ajoutés (Liang et al., 2020). L’alun ou d’autres composés d’aluminium sont le plus souvent utilisés dans les vaccins traditionnels, et ils déclenchent un large éventail de voies d’activation immunitaire systémique ainsi que l’activation des cellules stromales au site d’injection (Lambrecht et al., 2009 ; Danielsson & Eriksson, 2021) .

Il a été déterminé qu’un adjuvant à base d’aluminium n’était pas optimal pour un vaccin contre le coronavirus, d’autres solutions ont donc été recherchées (Liang et. al., 2020). Une solution s’est présentée sous la forme de l’ingrédient pharmaceutique largement utilisé, le polyéthylène glycol, ou PEG. Un facteur limitant dans l’utilisation de vaccins à base d’acides nucléiques est la tendance des acides nucléiques à être rapidement dégradés par les enzymes nucléases (Ho et al., 2021). Concernant les enzymes RNAse ciblant l’ARNm injecté, ces enzymes sont largement distribuées à la fois au niveau intracellulaire (principalement au sein des lysosomes) (Fujiwara et al., 2017) et extracellulaire (Lu et al., 2018). Pour surmonter cette limitation, les deux vaccins à ARNm actuellement déployés contre le COVID-19 utilisent des nanoparticules à base de lipides comme véhicules d’administration. La cargaison d’ARNm est placée à l’intérieur d’une coque composée de lipides synthétiques et de cholestérol, ainsi que de PEG pour stabiliser la molécule d’ARNm contre la dégradation.

Le vaccin produit par Pfizer/BioNTech crée des nanoparticules à partir de 2-[(polyéthylène glycol)-2000]-N,N-ditétradécylacétamide, ou ALC-0159, communément abrégé simplement en PEG (Organisation mondiale de la santé, 2021, 14 janvier). Le vaccin Moderna contient une autre variante de PEG, SM-102, 1,2-dimyristoyl-rac-glycero-3-methoxypolyethylene glycol2000 (Organisation mondiale de la santé, 2021, 19 janvier). Pour plus de commodité, nous abrégerons ces deux lipides modifiés par le PEG en PEG et désignerons les vaccins comme PEGylés selon la nomenclature standard.

La coquille lipidique joue un triple rôle. Premièrement, elle protège le matériel génétique de la dégradation avant l’absorption cellulaire. Deuxièmement, l’enveloppe lipidique, qui contient également du cholestérol, facilite l’absorption cellulaire par fusion avec la membrane lipidique de la cellule et l’endocytose ultérieure de la particule lipidique, invoquant des processus naturellement existants. Et enfin, il agit comme adjuvant (Ho et al., 2021). C’est dans ce dernier rôle de stimulant immunitaire que la plupart des inquiétudes ont été soulevées concernant l’utilisation généralisée du PEG dans une thérapie par injection.

Dans un article publié en mai 2019, avant les grands essais cliniques impliquant ces vaccins pégylés, Mohamed et. Al. (2019) ont décrit un certain nombre de découvertes préoccupantes concernant le PEG et l’activation immunologique dont on a montré qu’il était responsable, qui comprend l’activation humorale, à médiation cellulaire et basée sur le complément. Ils notent que, paradoxalement, de fortes doses injectées de PEG ne provoquent aucune réaction allergique apparente. De petites doses, cependant, peuvent conduire à une activation immunitaire pathologique dramatique. Les vaccins utilisant la PEGylation utilisent des quantités micromolaires de ces lipides, qui représentent cette exposition à faible dose potentiellement immunogène.

Dans des études animales, il a été démontré que l’activation du complément est responsable à la fois de l’anaphylaxie et du collapsus cardiovasculaire, et que le PEG injecté active également de multiples voies du complément chez l’homme. Les auteurs d’une étude concluent en notant que « cette cascade de médiateurs secondaires amplifie considérablement les réponses immunitaires effectrices et peut induire une anaphylaxie chez les individus sensibles. En effet, des études récentes chez le porc ont démontré que l’activation systémique du complément (par exemple, induite après l’injection intraveineuse de liposomes PEGylés) peut être à l’origine de l’anaphylaxie cardiaque où C5a a joué un rôle causal. (Hamad et al., 2008) Il est également important de noter que le choc anaphylactoïde chez les porcs s’est produit non pas lors de la première exposition injectée, mais après la deuxième exposition injectée (Kozma et al., 2019).

La présence d’anticorps contre le PEG est répandue dans la population (Zhou et al., 2020). Yang et Lai (2015) ont découvert qu’environ 42 % des échantillons de sang étudiés contenaient des anticorps anti-PEG, et ils préviennent que ceux-ci pourraient avoir des conséquences importantes pour toute thérapie à base de PEG introduite. Hong et. Al. (2020) ont trouvé des anticorps anti-PEG avec une prévalence allant jusqu’à 72% dans les populations sans exposition préalable à un traitement médical à base de PEG. Lila et. Al. (2018) notent que « l’existence de tels anticorps anti-PEG a été intimement corrélée à une altération de l’efficacité thérapeutique en tandem avec le développement d’effets indésirables graves dans plusieurs contextes cliniques employant des thérapies à base de produits PEGylés ».

L’anaphylaxie aux vaccins était auparavant considérée comme rare sur la base de la fréquence de tels événements signalés au VAERS, une base de données établie par les Centers for Disease Control and Prevention en 1990 pour signaler les événements indésirables liés aux vaccins (Centers for Disease Control and Prevention, 1990 ; Su et al., 2019). Bien que rare, l’anaphylaxie peut mettre la vie en danger, il est donc important de surveiller la possibilité dans la courte période suivant la vaccination (McNeil et al., 2016).

Sellaturay et. al., après avoir examiné 5 cas d’anaphylaxie qu’ils ont liés à l’exposition au PEG, dont un presque mortel et impliquant un arrêt cardiaque, écrivent : « Le PEG est un allergène « caché » à haut risque, généralement insoupçonné et peut provoquer des réactions allergiques provoquées par une réexposition par inadvertance. L’investigation allergologique comporte un risque d’anaphylaxie et ne doit être entreprise que dans des centres spécialisés en allergie médicamenteuse.  » (Sellaturay et al., 2020). En fait, il a déjà été démontré que les anticorps préexistants contre le PEG sont liés à des réactions plus courantes et plus graves lors d’une réexposition (Ganson et al., 2016).

L’anaphylaxie lors d’une exposition au PEG se produit-elle avec une fréquence pertinente d’une question de santé publique? De nombreuses études ont désormais documenté le phénomène (Lee et al., 2015 ; Povsic et al., 2016 ; Wylon et al., 2016). Les réactions anaphylactiques aux vaccins à ARNm sont largement rapportées dans les médias (Kelso, 2021) et, comme indiqué ci-dessus, ont été fréquemment rapportées dans la base de données VAERS (690 rapports d’anaphylaxie suite aux vaccins SARS-CoV-2 jusqu’au 29 janvier 2021). Il existe également quelques études initiales de cas publiées dans la littérature à comité de lecture (Garvey & Nasser, 2020 ; CDC COVID-19 Response Team, 2021, 15 janvier). Les réactions anaphylactiques aux vaccins antérieurs à ces vaccins COVID-19 ont généralement été signalées à des taux inférieurs à 2 cas par million de vaccinations (McNeil et al., 2016), tandis que le taux actuel pour les vaccinations COVID-19 a été signalé par le CDC comme étant de plus de 11 cas par million (CDC COVID-19 Response Team, 2021, 29 janvier). Cependant, une étude prospective publiée sur 64.900 employés médicaux, où leurs réactions à leur première vaccination à l’ARNm ont été soigneusement surveillées, a révélé que 2,1% des sujets ont signalé des réactions allergiques aiguës. Une réaction plus extrême impliquant l’anaphylaxie s’est produite à un taux de 247 par million de vaccinations (Blumenthal et al., 2021). C’est plus de 21 fois plus que ce qui a été initialement rapporté par le CDC. La deuxième injection d’exposition est susceptible de provoquer un nombre encore plus important de réactions anaphylactiques.

Vaccins à ARNm, protéines de pointe et facilitation de l’infection par anticorps (ADE – Antibody-Dependent Enhancement)

L’ADE est un phénomène immunologique décrit pour la première fois en 1964 (Hawkes et al., 1964). Dans cette publication, Hawkes décrivait une série d’expériences dans lesquelles des cultures de flavivirus étaient incubées avec des sérums aviaires contenant des titres élevés d’anticorps contre ces virus. La découverte inattendue était qu’avec des dilutions de plus en plus élevées des sérums contenant des anticorps, l’infectivité des cellules était augmentée. L’absence d’explication sur la façon dont cela pourrait se produire est probablement responsable du fait qu’il est resté ignoré pendant près de 20 ans (Morens et al., 1994).

De multiples voies ont été proposées par lesquelles les anticorps participent à la fois directement et indirectement à la neutralisation des infections (Lu et al., 2018b). L’ADE est un cas particulier de ce qui peut arriver lorsque de faibles niveaux non neutralisants d’anticorps spécifiques ou à réaction croisée contre un virus sont présents au moment de l’infection. Ces anticorps peuvent être présents en raison d’une exposition antérieure au virus, d’une exposition à un virus apparenté ou d’une vaccination antérieure contre le virus. Lors de la réinfection, les anticorps présents en nombre insuffisant pour neutraliser le virus se lient néanmoins au virus. Ces anticorps s’arriment ensuite au récepteur Fc sur les surfaces cellulaires, facilitant l’entrée virale dans la cellule et améliorant par la suite l’infectivité du virus (Wan et al., 2020).

On pense que l’ADE est à l’origine de la forme la plus sévère de fièvre dengue souvent observée chez les personnes ayant déjà été exposées (Beltramello et al., 2010), et pourrait également jouer un rôle dans la forme plus sévère de la maladie chez les personnes précédemment vaccinées contre la maladie (Shukla et al., 2020 ). On pense également que l’ADE joue un rôle dans Ebola (Takada et al., 2003), l’infection par le virus zika (Bardina et al., 2017) et d’autres infections à flavivirus (Campos et al., 2020).

Dans une correspondance détaillée publiée dans Nature Biotechnology, Eroshenko et. Al. offrent un examen complet des preuves suggérant que l’ADE pourrait se manifester pour toutes les vaccinations utilisées contre le SARS-CoV-2. Ils notent surtout que l’ADE a été observé pour des vaccins contre le coronavirus testés dans des modèles in vitro et in vivo (Eroshenko et al., 2020). D’autres ont mis en garde contre la même possibilité pour les vaccins contre le SARS-CoV-2. Une théorie sur la façon dont l’ADE pourrait se produire dans le cas d’un vaccin contre le SARS-CoV-2 suggère que les anticorps non-neutralisants forment des complexes immuns avec des antigènes viraux pour provoquer une sécrétion excessive de cytokines pro-inflammatoires et, dans le cas extrême, une tempête de cytokines provoquant dommages tissulaires locaux étendus (Lee et al., 2020). Un examen approfondi de l’ADE potentiellement associé aux vaccins contre le SARS-CoV-2 a noté : «À l’heure actuelle, il n’y a pas de résultats cliniques, de tests immunologiques ou de biomarqueurs connus qui puissent différencier une infection virale grave d’une maladie à renforcement immunitaire, que ce soit en mesurant les anticorps, les cellules T ou les réponses intrinsèques de l’hôte » (Arvin et al. 2020; Liu et al., 2019). Nous reviendrons à nouveau sur ce point ci-dessous.

Les anticorps préexistants d’immunoglobuline G (IgG), induits par une vaccination préalable, contribuent à de graves lésions pulmonaires par le SARS-CoV chez les macaques (Liu et al., 2019). Peron et Nakaya (2020) fournissent des preuves suggérant que la gamme beaucoup plus diversifiée d’expositions antérieures aux coronavirus subies par les personnes âgées pourrait les prédisposer à l’ADE lors de l’exposition au SARS-CoV-2. Un article inquiétant en preprint a rapporté que le plasma de 76% des patients qui s’étaient rétablis d’une maladie COVID-19 sévère, lorsqu’il était ajouté à des cultures de SARS-CoV-2 et de cellules sensibles, présentait une capacité accrue du SARS-CoV-2 d’infecter les cellules Raji (Wu et al., 2020). Les auteurs notent que « les titres d’anticorps [contre la protéine de pointe] étaient plus élevés chez les patients âgés de COVID-19, et une réponse en anticorps plus forte était associée à une clairance virale retardée et à une gravité accrue de la maladie chez les patients. Par conséquent, il est raisonnable de supposer que les anticorps spécifiques à la protéine S peuvent contribuer à la gravité de la maladie pendant l’infection par le SARS-CoV-2. » (Wu et al., 2020)

Il a été rapporté que les trois fabricants de vaccins américains – Moderna, Pfizer et Johnson & Johnson – travaillent à développer des injections de rappel (Zaman 2021). Avec des dizaines de millions de jeunes adultes et même d’enfants maintenant porteurs d’anticorps anti-protéine de pointe de coronavirus induits par le vaccin, il existe la possibilité de déclencher une ADE liée soit à une future infection par le SARS-CoV-2, soit à une injection de rappel parmi cette population plus jeune. Le temps nous le dira.

Les vaccins à ARNm délivrent en fin de compte la protéine de pointe hautement antigénique aux cellules présentatrices d’antigène. En tant que tels, les anticorps monoclonaux contre la protéine de pointe sont le résultat attendu des vaccins à ARNm actuellement déployés. Les anticorps monoclonaux de la protéine de pointe humaine se sont révélés produire des niveaux élevés d’anticorps à réaction croisée contre les protéines humaines endogènes (Vojdani et. al., 2021; examiné plus en détail ci-dessous). Étant donné les preuves seulement examinées partiellement ici, il existe des raisons suffisantes de soupçonner que les anticorps dirigés contre la protéine de pointe contribueront à l’ADE provoquée par une infection ou une vaccination antérieure par le SARS-CoV-2, qui peut se manifester par des conditions auto-immunes et inflammatoires aiguës ou chroniques. Nous avons noté ci-dessus qu’il n’est pas possible de distinguer une manifestation d’une maladie ADE d’une véritable infection virale non-ADE. Dans cette optique, il est important de reconnaître que, lorsque des maladies et des décès surviennent peu de temps après la vaccination avec un vaccin à ARNm, il ne peut jamais être déterminé avec certitude, même avec une enquête complète, que la réaction vaccinale n’était pas une cause proximale.

Amorçage pathogène, maladie inflammatoire multisystémique et auto-immunité

L’amorçage pathogène est un concept dont le résultat est similaire à celui de l’ADE, mais différent dans le mécanisme sous-jacent. Nous en discutons ici comme d’un mécanisme unique par lequel les vaccins à ARNm pourraient provoquer des pathologies associées.

En avril 2020, un article important a été publié concernant le potentiel de génération d’anticorps auto-réactifs suite à une exposition à la protéine de pointe et à d’autres épitopes antigéniques répartis sur la longueur du SARS-CoV-2. Lyons-Weiler (2020) a inventé l’expression « amorçage pathogène » parce qu’il pensait que l’expression « renforcement immunitaire » plus couramment utilisée ne permet pas de saisir la gravité de la maladie et ses conséquences. Dans son analyse in silico, Lyons-Weiler a comparé tous les épitopes de protéines antigéniques du SARS-CoV-2 signalés dans la base de données SVMTriP (http://sysbio.unl.edu/SVMTriP/) et a effectué des recherches dans la base de données p-BLAST (https:// blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) pour l’homologie entre ces épitopes et les protéines humaines endogènes. Sur les 37 protéines SARS-CoV-2 analysées, 29 avaient des régions antigéniques. Toutes sauf une de ces 29 protéines présentaient une homologie avec des protéines humaines (auto-antigènes putatifs) et étaient censées être autoréactogènes. Le plus grand nombre d’homologies était associé à la protéine de pointe (S) et à la protéine NS3, toutes deux ayant 6 protéines humaines homologues.

Une analyse fonctionnelle des protéines humaines endogènes homologues aux protéines virales a révélé que plus d’un tiers d’entre elles sont associées au système immunitaire adaptatif. L’auteur suppose qu’une exposition antérieure au virus ou à une vaccination antérieure, qui pourraient initier la production d’anticorps ciblant ces protéines endogènes, pourraient jouer un rôle dans le développement d’une maladie plus grave, chez les personnes âgées en particulier. Dans ce cas, les anticorps préexistants agissent pour supprimer le système immunitaire adaptatif et conduire à une maladie plus grave.

Un autre groupe (Ehrenfeld et. al., 2020), dans un article portant principalement sur le large éventail de maladies auto-immunes trouvées en association avec une infection antérieure par le SARS-CoV-2, a également étudié comment la protéine de pointe pouvait déclencher une telle gamme de maladies. Ils rapportent, dans le tableau 1 de cette référence, des chaînes d’heptapeptides dans le protéome humain qui se chevauchent avec la protéine de pointe générée par le SARS-CoV-2. Ils ont identifié 26 heptapeptides trouvés chez l’homme et dans la protéine de pointe. Il est intéressant de noter que 2 des 26 heptapeptides chevauchants se sont avérés séquentiels, une chaîne étonnamment longue de peptides identiques se trouvant en commun entre les protéines humaines endogènes et la protéine de pointe. Commentant les peptides qui se chevauchent qu’ils avaient découverts et leur potentiel de mener simultanément à de nombreux types d’auto-immunité, ils commentent: « Le scénario clinique qui émerge est très inquiétant. » En effet.

En mai 2020, un autre article important à cet égard a été publié par Vojdani et Kharrazian (2020). Les auteurs ont utilisé des anticorps monoclonaux de souris et de lapin contre la protéine de pointe du SARS de 2003 pour tester leur réactivité non seulement contre la protéine de pointe du SARS-CoV-2, mais également contre plusieurs protéines humaines endogènes. Ils ont découvert qu’il y avait un niveau élevé de liaison non seulement avec la protéine de pointe SARS-CoV-2, mais contre un large éventail de protéines endogènes. « [Nous] avons constaté que les réactions les plus fortes étaient avec la transglutaminase 3 (tTG3), la transglutaminase 2 (tTG2), l’ENA, la protéine basique de la myéline (MBP), les mitochondries, l’antigène nucléaire (NA), la α-myosine, la peroxydase thyroïdienne (TPO) , collagène, claudine 5+6 et S100B. » (Vojdani et Kharrazian, 2020).

Ces résultats importants doivent être soulignés. Les anticorps ayant une affinité de liaison élevée avec le pic du SARS-CoV-2 et d’autres protéines ont également une affinité de liaison élevée avec la tTG (associée à la maladie cœliaque), la TPO (thyroïdite de Hashimoto), la protéine basique de la myéline (sclérose en plaques) et plusieurs protéines endogènes. Contrairement au processus auto-immun associé à l’amorçage pathogène, ces maladies auto-immunes mettent généralement des années à se manifester de manière symptomatique.

Les auto-anticorps générés par la protéine de pointe prédits par Lyons-Weiler (2020) et décrits ci-dessus ont été confirmés par une étude in vitro publiée plus récemment. Dans cet article de suivi, Vojdani et. al., (2021) ont examiné à nouveau la question de la réactivité croisée des anticorps, cette fois en utilisant des anticorps monoclonaux humains (mAb – monoclonal antibodies) contre la protéine de pointe SARS-CoV-2 plutôt que des mAb de souris et de lapin. Leurs résultats ont confirmé et étendu leurs découvertes antérieures. « À un seuil de 0,32 OD [densité optique], l’anticorps de la protéine membranaire du SARS-CoV-2 a réagi avec 18 des 55 antigènes testés. » Ces 18 antigènes endogènes englobent la réactivité aux tissus dans le foie, les mitochondries, le système nerveux et digestif, le pancréas et ailleurs dans le corps.

Dans un rapport sur le syndrome inflammatoire multisystémique chez l’enfant (SIME), Carter et. Al. (2020) ont étudié 23 cas. Dix-sept des 23 (68 %) patients présentaient des preuves sérologiques d’une infection antérieure par le SARS-CoV-2. Parmi les trois anticorps évalués dans la population de patients (nucléocapside, RBD et pointe)[RBD – domaine de liaison au récepteur, receptor binding domain], la densité optique des anticorps de la protéine de pointe IgG (qui quantifie les concentrations d’anticorps par rapport à une courbe standardisée (Wikipedia, 2021)), était la plus élevée (voir Figure 1d dans Carter et al., 2020).

Le SIME est maintenant communément supposé être un exemple d’amorçage immunitaire par une exposition préalable au SARS-CoV-2 ou à d’autres coronavirus. Buonsenso et. Al. (2020) ont examiné plusieurs similitudes immunologiques entre le SIME et la maladie liée à une infection streptococcique du groupe A (SGA) β-hémolytique antérieure. Les auteurs écrivent : « Nous pouvons supposer que l’exposition multiple des enfants au SARS-CoV-2 avec des parents atteints de COVID-19 peut fonctionner comme un amorçage du système immunitaire, comme cela se produit avec l’infection à SGA et, chez les enfants génétiquement prédisposés, conduire au développement du [SIME]. Une autre hypothèse est que des infections antérieures avec d’autres coronavirus, beaucoup plus fréquentes dans la population pédiatrique, pourraient avoir sensibilisé le système immunitaire de l’enfant au virus SARS-CoV-2. »

En juin 2019, Galeotti et Bayry (2020) ont examiné la survenue de maladies auto-immunes et inflammatoires chez les patients atteints de COVID-19. Ils concentrent leur analyse sur le SIME. Après avoir examiné plusieurs rapports publiés précédemment sur un lien temporel entre COVID-19 et l’apparition du SIME et décrit un certain nombre de connexions mécanistiques possibles entre les deux, les auteurs ont noté qu’aucun lien de causalité n’avait été établi. Dans une recommandation quelque peu prémonitoire, ils ont écrit : « Une analyse fine de l’homologie entre divers antigènes du SARS-CoV-2 et les auto-antigènes, en utilisant des approches in silico et une validation dans des modèles expérimentaux, devrait être envisagée afin de confirmer cette hypothèse.  » C’est précisément ce type d’analyse in silico réalisée par Lyons-Weiler (2020) et par Ehrenfeld et. Al. (2020) décrit dans les premiers paragraphes de cette section qui décrit l’homologie étroite entre les antigènes viraux et les auto-antigènes. Bien que cela ne confirme peut-être pas définitivement le lien de causalité supposé par Galeotti et Bayry, il s’agit d’une preuve solide à l’appui.

L’auto-immunité est de plus en plus reconnue comme une séquelle du COVID-19. Il existe de nombreux rapports d’individus auparavant en bonne santé qui ont développé des maladies telles que le purpura thrombocytopénique idiopathique, le syndrome de Guillain-Barré et l’anémie hémolytique auto-immune (Galeotti et Bayry, 2020). Il existe trois rapports de cas indépendants de lupus érythémateux disséminé (LED) avec manifestations cutanées suite à des symptômes de COVID-19. Dans un cas, un homme de 39 ans a présenté un LED deux mois après un traitement ambulatoire pour COVID-19 (Zamani et.al., 2021). Un autre cas frappant de LED à évolution rapide et fatale avec manifestations cutanées est décrit par Slimani et.al. (2021).

Les auto-anticorps sont très fréquemment trouvés chez les patients COVID-19, y compris les anticorps trouvés dans le sang (Vlachoyiannopoulos et. al., 2020) et le liquide céphalo-rachidien (LCR) (Franke et. al., 2021). Bien que le SARS-CoV-2 ne se trouve pas dans le LCR, il est théorisé que les auto-anticorps créés en réponse à l’exposition au SARS-CoV-2 peuvent entraîner au moins une partie des complications neurologiques documentées chez les patients COVID-19. Une importante lettre à l’éditeur soumise à la revue Arthritis & Rheumatology par Bertin et. Al. (2020) ont noté la prévalence élevée et la forte association (p = 0,009) des auto-anticorps contre la cardiolipine chez les patients COVID-19 atteints d’une maladie grave.

Zuo et. Al. (2020) ont trouvé des auto-anticorps anti-phospholipides chez 52 % des patients COVID-19 hospitalisés et ont émis l’hypothèse que ces anticorps contribuent à l’incidence élevée des coagulopathies chez ces patients. Schiaffino et. Al. (2020) ont rapporté que le sérum d’un pourcentage élevé de patients COVID-19 hospitalisés contenait des auto-anticorps réactifs à la membrane plasmique des hépatocytes et des cellules gastriques. Un patient atteint du syndrome de Guillain-Barre s’est avéré présenter une réactivité des anticorps dans le liquide céphalo-rachidien (LCR), ce qui a conduit les auteurs à suggérer qu’une réactivité croisée avec des protéines dans le LCR pourrait entraîner des complications neurologiques observées chez certains patients COVID-19. Dans une revue plus récente, Gao et. Al. (2021) ont noté des niveaux élevés d’auto-anticorps chez les patients COVID-19 dans plusieurs études. Ils concluent : « [U]n des effets secondaires potentiels de l’administration d’un vaccin de masse pourrait être une fusion [sic] de maladies auto-immunes, en particulier chez les personnes génétiquement sujettes à l’auto-immunité. »

Une publication récente compile de nombreuses preuves que des auto-anticorps contre un large éventail de récepteurs et de tissus peuvent être trouvés chez les personnes qui ont déjà eu une infection par le SARS-CoV-2. « Les 31 anciens patients COVID-19 avaient entre 2 et 7 GPCR-fAAB différents [auto-anticorps fonctionnels du récepteur couplé aux protéines G – G-protein coupled receptor functional autoantibodies] qui agissaient comme agonistes des récepteurs. » (Wallukat et. al. 2021) La diversité des GPCR-fAAB identifiés, englobant activité à la fois agoniste et antagoniste sur les récepteurs cibles, fortement corrélée avec une gamme de symptômes post-COVID-19, y compris la tachycardie, la bradycardie, l’alopécie, le déficit de l’attention, le PoTS [syndrome de tachycardie orthostatique posturale – Postural tachycardia syndrome], les neuropathies et autres.

La même étude, faisant référence aux auto-anticorps prédits par Lyons-Weiler (2020) mentionnés ci-dessus, note avec une évidente grave préoccupation : « La protéine de pointe Sars-CoV-2 est une cible épitopique potentielle pour les processus auto-immunologiques induits par le biomimétisme [25]. Par conséquent, nous pensons qu’il sera extrêmement important d’étudier si les GPCR-fAAB deviendront également détectables après immunisation par vaccination contre le virus. »

Nous avons examiné ici les preuves que la protéine de pointe du SARS-CoV-2 a une homologie de séquence étendue avec plusieurs protéines humaines endogènes et pourrait amorcer le système immunitaire vers le développement de maladies auto-inflammatoires et auto-immunes. Ceci est particulièrement préoccupant étant donné que la protéine a été repensée avec deux résidus de proline supplémentaires pour potentiellement entraver son élimination de la circulation par fusion membranaire. Ces maladies pourraient se présenter de manière aiguë et sur des périodes de temps relativement courtes, comme avec le SIME, ou pourraient ne pas se manifester pendant des mois ou des années après l’exposition à la protéine de pointe, que ce soit par infection naturelle ou par vaccination.

Beaucoup de personnes testées positives pour le COVID-19 n’expriment aucun symptôme. Le nombre de cas asymptomatiques positifs à la PCR varie considérablement d’une étude à l’autre, d’un minimum de 1,6% à un maximum de 56,5% (Gao et al., 2020). Ceux qui sont insensibles au COVID-19 ont probablement un système immunitaire inné très fort. Les neutrophiles et les macrophages de la barrière muqueuse saine éliminent rapidement les virus, souvent sans qu’aucun anticorps ne soit produit par le système adaptatif. Cependant, le vaccin contourne intentionnellement complètement le système immunitaire muqueux, à la fois par son injection au-delà des barrières muqueuses naturelles et sa configuration artificielle en tant que nanoparticule contenant de l’ARN. Comme indiqué dans Carsetti (2020), ceux qui ont une forte réponse immunitaire innée souffrent presque universellement d’une infection asymptomatique ou d’une simple présentation de la maladie COVID-19. Néanmoins, ils pourraient être confrontés à une maladie auto-immune chronique, comme décrit précédemment, en raison d’une production excessive d’anticorps en réponse au vaccin, qui n’était pas nécessaire en premier lieu.

La rate, les plaquettes et la thrombocytopénie

Le Dr Gregory Michael, obstétricien à Miami Beach, est décédé d’une hémorragie cérébrale 16 jours après avoir reçu la première dose du vaccin Pfizer/BioNTech COVID-19. Dans les trois jours suivant le vaccin, il a développé un purpura thrombocytopénique idiopathique (PTI), une maladie auto-immune dans laquelle les cellules immunitaires attaquent et détruisent les plaquettes. Sa numération plaquettaire a chuté de manière abrupte, ce qui a entraîné une incapacité à arrêter une hémorragie interne, ce qui a conduit à l’AVC, comme décrit dans un article du New York Times (Grady et Mazzei, 2021). Le New York Times a poursuivi avec un deuxième article qui a discuté de plusieurs autres cas de PTI après la vaccination contre le SARS-CoV-2 (Grady, 2021), et plusieurs autres incidences de chute précipitée de plaquettes et de thrombocytopénie après la vaccination contre le SARS-CoV-2 ont été rapportés dans le Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS).

1. Biodistribution des vaccins à ARNm

Plusieurs études sur les vaccins à base d’ARNm ont confirmé de manière indépendante que la rate est un centre d’activité majeur pour la réponse immunitaire. Une étude sur un vaccin contre le virus de la grippe à base d’ARNm est extrêmement pertinente pour répondre à la question de la biodistribution de l’ARNm dans le vaccin. Ce vaccin, comme les vaccins SARS-CoV-2, a été conçu sous forme de nanoparticules lipidiques avec un ARN modifié codant pour l’hémagglutinine (la protéine de fusion de surface équivalente à la protéine de pointe dans les virus corona), et a été administré par injection musculaire. La concentration d’ARNm a été suivie dans le temps dans divers échantillons de tissus, et la concentration maximale observée à chaque site a été enregistrée. Sans surprise, la concentration était la plus élevée dans le muscle au site d’injection (5.680 ng/mL). Ce niveau a diminué lentement au fil du temps, atteignant la moitié de la valeur initiale à 18,8 heures après l’injection. Le niveau le plus élevé suivant a été observé dans le ganglion lymphatique proximal, culminant à 2.120 ng/mL et ne tombant à la moitié de cette valeur que 25,4 heures plus tard. Parmi les organes, les niveaux de loin les plus élevés ont été trouvés dans la rate (86,69 ng/mL) et le foie (47,2 ng/mL). Ailleurs dans le corps, la concentration était de 100 à 1.000 fois plus faible. En particulier, les ganglions lymphatiques distaux n’avaient qu’une concentration maximale de 8 ng/mL. Ils ont conclu que l’ARNm se distribue du site d’injection au foie et à la rate via le système lymphatique, atteignant finalement la circulation générale. Cela se produit probablement par son transport à l’intérieur des macrophages et d’autres cellules immunitaires qui l’absorbent au site d’injection musculaire. De manière inquiétante, il atteint également le cerveau, bien qu’à des niveaux beaucoup plus faibles (Bahl et al., 2017). Le rapport d’évaluation de l’Agence Européenne des Médicaments pour le vaccin Moderna a également noté que l’ARNm pouvait être détecté dans le cerveau après administration intramusculaire à environ 2% du niveau trouvé dans le plasma (Agence Européenne des Médicaments, 2021).

Dans une autre expérience menée pour suivre la voie de biodistribution des vaccins à ARN, un vaccin à ARN contre la rage a été administré par voie intramusculaire à des rats en une seule dose. Le vaccin comprenait un code pour une protéine immunogène de la rage ainsi que le code pour l’ARN polymérase et a été formulé sous la forme d’une nanoémulsion huile-dans-eau. Ainsi, il n’est pas entièrement représentatif des vaccins à ARNm du SARS-CoV-2. Néanmoins, son administration intramusculaire et sa dépendance à l’égard de l’absorption d’ARN par les cellules immunitaires signifient probablement qu’il migrerait à travers les tissus selon une voie similaire à celle du vaccin SARS-CoV-2. Les auteurs ont observé une hypertrophie des ganglions lymphatiques de drainage et des études tissulaires ont révélé que l’ARN de la rage apparaissait initialement au site d’injection et dans les ganglions lymphatiques de drainage en un jour, et qu’il était également retrouvé dans le sang, les poumons, la rate et le foie (Stokes et al., 2020). Ces résultats sont cohérents avec l’étude ci-dessus sur les vaccins à ARNm de la grippe.

Enfin, une étude comparant des nanoparticules d’ARNm exprimant la luciférase avec des cellules dendritiques d’ARNm exprimant la luciférase en tant qu’approche alternative à la vaccination a révélé que le signal de la luciférase atteignait une gamme plus large de sites lymphoïdes avec le mécanisme de délivrance des nanoparticules. Plus important encore, le signal de la luciférase était concentré dans la rate pour les nanoparticules par rapport à la dominance dans les poumons pour les cellules dendritiques (Firdessa-Fite et Creuso, 2020).

2. Thrombocytopénie immunitaire

La thrombocytopénie immunitaire (ou purpura thrombocytopénique immunitaire – PTI) est devenue une complication importante du COVID-19 (Bhattacharjee et Banerjee, 2020). Dans de nombreux cas, elle apparaît après une guérison complète de la maladie, c’est-à-dire après que le virus a été éliminé, ce qui suggère qu’il s’agit d’un phénomène auto-immun. Une voie probable par laquelle le PTI pourrait se produire après la vaccination est la migration de cellules immunitaires transportant une cargaison de nanoparticules d’ARNm via le système lymphatique dans la rate. Ces cellules immunitaires produiraient une protéine de pointe selon le code contenu dans les nanoparticules, et la protéine de pointe induirait la génération de cellules B d’anticorps IgG contre celle-ci.

Le PTI apparaît initialement sous forme de pétéchies ou de purpura sur la peau et/ou de saignements des surfaces muqueuses. Il présente un risque élevé de décès par hémorragie et accident vasculaire cérébral. Le PTI se caractérise à la fois par une destruction accrue des plaquettes et une production réduite de plaquettes, et les auto-anticorps jouent un rôle central (Sun et Shan, 2019). Les plaquettes sont recouvertes d’anticorps antiplaquettaires et de complexes immuns, ce qui induit leur clairance par les phagocytes.

En particulier dans des conditions d’autophagie altérée, la cascade de signalisation qui en résulte peut également entraîner la suppression de la production de mégacaryocytes dans la moelle osseuse, qui sont les cellules précurseurs de la production de plaquettes (Sun et Shan, 2019). Une étude de cas d’un patient diagnostiqué avec le COVID-19 est révélatrice car il a développé une thrombocytopénie d’apparition soudaine quelques jours après sa sortie de l’hôpital sur base d’un test d’acide nucléique COVID-19 négatif. Suite à ce développement, il a été vérifié que le patient avait un nombre réduit de mégacaryocytes producteurs de plaquettes, tandis que les anticorps auto-immuns étaient négatifs, suggérant un problème de production de plaquettes plutôt que de destruction de plaquettes (Chen et al., 2020).

L’autophagie est essentielle pour éliminer les protéines endommagées, les organites et les agents pathogènes bactériens et viraux. Les altérations des voies d’autophagie apparaissent comme une caractéristique de la pathogenèse de nombreux virus respiratoires, notamment le virus de la grippe, le MERS-CoV, le SARS-CoV et, surtout, le SARS-CoV-2 (Limanaqi et al., 2020). L’autophagie est certainement essentielle dans l’élimination de la protéine de pointe produite par les cellules immunitaires programmées pour la produire via les vaccins à ARNm.

On peut supposer que l’autophagie altérée empêche la clairance de la protéine de pointe produite par les macrophages à partir de l’ARNm du vaccin. Comme nous le montrerons plus tard, les plaquettes possèdent des protéines autophagiques et utilisent l’autophagie pour éliminer les virus. L’autophagie altérée est une caractéristique du PTI, et elle peut être la clé de l’attaque auto-immune des plaquettes (Wang et al., 2019).

3. Un rôle essentiel pour la rate

La rate est le plus grand organe lymphoïde secondaire chez l’homme et elle contient jusqu’à 1/3 des réserves de plaquettes du corps. La rate est le site principal de destruction des plaquettes au cours du PTI, car elle contrôle la réponse des anticorps contre les plaquettes. Les deux principaux auto-anticorps associés au PTI sont dirigés contre l’immunoglobuline G (IgG) et le complexe glycoprotéine (GP) IIb/IIIa sur les plaquettes (Aslam et al., 2016).

La rate joue un rôle central dans la clairance des antigènes étrangers et la synthèse des IgG par les cellules B. Lors de l’exposition à un antigène, tel que la protéine de pointe, les neutrophiles dans la zone marginale de la rate acquièrent la capacité d’interagir avec les cellules B, induisant la production d’anticorps (Puga et al., 2011). Ceci est probablement crucial pour le succès de la vaccination. La modification pseudouridine de l’ARNm est importante pour assurer la survie de l’ARN suffisamment longtemps pour qu’il atteigne la rate. Dans une expérience sur l’injection de nanoparticules d’ARNm à des souris, l’ARNm délivré et la protéine codée ont pu être détectés dans la rate 1, 4 et 24 heures après l’injection, à des niveaux significativement plus élevés que lorsque l’ARN non modifié était utilisé (Karikó et al., 2008).

Un mécanisme sophistiqué de communication croisée plaquettes-neutrophiles dans la rate peut conduire à une thrombocytopénie, médiée par une réponse pathologique appelée nétose. Les plaquettes-TLR7 (récepteur toll-like 7 – toll-like receptors) reconnaissent les particules grippales en circulation et entraînent leur engloutissement et leur endocytose par les plaquettes. Après avoir englouti les virus, les plaquettes stimulent les neutrophiles pour libérer leur ADN dans les pièges extracellulaires des neutrophiles (NETs – Neutrophil Extracellular Traps) (Koupenova et al., 2019), et l’ADN, en quantité excessive, lance une cascade prothrombotique.

4. Leçons de la grippe

Le virus de la grippe, comme le virus corona, est un virus à ARN simple brin. La thrombocytopénie est une complication courante de l’infection grippale, et sa gravité prédit les résultats cliniques chez les patients gravement malades (Jansen et al., 2020). Les plaquettes contiennent dans leurs membranes des glycoprotéines abondantes qui agissent comme des récepteurs et favorisent l’adhésion à la paroi endothéliale. Des auto-anticorps contre les glycoprotéines plaquettaires sont retrouvés chez la majorité des patients atteints de thrombocytopénie auto-immune (Lipp et al., 1998). Le virus de la grippe se lie aux cellules via les glycoprotéines et libère une enzyme appelée neuraminidase qui peut décomposer les glycosaminoglycanes liés aux glycoprotéines et les libérer. Cette action expose probablement les glycoprotéines plaquettaires aux cellules B, induisant la production d’auto-anticorps. Il a été démontré que la neuraminidase exprimée par le pathogène Streptococcus Pneumoniae désialyle les plaquettes [Ndt. une étude en français ici qui décrit le mécanisme de « Sialylation des plaquettes et thrombopénies« ], entraînant une hyperactivité plaquettaire (Kullaya et al., 2018).

Les plaquettes semblent jouer un rôle important dans la clairance virale. Moins d’une minute après l’incubation de plaquettes avec les virus de la grippe, les virus s’étaient déjà attachés aux plaquettes. L’internalisation ultérieure, peut-être par phagocytose, a culminé à 30 minutes (Jansen et al., 2020).

La protéine de pointe SARS-CoV-2 se lie à l’acide sialique, ce qui signifie qu’elle pourrait se fixer aux glycoprotéines dans les membranes plaquettaires (Baker et al., 2020). Il existe une similitude structurelle entre la protéine de pointe S1 dans le CoV du SARS et la neuraminidase exprimée par le virus de la grippe, ce qui pourrait signifier que la protéine de pointe possède une activité de neuraminidase (Zhang et al., 2004). Plusieurs virus expriment la neuraminidase, et elle agit généralement par voie enzymatique pour cataboliser les glycanes dans les glycoprotéines par désialylation.

Ainsi, il semble plausible qu’une cascade dangereuse menant au PTI puisse s’ensuivre après la vaccination par ARNm, même en l’absence de virus vivant, en particulier dans le contexte d’une autophagie altérée. Les cellules immunitaires du muscle du bras absorbent les particules d’ARN et circulent dans le système lymphatique, s’accumulant dans la rate. Là, les cellules immunitaires produisent une protéine de pointe abondante, qui se lie aux glycoprotéines plaquettaires et les désialyle. L’interaction plaquettaire avec les neutrophiles provoque une NETose [voir plus haut et ici] et le lancement d’une cascade inflammatoire. Les glycoprotéines exposées deviennent des cibles pour les anticorps auto-immuns qui attaquent et éliminent ensuite les plaquettes, entraînant une chute rapide du nombre de plaquettes et un événement mettant la vie en danger.

Activation du zona latent

Une étude observationnelle menée au Tel Aviv Medical Center et au Carmel Medical Center à Haïfa, en Israël, a révélé une augmentation significative du taux de zona après la vaccination Pfizer (Furer 2021). Cette étude observationnelle a suivi des patients atteints de maladies rhumatismales inflammatoires auto-immunes préexistantes (AIIRD – Autoimmune inflammatory rheumatic diseases). Parmi les 491 patients atteints d’AIIRD au cours de la période d’étude, 6 (1,2 %) ont reçu un diagnostic de zona comme premier diagnostic entre 2 jours et 2 semaines après la première ou la deuxième vaccination. Dans le groupe témoin de 99 patients, aucun cas de zona n’a été identifié.

La base de données VAERS du CDC, interrogée le 19 avril 2021, contient 278 rapports de zona suite aux vaccinations Moderna ou Pfizer. Compte tenu de la sous-déclaration documentée au VAERS (Lazarus et al. 2010), et compte tenu de la nature associative des déclarations du VAERS, il n’est pas possible de prouver un lien de causalité entre les vaccinations et les déclarations de zona. Cependant, nous pensons que l’apparition du zona est un autre « signal » important dans le VAERS.

Ce risque accru de zona, s’il est valide, peut avoir d’importantes implications plus larges. De nombreuses études ont montré que les patients présentant un déficit immunitaire primaire ou acquis sont plus sensibles à une infection sévère par le zona (Ansari et al., 2020). Cela suggère que les vaccins à ARNm peuvent supprimer la réponse immunitaire innée. Il existe une interaction entre le TNF-α et l’interféron de type I dans les maladies auto-immunes, où chacun supprime l’autre (Palucka et al., 2005). L’interféron de type I inhibe la réplication du virus varicelle-zona (Ku et al., 2016). Le TNF-α est fortement régulé à la hausse dans une réponse inflammatoire, qui est induite par les nanoparticules lipidiques du vaccin. Sa régulation positive est également associée à l’état inflammatoire chronique de la polyarthrite rhumatoïde (Matsuno et al., 2002). L’expression exubérante du TNF-α après la vaccination peut interférer avec la réponse INF-α des cellules dendritiques qui contrôle le zona latent.

Toxicité de la protéine de pointe

L’image émerge maintenant que le SARS-CoV-2 a des effets graves sur le système vasculaire dans plusieurs organes, y compris le système vasculaire cérébral. Comme mentionné précédemment, la protéine de pointe facilite l’entrée du virus dans une cellule hôte en se liant à l’ACE2 dans la membrane plasmique. L’ACE2 est une protéine membranaire intégrale de type I qui clive l’angiotensine II en angiotensine (1-7), éliminant ainsi l’angiotensine II et abaissant la pression artérielle. Dans une série d’articles, Yuichiro Suzuki, en collaboration avec d’autres auteurs, a présenté un argument solide selon lequel la protéine de pointe en elle-même peut provoquer une réponse de signalisation dans le système vasculaire avec des conséquences potentiellement étendues (Suzuki, 2020 ; Suzuki et al., 2020 ; Suzuki et al. ., 2021 ; Suzuki et Gychka, 2021). Ces auteurs ont observé que, dans les cas graves de COVID-19, le SARS-CoV-2 provoque des changements morphologiques importants du système vasculaire pulmonaire. L’analyse post-mortem des poumons des patients décédés du COVID-19 a révélé des caractéristiques histologiques montrant un épaississement de la paroi vasculaire, principalement dû à une hypertrophie de la tunique moyenne [tunica media]. Les cellules musculaires lisses agrandies étaient devenues arrondies, avec des noyaux gonflés et des vacuoles cytoplasmiques (Suzuki et al., 2020). En outre, ils ont montré que l’exposition de cellules musculaires lisses d’artères pulmonaires humaines cultivées à la sous-unité S1 de la protéine de pointe SARS-CoV-2 était suffisante pour promouvoir la signalisation cellulaire sans le reste des composants du virus.

Des articles de suivi (Suzuki et al., 2021, Suzuki et Gychka, 2021) ont montré que la sous-unité S1 de la protéine de pointe supprime l’ACE2, provoquant une affection ressemblant à l’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP), une maladie pulmonaire grave avec une mortalité très élevée. Leur modèle est représenté ici sur la figure 2. Fait inquiétant, Suzuki et Gychka (2021) ont écrit : « Ainsi, ces études in vivo ont démontré que la protéine de pointe du SARS-CoV-1 (sans le reste du virus) réduit l’expression de l’ACE2, augmente le niveau d’angiotensine II et aggrave la lésion pulmonaire. Les « études in vivo » auxquelles ils ont fait référence ici (Kuba et al., 2005) avaient montré que les lésions pulmonaires induites par le coronavirus du SARS étaient principalement dues à l’inhibition de l’ACE2 par la protéine de pointe du SARS-CoV, provoquant une forte augmentation de l’angiotensine-II . Suzuki et al. (2021) a ensuite démontré expérimentalement que le composant S1 du virus SARS-CoV-2, à une faible concentration de 130 pM, activait la voie de signalisation MEK/ERK/MAPK pour favoriser la croissance cellulaire. Ils ont émis l’hypothèse que ces effets ne seraient pas limités au système vasculaire pulmonaire. La cascade de signalisation déclenchée dans le système vasculaire cardiaque provoquerait une maladie coronarienne, et son activation dans le cerveau pourrait conduire à un accident vasculaire cérébral. Une hypertension systémique serait également prédite. Ils ont émis l’hypothèse que cette capacité de la protéine de pointe à favoriser l’hypertension artérielle pulmonaire pourrait prédisposer les patients qui se remettent du SARS-CoV-2 à développer plus tard une insuffisance cardiaque ventriculaire droite. En outre, ils ont suggéré qu’un effet similaire pourrait se produire en réponse aux vaccins à ARNm, et ils ont mis en garde contre les conséquences potentielles à long terme pour les enfants et les adultes qui ont reçu des vaccins COVID-19 basés sur la protéine de pointe (Suzuki et Gychka, 2021).

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Figure 2 : Un modèle simple pour un processus par lequel la protéine de pointe produite par les vaccins à ARNm pourrait induire une réponse pathologique distincte de l’induction souhaitable d’anticorps pour supprimer l’entrée virale. Redessiné avec la permission de Suzuki et Gychka, 2021

Une étude intéressante de Lei et. Al. (2021) ont découvert que les pseudovirus – des sphères décorées avec la protéine SARS-CoV-2 S1 mais dépourvues d’ADN viral dans leur noyau – provoquaient une inflammation et des dommages dans les artères et les poumons de souris exposées par voie intratrachéale. Ils ont ensuite exposé des cellules endothéliales humaines saines aux mêmes particules de pseudovirus. La liaison de ces particules aux récepteurs endothéliaux ACE2 a entraîné des dommages mitochondriaux et une fragmentation de ces cellules endothéliales, entraînant les changements pathologiques caractéristiques du tissu associé. Cette étude montre clairement que la protéine de pointe seule, non associée au reste du génome viral, est suffisante pour provoquer les dommages endothéliaux associés au COVID-19. Les implications pour les vaccins destinés à amener les cellules à fabriquer la protéine de pointe sont claires et constituent une cause évidente de préoccupation.

Les symptômes neurologiques associés au COVID-19, tels que les maux de tête, les nausées et les étourdissements, l’encéphalite et les caillots sanguins cérébraux mortels sont tous des indicateurs d’effets viraux dommageables sur le cerveau. Buzhdygan et al. (2020) ont proposé que les cellules endothéliales microvasculaires primaires du cerveau humain pourraient provoquer ces symptômes. L’ACE2 est exprimé de manière ubiquitaire dans les cellules endothéliales des capillaires cérébraux. L’expression de l’ACE2 est régulée à la hausse dans le système vasculaire cérébral en association avec la démence et l’hypertension, qui sont tous deux des facteurs de risque d’effets néfastes du COVID-19. Dans une étude in vitro de la barrière hémato-encéphalique, le composant S1 de la protéine de pointe a favorisé la perte d’intégrité de la barrière, suggérant que la protéine de pointe agissant seule déclenche une réponse pro-inflammatoire dans les cellules endothéliales du cerveau, ce qui pourrait expliquer les conséquences neurologiques de la maladie (Buzhdygan et al., 2020). Les implications de cette observation sont troublantes car les vaccins à ARNm induisent la synthèse de la protéine de pointe, qui pourrait théoriquement agir de manière similaire pour endommager le cerveau.

La protéine de pointe générée de manière endogène par le vaccin pourrait également avoir un impact négatif sur les testicules mâles, car le récepteur ACE2 est fortement exprimé dans les cellules de Leydig des testicules (Verma et al., 2020). Plusieurs études ont maintenant montré que la protéine de pointe du coronavirus est capable d’accéder aux cellules des testicules via le récepteur ACE2 et de perturber la reproduction masculine (Navarra et al., 2020 ; Wang et Xu, 2020). Un article impliquant un examen post-mortem des testicules de six patients masculins atteints de COVID-19 a trouvé des preuves microscopiques de protéines de pointe dans les cellules interstitielles des testicules de patients présentant des testicules endommagés (Achua et al., 2021).

Un lien possible avec les maladies à prions et la neurodégénérescence

Les maladies à prions sont un ensemble de maladies neurodégénératives induites par le mauvais repliement de protéines corporelles importantes, qui forment des oligomères toxiques qui finissent par précipiter sous forme de fibrilles causant des dommages étendus aux neurones. C’est Stanley Prusiner qui a inventé le nom de « prion » pour décrire ces protéines mal repliées (Prusiner, 1982). La maladie à prions la plus connue est la maladie de la vache folle (encéphalopathie spongiforme bovine), devenue épidémique chez les bovins européens à partir des années 1980. Le site Web du CDC au sujet des maladies à prions indique que « les maladies à prions sont généralement rapidement progressives et toujours mortelles. » (Centers for Disease Control and Prevention, 2018). On pense maintenant que de nombreuses maladies neurodégénératives, notamment la maladie d’Alzheimer, la maladie de Parkinson et la sclérose latérale amyotrophique (SLA) peuvent être des maladies à prions, et les chercheurs ont identifié des particules infectieuses protéiniques spécifiques liées à ces maladies (Weickenmeier et al., 2019).

De plus, les chercheurs ont identifié un motif de signature lié à la susceptibilité à un mauvais repliement en oligomères toxiques, appelé glycine zipper motif [voir ici]. Il est caractérisé par un motif de deux résidus glycine espacés de trois acides aminés intermédiaires, représentés par GxxxG. Le prion bovin lié à la maladie de la vache folle a une séquence spectaculaire de dix GxxxG d’affilée (voir uniprot.org/uniprot/P10279).

Plus généralement, le motif GxxxG est une caractéristique commune des protéines transmembranaires, et les glycines jouent un rôle essentiel dans la réticulation des hélices dans la protéine (Mueller et al., 2014). Les protéines prions deviennent toxiques lorsque les hélices α se replient mal en feuillets β, et la protéine est alors altérée dans sa capacité à pénétrer dans la membrane (Prusiner, 1982). Les glycines dans les glycine zipper motif transmembranaires dans la protéine précurseur de l’amyloïde-β (APP – amyloid-β precursor protein) jouent un rôle central dans le mauvais repliement de l’amyloïde-β lié à la maladie d’Alzheimer (Decock et al., 2016). L’APP contient un total de quatre motifs GxxxG.

Lorsque l’on considère que la protéine de pointe du SARS-CoV-2 est une protéine transmembranaire et qu’elle contient cinq motifs GxxxG dans sa séquence (voir uniprot.org/uniprot/P0DTC2), il devient extrêmement plausible qu’elle puisse se comporter comme un prion. L’une des séquences GxxxG est présente dans son domaine de fusion membranaire. Rappelons que les vaccins à ARNm sont conçus avec une séquence modifiée qui remplace deux acides aminés adjacents dans le domaine de fusion par une paire de prolines. Ceci est fait intentionnellement afin de forcer la protéine à rester dans son état ouvert et de rendre plus difficile sa fusion avec la membrane. Cela nous semble être une dangereuse étape vers un mauvais repliement menant potentiellement à la maladie à prions.

Un article publié par J. Bart Classen (2021) [NdT. que j’ai traduit et publié ici le14 avril] a proposé que la protéine de pointe dans les vaccins à ARNm pourrait provoquer des maladies de type prion, en partie grâce à sa capacité à se lier à de nombreuses protéines connues et à induire leur mauvais repliement en prions potentiels. Idrees et Kumar (2021) ont proposé que le composant S1 de la protéine de pointe est susceptible d’agir comme un amyloïde fonctionnel et de former des agrégats toxiques. Ces auteurs ont écrit que S1 a la capacité « de former des agrégats amyloïdes et toxiques qui peuvent agir comme facteurs d’agrégation de nombreuses protéines cérébrales mal repliées et peuvent finalement conduire à une neurodégénérescence ».

Selon Tetz et Tetz (2020), la forme de la protéine de pointe dans le SARS-CoV-2 a des régions de prions qui ne sont pas présentes dans les protéines de pointe d’autres coronavirus. Bien que cela ait été signalé dans un article non évalué par des pairs, les auteurs avaient publié un article précédent en 2018 identifiant des régions de type prion dans plusieurs virus eucaryotes, ils ont donc une expertise considérable dans ce domaine (Tetz et Tetz, 2018).

Un dernier point concerne les informations sur le vaccin Pfizer en particulier. Le rapport d’évaluation publique de l’Agence Européenne des Médicaments (EMA) est un document soumis pour obtenir l’autorisation de commercialiser le vaccin en Europe. Il décrit en détail un examen du processus de fabrication ainsi qu’un large éventail de données d’essai associées. Une révélation préoccupante est la présence d’« espèces fragmentées » d’ARN dans la solution d’injection. Ce sont des fragments d’ARN résultant de l’arrêt précoce du processus de transcription à partir de la matrice d’ADN. Ces fragments, s’ils étaient traduits par la cellule après l’injection, généreraient des protéines de pointe incomplètes, entraînant à nouveau une structure tridimensionnelle altérée et imprévisible et un impact physiologique neutre dans le meilleur des cas et au pire préjudiciable au fonctionnement cellulaire. On a trouvé beaucoup plus de ces formes fragmentées d’ARN dans les produits fabriqués commercialement que dans les produits utilisés dans les essais cliniques. Ces derniers ont été produits via un processus de fabrication beaucoup plus contrôlé. [NdT. ce qu’explique le Dr Vanessa Schmidt-Kruger, que j’ai également traduite et publiée ici]

Pfizer affirme que les fragments d’ARN « n’entraîneront probablement pas de protéines exprimées » en raison de leur supposée dégradation rapide dans la cellule. Aucune donnée n’a été présentée pour exclure l’expression des protéines, cependant, laissant les examinateurs commenter : « Ces formes [d’ARN fragmenté] sont mal caractérisées et les données limitées fournies pour l’expression des protéines ne répondent pas pleinement aux incertitudes liées au risque de traduction des protéines/peptides autres que la protéine de pointe prévue » (EMA 2020). À notre connaissance, aucune donnée n’a été communiquée depuis lors.

Bien que nous n’affirmions pas que les protéines différentes des protéines de pointe générées à partir d’ARN fragmenté seraient mal repliées ou autrement pathologiques, nous pensons qu’elles contribueraient au moins au stress cellulaire qui favorise les changements de conformation associés aux prions dans la protéine de pointe qui est présente.

1. Leçons de la maladie de Parkinson

La maladie de Parkinson est une maladie neurodégénérative associée à des dépôts de corps de Lewy dans le cerveau, et la principale protéine trouvée dans ces corps de Lewy est l’α-synucléine. Cette protéine, l’α-Synucléine, est certainement de type prion dans la mesure où, dans certaines conditions, elle s’agrège en oligomères et fibrilles solubles toxiques (Lema Tomé et al., 2013). Des recherches ont montré que l’α-synucléine mal repliée peut se former d’abord dans l’intestin, puis voyager de là vers le cerveau le long du nerf vague, probablement sous la forme d’exosomes libérés par les cellules mourantes d’où provient la protéine mal repliée (Kakarla et al., 2020 ; Steiner et al., 2011). Les conditions cellulaires qui favorisent le mauvais repliement comprennent à la fois un pH acide et une expression élevée de cytokines inflammatoires. Il est clair que le nerf vague est essentiel pour la transmission de protéines mal repliées au cerveau, car la rupture du nerf vague protège de la maladie de Parkinson. L’atrophie du nerf vague associée à la maladie de Parkinson fournit une preuve supplémentaire de l’implication du nerf vague dans le transport d’oligomères de α-synucléine mal repliés de l’intestin vers le cerveau (Walter et al., 2018). Une autre voie passe par le nerf olfactif, et une perte de l’odorat est un signe précoce de la maladie de Parkinson. De façon inquiétante, la diminution ou la perte de l’odorat est également un symptôme courant de l’infection par le SARS-CoV-2.

Il existe de nombreux parallèles entre l’α-synucléine et la protéine de pointe, suggérant la possibilité d’une maladie de type prion après la vaccination. Nous avons déjà montré que l’ARNm du vaccin se retrouve en forte concentration dans le foie et la rate, deux organes bien connectés au nerf vague. Les lipides cationiques contenus dans le vaccin créent un pH acide propice à un mauvais repliement, et ils induisent également une forte réponse inflammatoire, une autre condition y prédisposant.

Les centres germinatifs sont des structures au sein de la rate et d’autres organes lymphoïdes secondaires où les cellules dendritiques folliculaires présentent des antigènes aux cellules B, qui à leur tour perfectionnent leur réponse en anticorps. Les chercheurs ont montré que les vaccins à ARNm, contrairement aux vaccins à protéines recombinantes, provoquent un développement robuste d’anticorps neutralisants au niveau de ces centres germinatifs de la rate (Lederer et al., 2020). Cependant, cela signifie également que les vaccins à ARNm induisent une situation idéale pour la formation de prions à partir de la protéine de pointe et son transport via les exosomes le long du nerf vague jusqu’au cerveau.

Des études ont montré que la propagation du prion d’un animal à un autre apparaît d’abord dans les tissus lymphoïdes, en particulier la rate. Les cellules dendritiques folliculaires différenciées sont au cœur du processus, car elles accumulent des protéines prions mal repliées (Al-Dybiat et al., 2019). Une réponse inflammatoire régule positivement la synthèse de l’α-synucléine dans ces cellules dendritiques, augmentant le risque de formation de prions. Les prions qui s’accumulent dans le cytoplasme sont emballés dans des corps lipidiques qui sont libérés sous forme d’exosomes (Liu et al., 2017). Ces exosomes finissent par pénétrer le cerveau, provoquant la maladie.

2. Excrétion du vaccin

Il y a eu beaucoup de discussions sur Internet au sujet de la possibilité que des personnes vaccinées provoquent des maladies chez des personnes non vaccinées à proximité. Bien que cela puisse sembler difficile à croire, il existe un processus plausible par lequel cela pourrait se produire par la libération d’exosomes à partir de cellules dendritiques dans la rate contenant des protéines de pointe mal repliées, en complexe avec d’autres protéines de prions reconformées. Ces exosomes peuvent voyager vers des endroits éloignés. Il n’est pas impossible d’imaginer qu’ils sont libérés des poumons et inhalés par une personne proche. Des vésicules extracellulaires, y compris des exosomes, ont été détectées dans les expectorations, le mucus, le liquide de revêtement épithélial et le liquide de lavage broncho-alvéolaire en association avec des maladies respiratoires (Lucchetti et al., 2021).

Une étude de phase 1/2/3 entreprise par BioNTech sur le vaccin à ARNm de Pfizer impliquait dans leur protocole d’étude qu’ils anticipaient la possibilité d’une exposition secondaire au vaccin (BioNTech, 2020). Le protocole incluait l’exigence selon laquelle « l’exposition pendant la grossesse » devrait être signalée par les participants à l’étude. Ils ont ensuite donné des exemples d’« exposition environnementale pendant la grossesse » qui incluaient l’exposition « à l’intervention de l’étude par inhalation ou contact cutané ». [NdT. « l’intervention » signifie dans ce cadre le produit sujet de l’étude] Ils ont même suggéré deux niveaux d’exposition indirecte : « Un membre masculin de la famille ou un professionnel de la santé qui a été exposé à l’intervention de l’étude par inhalation ou par contact cutané expose ensuite sa partenaire féminine avant ou autour du moment de la conception. »

Emergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2

Une hypothèse intéressante a été proposée dans un article publié dans Nature, qui décrivait un cas de maladie COVID-19 grave chez un patient cancéreux qui prenait des médicaments de chimiothérapie anticancéreuse immunosuppressive (Kemp et al., 2021). Le patient a survécu pendant 101 jours après son admission à l’hôpital, succombant finalement dans la bataille contre le virus. Le patient a constamment excrété des virus pendant les 101 jours et il a donc été transféré dans une salle d’isolement pour maladies infectieuses à haute pression négative et à fort renouvellement d’air, afin d’éviter la propagation contagieuse.

Au cours du séjour à l’hôpital, le patient a été traité avec du Remdesivir et par la suite avec deux séries de plasma contenant des anticorps prélevés sur des personnes qui s’étaient rétablies du COVID-19 (plasma de convalescence). Ce n’est qu’après les traitements plasmatiques que le virus a commencé à muter rapidement, et une nouvelle souche dominante a finalement émergé, vérifiée à partir d’échantillons prélevés dans le nez et la gorge du patient. Un patient immunodéprimé présente peu de soutien des cellules T cytotoxiques pour éliminer le virus.

Une expérience in vitro a démontré que cette souche mutante avait une sensibilité réduite à plusieurs unités de plasma de convalescent prélevées sur plusieurs patients guéris. Les auteurs ont suggéré que les anticorps administrés avaient en fait accéléré le taux de mutation du virus, car le patient n’était pas en mesure d’éliminer complètement le virus en raison de sa faible réponse immunitaire. Cela a permis à un programme de « survie des plus aptes » de s’installer, remplissant finalement le corps du patient d’une nouvelle souche résistante aux anticorps. La réplication virale prolongée chez ce patient a conduit à une « évasion immunitaire virale » et des souches résistantes similaires pourraient potentiellement se propager très rapidement au sein d’une population exposée (Kemp et al., 2021). En effet, un processus similaire pourrait vraisemblablement être à l’œuvre pour produire les nouvelles souches hautement contagieuses qui apparaissent maintenant au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil.

Il y a au moins deux préoccupations que nous avons concernant cette expérience, en relation avec les vaccins à ARNm. La première est que, via l’infection continue des patients immunodéprimés, nous pouvons nous attendre à une émergence continue de nouvelles souches résistantes aux anticorps induits par le vaccin, de sorte que le vaccin peut rapidement devenir obsolète, et qu’il pourrait bien y avoir des demandes de la population à subir une autre campagne de vaccination de masse. Déjà une étude publiée par des chercheurs de Pfizer a montré que l’efficacité du vaccin est réduite pour bon nombre de ces souches variantes. Le vaccin était seulement 2/3 aussi efficace contre la souche sud-africaine que contre la souche d’origine (Liu et al., 2021).

La deuxième considération plus inquiétante est de réfléchir à ce qui se passera avec un patient immunodéprimé après la vaccination. Il est concevable qu’ils répondent au vaccin en produisant des anticorps, mais ces anticorps seront incapables de contenir la maladie après une exposition au COVID-19 en raison d’une altération de la fonction des cellules T cytotoxiques. Ce scénario n’est pas très différent de l’administration de plasma convalescent à des patients immunodéprimés, et il pourrait donc engendrer l’évolution de souches résistantes aux anticorps de la même manière, mais à une échelle beaucoup plus grande. Cette possibilité sera sûrement utilisée pour plaider en faveur de séries répétées de vaccins tous les quelques mois, avec un nombre croissant de variants viraux codés dans les vaccins. C’est une course aux armements que nous allons probablement perdre.

Potentiel d’incorporation permanente du gène de la protéine de pointe dans l’ADN humain

Il a été affirmé que les vaccins à base d’ARNm sont plus sûrs que les vaccins à vecteur d’ADN qui fonctionnent en incorporant le code génétique de la protéine antigénique cible dans un virus à ADN, car l’ARN ne peut pas être incorporé par inadvertance dans le génome humain. Cependant, il n’est pas du tout clair que cela soit vrai. On sait maintenant que le modèle classique ADN → ARN → protéine est faux. Il est maintenant incontestable qu’il existe une grande classe de virus appelés rétrovirus qui portent des gènes qui rétrotranscrivent l’ARN en ADN complémentaire (ADNc). En 1975, Howard Temin, Renato Dulbecco et David Baltimore ont partagé le prix Nobel de Physiologie ou Médecine en 1975 pour leur découverte de la transcriptase inverse et sa synthèse par des rétrovirus (tels que le virus de l’immunodéficience humaine (VIH)) pour dériver l’ADN de l’ARN (Temin et Mizutani, 1970, Baltimore, 1970).

Beaucoup plus tard, il a été découvert que la transcriptase inverse n’est pas unique aux rétrovirus. Plus d’un tiers du génome humain est consacré à de mystérieux éléments mobiles de l’ADN appelés SINE et LINE (respectivement, éléments nucléaires courts et longs intercalés – short and long interspersed nuclear elements). Les LINEs fournissent des capacités de transcriptase inverse pour convertir l’ARN en ADN, et les SINEs permettent d’intégrer l’ADN dans le génome. Ainsi, ces éléments fournissent les outils nécessaires pour convertir l’ARN en ADN et l’incorporer dans le génome afin de maintenir le nouveau gène à travers les générations futures (Weiner, 2002).

Les SINE et les LINE font partie d’une classe plus large d’éléments génétiques appelés rétrotransposons. Les rétrotransposons peuvent copier et coller leur ADN vers un nouveau site du génome via un ARN intermédiaire, tout en introduisant éventuellement des altérations génétiques dans le processus (Pray, 2008). Les rétrotransposons, également connus sous le nom de « gènes sauteurs », ont été identifiés pour la première fois par la généticienne Barbara McClintock du Cold Spring Harbor Laboratory à New York, il y a plus de 50 ans (McClintock, 1965). Beaucoup plus tard, en 1983, elle a reçu un prix Nobel pour ce travail.

Remarquablement, les rétrotransposons semblent être capables d’étendre leur domaine de génération en génération. Les LINEs et les SINEs collaborent pour envahir de nouveaux sites génomiques grâce à la traduction de leur ADN en ARN et en une nouvelle copie d’ADN, qui est ensuite insérée dans une région riche en AT du génome [NdT. la caractéristique la plus distinctive d’une région riche en AT est sa teneur élevée en résidus adénine et thymine par rapport à la moyenne globale d’une origine de réplication entière]. Ces LINEs et SINEs ont longtemps été considérés comme de l’ADN « indésirable », une idée absurde qui a maintenant été dissipée, alors que la prise de conscience de leurs fonctions critiques s’est accrue. En particulier, il est maintenant devenu clair qu’ils peuvent également importer de l’ARN d’une source exogène dans l’ADN d’un hôte mammifère. Les éléments répétés de type rétroviral trouvés dans le génome de la souris, appelés particules A intracisternales (IAP – intracisternal A particles), se sont révélés capables d’incorporer de l’ARN viral dans le génome de la souris. La recombinaison entre un virus à ARN non rétroviral exogène et un rétrotansposon IAP a entraîné une transcription inverse de l’ARN viral et une intégration dans le génome de l’hôte (Geuking et al., 2009).

De plus, comme nous le verrons plus loin, l’ARNm des nouveaux vaccins SARS-CoV-2 pourrait également se transmettre de génération en génération, à l’aide de LINEs exprimées dans le sperme, via un ADNc non intégré encapsulé dans des plasmides. Les implications de ce phénomène prévisible ne sont pas claires, mais potentiellement de grande envergure.

1. Rétrovirus exogènes et endogènes

On craint également que l’ARN des vaccins à ARNm puisse être transféré dans le génome humain par l’intervention de rétrovirus. Les rétrovirus sont une classe de virus qui conservent leurs informations génomiques sous forme d’ARN, mais qui possèdent les enzymes nécessaires pour transcrire à l’envers leur ARN en ADN et l’insérer dans un génome hôte. Ils s’appuient ensuite sur des outils naturels existants de l’hôte pour produire des copies du virus par traduction de l’ADN en ARN et pour produire les protéines que l’ARN viral code et les assembler en une nouvelle particule virale (Lesbats et al., 2016) .

Les rétrovirus endogènes humains (HERV – human endogenous retroviruses) sont des sections bénignes de l’ADN humain qui ressemblent étroitement aux rétrovirus et qui sont censées être devenues des séquences permanentes dans le génome humain grâce à un processus d’intégration à partir de ce qui était à l’origine un rétrovirus exogène. Les rétrovirus endogènes sont abondants chez tous les vertébrés à mâchoires et on estime qu’ils occupent 5 à 8 % du génome humain. La protéine syncytine, devenue indispensable à la fusion placentaire avec la paroi utérine et à l’étape de fusion entre le sperme et l’ovule lors de la fécondation, est un bon exemple de protéine rétrovirale endogène. La syncytine est le gène d’enveloppe d’un rétrovirus défectif endogène humain récemment identifié, HERV-W (Mi et al., 2000). Pendant la gestation, le fœtus exprime des niveaux élevés d’un autre rétrovirus endogène, HERV-R, et il semble protéger le fœtus des attaques immunitaires de la mère (Luganini et Gribaudo, 2020). Les éléments rétroviraux endogènes ressemblent étroitement aux rétrotransposons. Leur transcriptase inverse, lorsqu’elle est exprimée, a la capacité théorique de convertir l’ARN de la protéine de pointe des vaccins à ARNm en ADN.

2. Intégration permanente de l’ADN des gènes de rétrovirus exogènes

Les humains sont colonisés par une grande collection de rétrovirus exogènes qui, dans de nombreux cas, ne causent aucun dommage à l’hôte et peuvent même être symbiotiques (Luganini et Gribaudo, 2020). Les virus exogènes peuvent être convertis en virus endogènes (incorporés de manière permanente dans l’ADN de l’hôte) en laboratoire, comme l’a démontré Rudolf Jaenisch (Jaenisch, 1976), qui a infecté des embryons de souris préimplantatoires avec le virus de la leucémie murine de Moloney (M-MuLV). Les souris générées à partir de ces embryons infectés ont développé une leucémie et l’ADN viral a été intégré dans leur lignée germinale et transmis à leur progéniture. Outre l’incorporation d’ADN viral dans le génome de l’hôte, il a également été démontré dès 1980 que des plasmides d’ADN pouvaient être micro-injectés dans les noyaux d’embryons de souris pour produire des souris transgéniques qui se reproduisent réellement (Gordon et al., 1980). L’ADN plasmidique a été incorporé dans le génome nucléaire des souris par des processus naturels existants, préservant ainsi les informations génétiques nouvellement acquises dans le génome de la progéniture. Cette découverte a été à la base de nombreuses expériences de génie génétique sur des souris transgéniques conçues pour exprimer des gènes humains nouvellement acquis depuis lors (Bouabe et Okkenhaug, 2013).

3. LINE-1 est largement exprimé

Les LINEs représentent à eux seuls plus de 20 % du génome humain. Le LINE le plus courant est le LINE-1, qui code pour une transcriptase inverse qui régule les processus biologiques fondamentaux. Le LINE-1 est exprimé dans de nombreux types de cellules, mais à des niveaux particulièrement élevés dans les spermatozoïdes. Les spermatozoïdes peuvent être utilisés comme vecteurs d’ADN exogène et de molécules d’ARN exogènes par le biais de tests de transfert de gènes médiés par le sperme. Le sperme peut inverser la transcription de l’ARN exogène directement en ADNc et peut fournir des plasmides contenant cet ADNc à l’ovule fécondé. Ces plasmides sont capables de se propager dans l’embryon en développement et de peupler de nombreux tissus chez le fœtus. En fait, ils survivent jusqu’à l’âge adulte en tant que structures extrachromosomiques et sont capables d’être transmis à la descendance. Ces plasmides sont transcriptionnellement compétents, ce qui signifie qu’ils peuvent être utilisés pour synthétiser des protéines codées par l’ADN qu’ils contiennent (Pittoggi et al., 2006).

En plus du sperme, les embryons expriment également la transcriptase inverse avant l’implantation, et son inhibition provoque un arrêt du développement. Le LINE-1 est également exprimé par les cellules cancéreuses, et le silençage par interférence ARN du LINE-1 humain induit la différenciation dans de nombreuses lignées cellulaires cancéreuses. La machinerie de la transcriptase inverse est impliquée dans la genèse de nouvelles informations génétiques, à la fois dans les cellules cancéreuses et dans les cellules germinales. De nombreux tissus tumoraux se sont avérés exprimer des niveaux élevés de LINE-1 et contenir de nombreux plasmides extrachromosomiques dans leur noyau. Les gliomes malins sont les tumeurs primaires du système nerveux central. Il a été montré expérimentalement que ces tumeurs libèrent des exosomes contenant de l’ADN, de l’ARN et des protéines, qui se retrouvent dans la circulation générale (Vaidya et Sugaya, 2020). Le LINE-1 est également fortement exprimé dans les cellules immunitaires dans plusieurs maladies auto-immunes telles que le lupus érythémateux disséminé, [le syndrome de] Sjögrens et le psoriasis (Zhang et al., 2020).

4. Intégration du gène de la protéine de pointe dans le génome humain

Remarquablement, il a été démontré que les neurones du cerveau des patients atteints de la maladie d’Alzheimer hébergent de multiples variantes du gène de la protéine précurseur amyloïde APP [amyloid precursor protein], incorporés dans le génome, qui sont créés par un processus appelé recombinaison génétique somatique (SGR – somatic gene recombination) (Kaeser et al., 2020). La SGR nécessite une transcription génique, des cassures de brins d’ADN et une activité de transcriptase inverse, qui peuvent tous être favorisés par des facteurs de risque bien connus de la maladie d’Alzheimer. L’ADN codant pour l’APP est transcrit de manière inverse en ARN, puis retranscrit en ADN et incorporé dans le génome au niveau d’un site de rupture de brin. Étant donné que l’ARN est plus sensible aux mutations, l’ADN de ces copies mosaïques contient de nombreuses variantes mutantes du gène, de sorte que la cellule devient une mosaïque, capable de produire de multiples variantes de l’APP. Les neurones de patients atteints de la maladie d’Alzheimer contenaient jusqu’à 500 millions de paires de bases d’ADN en excès dans leurs chromosomes (Bushman et al., 2015).

Des chercheurs du MIT et de Harvard ont publié un article troublant en 2021, dans lequel ils ont fourni des preuves solides que l’ARN du SARS-CoV-2 peut être rétrotranscrit en ADN et intégré dans l’ADN humain (Zhang et al., 2021). Ils ont été amenés à enquêter sur cette idée après avoir observé que de nombreux patients continuent d’être testés positifs pour le COVID-19 après que le virus ait déjà été éliminé de leur corps. Les auteurs ont trouvé des transcrits chimériques qui contenaient des séquences d’ADN viral fusionnées à des séquences d’ADN cellulaire chez des patients qui s’étaient remis du COVID-19. Étant donné que le COVID-19 induit souvent une tempête de cytokines dans les cas graves, ils ont confirmé la possibilité d’une activité de transcriptase inverse améliorée grâce à une étude in vitro utilisant des milieux conditionnés contenant des cytokines dans des cultures cellulaires. Ils ont trouvé une régulation positive doublée à triplée de l’expression endogène de LINE-1 en réponse aux cytokines. L’ARN exogène du virus incorporé dans l’ADN humain pourrait produire des fragments de protéines virales indéfiniment après la disparition de l’infection, ce qui donne un faux positif sur un test PCR.

5. Diarrhée virale bovine : un modèle inquiétant

La diarrhée virale bovine (BVD – Bovine Viral Diarrhea) est une maladie virale infectieuse qui affecte les bovins dans le monde entier. Il fait partie de la classe des pestivirus, qui sont de petits virus à ARN enveloppés, sphériques, simple brin. La maladie est associée à des maladies gastro-intestinales, respiratoires et reproductives. Une caractéristique unique de la BVD est que le virus peut traverser le placenta d’une mère enceinte infectée. Cela peut entraîner la naissance d’un veau porteur de particules virales intracellulaires qu’il confond avec le « soi ». Son système immunitaire refuse de reconnaître le virus comme une invasion étrangère et, par conséquent, le veau excrète le virus en grande quantité tout au long de sa vie, infectant potentiellement tout le troupeau. C’est devenu une pratique répandue d’identifier ces veaux porteurs et de les éliminer du troupeau pour tenter de réduire l’infection (Khodakaram-Tafti & Farjanikish, 2017).

Il semble plausible qu’une situation dangereuse puisse survenir à l’avenir lorsqu’une femme reçoit un vaccin à ARNm contre le SARS-CoV-2, puis conçoit un enfant peu de temps après. Le sperme serait libre d’absorber les liposomes inclus dans l’ARN du vaccin et de les convertir en ADN à l’aide de LINE-1. Ils produiraient alors des plasmides contenant le code de la protéine de pointe qui serait absorbé par l’œuf fécondé par le processus décrit ci-dessus. L’enfant qui naît est alors potentiellement incapable de produire des anticorps contre la protéine de pointe parce que son système immunitaire la considère comme « soi ». Si ce nourrisson était infecté par le SARS-CoV-2 à tout moment de sa vie, son système immunitaire ne constituerait pas de défense contre le virus, et le virus serait vraisemblablement libre de se multiplier dans le corps du nourrisson sans retenue. Le nourrisson deviendrait logiquement un super-épandeur dans une telle situation. Certes, il s’agit de spéculations à l’heure actuelle, mais il existe des preuves de ce que nous savons sur les rétrotransposons, les spermatozoïdes, la fécondation, le système immunitaire et les virus, qu’un tel scénario ne peut être exclu. Il a déjà été démontré chez la souris que les éléments génétiques des vaccins vecteurs à ADN, qui sont essentiellement des plasmides, peuvent s’intégrer dans le génome de l’hôte (Wang et al., 2004). En fait, un tel processus a été suggéré comme base de l’évolution lamarckienne définie comme l’hérédité des traits acquis (Steele, 1980).

La prise de conscience que ce qui était autrefois appelé « ADN poubelle » n’est pas de l’ADN poubelle, n’est qu’un des résultats du nouveau paradigme philosophique du langage humain, de la biologie et de la génétique basé sur la génomique fractale (Pellionisz, 2012) – un paradigme que Pellionisz a lié à l’implication de « vraies représentations narratives » (TNR ; Oller, 2010), réalisées comme des « itérations d’un modèle fractal » dans les processus hautement répétitifs du développement normal des nombreuses structures ramifiées du corps humain. Ces processus sont nombreux dans les poumons, les reins, les veines et les artères, et surtout dans le cerveau. Les vaccins à ARNm sont une thérapie génique expérimentale avec le potentiel d’incorporer le code de la protéine de pointe SARS-CoV-2 dans l’ADN humain. Ce code ADN pourrait instruire la synthèse d’un grand nombre de copies de particules infectieuses protéiques, ce qui a le potentiel d’insérer plusieurs faux signaux dans le développement des instructions, entraînant des résultats imprévisibles.

Conclusion

Les vaccins expérimentaux à ARNm ont été annoncés comme ayant le potentiel de grands avantages, mais ils recèlent également la possibilité de conséquences imprévues potentiellement tragiques et même catastrophiques. Les vaccins à ARNm contre le SARS-CoV-2 ont été mis en œuvre en grande pompe, mais de nombreux aspects de leur utilisation généralisée méritent d’être préoccupants. Nous avons passé en revue certaines de ces préoccupations ici, mais pas toutes, et nous tenons à souligner que ces préoccupations sont potentiellement graves et pourraient ne pas être évidentes avant des années ou même être transgénérationnelles. Afin d’écarter de manière adéquate les potentialités négatives décrites dans cet article, nous recommandons, au minimum, que les pratiques de recherche et de surveillance suivantes soient adoptées :

• Un effort national pour collecter des données détaillées sur les événements indésirables associés aux vaccins à ARNm avec une allocation de financement abondante, suivi bien au-delà des deux premières semaines après la vaccination.
• Des tests répétés d’auto-anticorps de la population vaccinée. Les auto-anticorps testés pourraient être standardisés et devraient être basés sur des anticorps et des auto-anticorps préalablement documentés potentiellement induits par la protéine de pointe. Ceux-ci comprennent des auto-anticorps contre les phospholipides, le collagène, l’actine, la thyroperoxydase (TPO), la protéine basique de la myéline, la transglutaminase tissulaire et peut-être d’autres.
• Un profilage immunologique lié à l’équilibre des cytokines et aux effets biologiques associés. Les tests doivent inclure, au minimum, l’IL-6, l’INF-α, les D-dimères, le fibrinogène et la protéine C-réactive.
• Des études comparant les populations qui ont été vaccinées avec les vaccins à ARNm et celles qui ne l’ont pas été afin de confirmer la diminution attendue du taux d’infection et des symptômes plus légers du groupe vacciné, tout en comparant les taux de diverses maladies auto-immunes et maladies à prions dans les deux mêmes populations.
• Des études visant à évaluer s’il est possible pour une personne non vaccinée d’acquérir des formes spécifiques au vaccin des protéines de pointe d’une personne vaccinée à proximité.
• Des études in vitro pour évaluer si les nanoparticules d’ARNm peuvent être absorbées par le sperme et converties en plasmides d’ADNc.
• Des études animales visant à déterminer si la vaccination peu de temps avant la conception peut entraîner des descendants porteurs de plasmides codant pour les protéines de pointe dans leurs tissus, éventuellement intégrés dans leur génome.
• Des études in vitro visant à mieux comprendre la toxicité de la protéine de pointe pour le cerveau, le cœur, les testicules, etc.

La politique publique autour de la vaccination de masse s’est généralement basée sur l’hypothèse que le rapport risque/bénéfice pour les nouveaux vaccins à ARNm était « du tout cuit ». Alors que la campagne de vaccination massive est bien engagée en réponse à l’urgence internationale déclarée de COVID-19, nous nous sommes précipités dans des expériences de vaccination à l’échelle mondiale. À tout le moins, nous devrions tirer parti des données disponibles à partir de ces expériences pour en savoir plus sur cette nouvelle technologie non testée auparavant. Et, à l’avenir, nous exhortons les gouvernements à faire preuve de plus de prudence face aux nouvelles biotechnologies.

Enfin, en tant que suggestion évidente mais tragiquement ignorée, le gouvernement devrait également encourager la population à prendre des mesures sûres et abordables pour renforcer naturellement leur système immunitaire, comme s’exposer au soleil pour augmenter les niveaux de vitamine D (Ali, 2020), et manger principalement des aliments entiers biologiques plutôt que des aliments transformés chargés de produits chimiques (Rico-Campà et al., 2019). En outre, la consommation d’aliments qui sont de bonnes sources de vitamine A, de vitamine C et de vitamine K2 doit être encouragée, car les carences en ces vitamines sont liées aux mauvais résultats du COVID-19 (Goddek, 2020 ; Sarohan, 2020)

Remerciements

Cette recherche a été financée en partie par Quanta Computers, Inc., Taiwan, sous les auspices du projet Qmulus.

Conflits d’intérêt

Les auteurs n’ont pas d’intérêts concurrents ou de conflits d’intérêt à déclarer.

References

Achua, J. K., Chu, K. Y., Ibrahim, E., Khodamoradi, K., Delma, K. S., Ramsamy, R. … Arora, H. (2021). Histopathology and Ultrastructural Findings of Fatal COVID-19 Infections on Testis. The World Journal of Men’s Health 39(1): 65-74. https://doi.org/10.5534/wjmh.200170.

Al-Dybiat, I., Moudjou, M., Martin, D., Reine, F., Herzog, L., Truchet, S., … Sibille, P. (2019) Prion Strain-dependent Tropism is Maintained between Spleen and Granuloma and Relies on Lymphofollicular Structures. Scientific Reports 9: 14656. https://doi.org/10.1038/s41598-019-51084-1

Ali, N. (2020). Role of Vitamin D in Preventing of COVID-19 Infection, Progression and Severity. Journal of Infection and Public Health 13(10): 1373-1380. https://doi.org/10.1016/j.jiph.2020.06.021.

Ansari, B. Rosen, L. B., Lisco, A., Gilden, D., Holland, S. M., Zerbe, C. S., … Cohen, J. I. (2020). Primary and Acquired Immunodeficiencies Associated with Severe Varicella-Zoster Virus Infections. Clinical Infectious Diseases August 28 [Epub ahead of print]. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1274.

Arvin, A. M., Fink, K. Schmid, M. A., Cathcart, A., Spreafico, R., Havenar-Daughton, C. … Virgin, H. W. (2020). A Perspective on Potential Antibody-Dependent Enhancement of SARS-CoV-2. Nature 584(7821): 353-363. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2538-8

Aslam, R., Kapur, R., egel, G. B., Guo, L., Zufferey, A., Ni, H. & Semple, J. W. (2016). The Spleen Dictates Platelet Destruction, Anti-platelet Antibody Production, and Lymphocyte Distribution Patterns in a Murine Model of Immune Thrombocytopenia. Experimental Hematology 44(10): 924-930. https://doi.org/10.1016/j.exphem.2016.07.004.

Baden, L. R., El Sahly, H. M., Essink, B.,Kotloff, K., Frey, S., Novak, R. … Zaks, T. (2021). Efficacy and Safety of the mRNA-1273 SARS-CoV-2 Vaccine. The New England Journal of Medicine 384: 403-416. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2035389.

Bahl, K., Senn, J. J., Yuzhakov, O., Bulychev, A., Brito, L. A., Hassett, K. J. … Ciaramella, G. (2017). Preclinical and Clinical Demonstration of Immunogenicity by mRNA Vaccines against H10N8 and H7N9 Influenza Viruses. Molecular Therapy 25(6): 1316-1327. http://dx.doi.org/10.1016/j.ymthe.2017.03.035.

Baker, A. N., Richards,S.-J., Guy, C. S., Congdon, T. R., Hasan, M., Zwetsloot, A. J., … Gibson, M. I. (2020). The SARS-COV-2 Spike Protein Binds Sialic Acids and Enables Rapid Detection in a Lateral Flow Point of Care Diagnostic Device. ACS Central Science 6(11): 2046-2052. https://doi.org/10.1021/acscentsci.0c00855.

Baltimore, D. (1970). Viral RNA-dependent DNA Polymerase: RNA-dependent DNA Polymerase in visions of RNA Tumor Viruses. Nature 226(5252): 1209-1211. https://doi.org/10.1038/2261209a0.

Bardina, S. V., Bunduc, P., Tripathi, S., Duehr, J., Frere, J. J., Brown, J. A. … Lim, J. K. (2017). Enhancementof Zika Virus Pathogenesis by Preexisting Antiflavivirus Immunity. Science 356(6334): 175-180. https://doi.org/10.1126/science.aal4365.

Beltramello, M., Williams, K. L., Simmons, C. P., Macagno, A., Simonelli, L., Ha Quyen, N. T. … Sallusto, F. (2010). The Human Immune Response to Dengue Virus is Dominated by Highly Cross-Reactive Antibodies Endowed with Neutralizing and Enhancing Activity. Cell Host Microbe 8(3): 271-83. https://doi.org/10.1016/j.chom.2010.08.007.

Bertin, D., Brodovitch, A., Beziane, A., Hug, S., Bouamri, A., Mege, J. L. … Bardin, N. (2020). Anticardiolipin IgG Autoantibody Level Is an Independent Risk Factor for COVID‐19 Severity.Arthritis & Rheumatology,72(11), 1953-1955. https://doi.org/10.1002/art.41409.

Bhattacharjee, S. & Banerjee, M. (2020). Immune Thrombocytopenia Secondary to COVID-19: a Systematic Review SN Comprehensive Clinical Medicine 2: 2048-2058. https://doi.org/10.1007/s42399-020-00521-8.

BioNTech (2020). A Phase 1/2/3, Placebo-Controlled, Randomized, Observer-Blind, Dose-Finding Study to Evaluate the Safety, Tolerability, Immunogenicity, and Efficacy of Sars-CoV-2 RNA Vaccine Candidates against COVID-19 in Healthy Individuals. PF-07302048 (BNT162 RNA-Based COVID-19 Vaccines) Protocol C4591001. November. https://media.tghn.org/medialibrary/2020/11/C4591001_Clinical_Protocol_Nov2020_Pfizer_BioNTech.pdf.

Blumenthal, K. G., Robinson, L. B., Camargo, C. Jr., Shenoy, E. S., Banerji, A., Landman, A. B., Wickner, P. (2021) Acute Allergic Reactions to mRNA COVID-19 Vaccines. Journal of the American Medical Association 325(15):1562-1565. https://doi.org/10.1001/jama.2021.3976.

Bonsell, D. (2021, January 10). Largest Multi-Site Distribution Complex in Defense Department Delivers for Operation Warp. Defense Logistics Agency. Retrieved January 27, 2021, from https://www.dla.mil/AboutDLA/News/NewsArticleView/Article/2467282/largest-warehouse-in-defense-department-delivers-for-operation-warp-speed/

Bouabe, H. & Okkenhaug, K. (2013). Gene Targeting in Mice: a Review. Methods in Molecular Biology 2013; 1064: 315-336. https://doi.org/10.1007/978-1-62703-601-6_23.

Brown, R. B. (2021) Outcome Reporting Bias in COVID-19 mRNA Vaccine Clinical Trials.Medicina (Kaunas) 57(3): 199. https://www.doi.org/10.3390/medicina57030199.

Buonsenso, D., Riitano, F., & Valentini, P. (2020). Pediatric Inflammatory Multisystem Syndrome Temporally Related with SARS-CoV-2: Immunological Similarities with Acute Rheumatic Fever and Toxic Shock Syndrome.Frontiers in Pediatrics8: 574. https://doi.org/10.3389/fped.2020.00574.

Bushman, D. M., Kaeser, G. E., Siddoway, B., Westra, J. W., Rivera, R. R., Rehen, S. K. … Chun, J. (2015). Genomic Mosaicism with Increased Amyloid Precursor Protein (APP) Gene Copy Number in Single Neurons from Sporadic Alzheimers Disease Brains. eLife 4: e05116. https://doi.org/10.7554/eLife.05116.

Buzhdygana, T. P., DeOrec, B. J., Baldwin-Leclair, A., Bullock, T. A., McGary, H. M…. Ramirez, S. H. (2020). The SARS-CoV-2 Spike Protein Alters Barrier Function in 2D Static and 3D Microfluidic in-Vitro Models of the Human Blood-Brain Barrier. Neurobiology of Disease 146: 105131. https://doi.org/10.1016/j.nbd.2020.105131.

CDC COVID-19 Response Team; Food and Drug Administration (2021, January 15). Allergic Reactions Including Anaphylaxis After Receipt of the First Dose of Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine—United States, December 14–23, 2020. Morbidity and Mortality Weekly Report 70(2): 46. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7002e1.htm.

CDC COVID-19 Response Team; Food and Drug Administration (2021, January 29). Allergic Reactions Including Anaphylaxis After Receipt of the First Dose of Moderna COVID-19 Vaccine-United States. December 21, 2020 –January 10, 2021. MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report 70(4): 125-129. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7004e1.htm.

Campos, J. Slon, L., Mongkolsapaya, J., & Screaton, G. R. (2018). The Immune Response Against Flaviviruses. Nature immunology 19(11): 1189-1198. https://doi.org/10.1038/s41590-018-0210-3.

Carsetti, R., Zaffina, S., Piano Mortari, E., Terreri, S., Corrente, F., Capponi, C., … & Locatelli, F. (2020). Different Innate and Adaptive Immune Responses to SARS-CoV-2 Infection of Asymptomatic, Mild, and Severe Cases.Frontiers in immunology,11, 3365. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.610300/full

Carter, M. J., Fish, M., Jennings, A., Doores, K. J., Wellman, P., Seow, J., … Shankar-Hari, M. (2020). Peripheral Immunophenotypes in Children with Multisystem Inflammatory Syndrome Associated with SARS-CoV-2 Infection.Nature Medicine,26(11), 1701-1707. https://doi.org/10.1038/s41591-020-1054-6.

Centers for Disease Control and Prevention. COVID Data Tracker. https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#vaccinations.Accessed 2/6/21.

Centers for Disease Control and Prevention, Prion Diseases. October 9, 2018. https://www.cdc.gov/prions/index.html.

Centers for Disease Control and Prevention (1990). Vaccine Adverse Events Reporting System [database]. Retrieved February 11, 2021 from https://vaers.hhs.gov/about.html

Chen, W., Yang, B., Li, Z., Wang, P., Chen, Y. & Zhou, H. (2020). Sudden Severe Thrombocytopenia in a Patient in the Recovery Stage of COVID-19. Lancet Haematology 7(8): e624. https://doi.org/10.1016/S2352-3026(20)30175-7.

Cifuentes-Diaz, C., Delaporte, C., Dautréaux,B., Charron, D. & Fardeau, M. (1992) Class II MHC Antigens in Normal Human Skeletal Muscle. Muscle Nerve 15(3): 295-302. https://doi.org/10.1002/mus.880150307.

Classen, J. B. (2021). Review of COVID-19 Vaccines and the Risk of Chronic Adverse Events Including Neurological Degeneration. Journal of Medical-Clinical Research and Reviews 5(4): 1-7. https://foundationforhealthresearch.org/review-of-covid-19-vaccines-and-the-risk-of-chronic-adverse-events/.

Corbett, K. S., Edwards, D.K., Leist, S. R., Abiona, O. M., Boyoglu-Barnum, S., Gillespie, R. A. … Graham, B. S. (2020) SARS-CoV-2 mRNA Vaccine Design Enabled by Prototype Pathogen Preparedness. Nature 586(7830): 567-571. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2622-0.

Danielsson, R. & Eriksson, H. (2021, January 7). Aluminium Adjuvants in Vaccines –A Way to Modulate the Immune Response. Seminars in Cell & Developmental Biology. (Epub ahead of print) https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2020.12.008.

Decock, M, Stanga, S., Octave, J.-N., Dewachter, I., Smith, S. O., Constantinescu, S. N., and Kienlen-Campard, P. (2016). Glycines from the APP GXXXG/GXXXA Trans-membrane Motifs Promote Formation of Pathogenic A Oligomers in Cells. Frontiers in Aging Neuroscience 8: 107. https://doi.org/10.3389/fnagi.2016.00107.

Dicks, M. D. J., Spencer, A. J., Edwards, N. J., Wadell, G., Bojang, %K., Gilbert, S.C., … Cottingham, M. G. (2012). A Novel Chimpanzee Adenovirus Vector with Low Human Seroprevalence: Improved Systems for Vector Derivation and Comparative Immunogenicity. PLoS ONE 7(7): e40385. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0040385.

Doshi, P. (2020). Will COVID-19 Vaccines Save Lives? Current Trials Aren’t Designed to Tell Us. BMJ 371: m4037. https://doi.org/10.1136/bmj.m4037.

Doshi, P. (2021a). Peter Doshi: Pfizer and Moderna’s “95% effective” vaccines—we need more details and the raw data. BMJ blog. Accessed 02/20/2021. https://blogs.bmj.com/bmj/2021/01/04/peter-doshi-pfizer-and-modernas-95-effective-vaccines-we-need-more-details-and-the-raw-data/

Doshi, P. (2021b). Clarification: Pfizer and Moderna’s “95% effective” Vaccines –We Need More Details and the Raw Data. BMJ blog. Accessed 02/20/21. https://blogs.bmj.com/bmj/2021/02/05/clarification-pfizer-and-modernas-95-effective-vaccines-we-need-more-details-and-the-raw-data/

Ehrenfeld, M., Tincani, A., Andreoli, L., Cattalini, M., Greenbaum, A., Kanduc, D. … Shoenfeld, Y. (2020). COVID-19 and Autoimmunity. Autoimmunity Reviews 19(8): 102597. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7289100/

EMA Public Assessment Report on Pfizer-BioNTech Vaccine. (2020). Accessed 5/2/21. https://www.documentcloud.org/documents/20516010-ema-assessment-report-12-21-2020#document/p35/a2023027

Eroshenko, N., Gill, T., Keaveney, M. K., Church, G. M., Trevejo, J. M. & Rajaniemi, H. (2020). Implications of Antibody-dependent Enhancement of Infection for SARS-CoV-2 Countermeasures. Nature Biotechnology 38(7): 789-791. https://doi.org/10.1038/s41587-020-0577-1.

European Medicines Agency. Committee for Medicinal Products for Human Use (CHMP) Assessment report. COVID-19 Vaccine Moderna. Common name: COVID-19 mRNA Vaccine (nucleoside-modified) Procedure. No. EMEA/H/C/005791/0000. March 11 2021. p. 47. https://www.ema.europa.eu/en/documents/assessment-report/covid-19-vaccine-moderna-epar-public-assessment-report_en.pdf

Firdessa-Fite, R. & Creusot, R. J. (2020). Nanoparticles versus Dendritic Cells as Vehicles to Deliver mRNA Encoding Multiple Epitopes for Immunotherapy. Molecular Therapy: Methods & Clinical Development 16: 50-62. https://doi.org/10.1016/j.omtm.2019.10.015.

Franke, C., Ferse, C., Kreye, J., Reincke, S. M., Sanchez-Sendin, E., Rocco, A., … & Pruess, H. (2021). High Frequency of Cerebrospinal Fluid Autoantibodies in COVID-19 Patients with Neurological Symptoms.Brain, Behavior, and Immunity 93: 415-419. https://doi.org/10.1016/j.bbi.2020.12.022.

Fujiwara, Y., Wada, K. & Kabuta, T. (2017). Lysosomal Degradation of Intracellular Nucleic Acids –Multiple Autophagic Pathways. The Journal of Biochemistry 161(2): 145-154. https://doi.org/10.1093/jb/mvw085.

Furer, V., Zisman, D., Kibari, A., Rimar, D., Paran, Y., & Elkayam, O. (2021). Herpes zoster Following BNT162b2 mRNA Covid-19 Vaccination in Patients with Autoimmune Inflammatory Rheumatic Diseases: a Case Series. Rheumatology keab345. April 12 [Epub ahead of print] https://doi.org/10.1093/rheumatology/keab345.

Galeotti, C., & Bayry, J. (2020). Autoimmune and Inflammatory Diseases Following COVID-19.Nature Reviews Rheumatology,16(8), 413-414. https://doi.org/10.1038/s41584-020-0448-7.

Gallie, D.R., (1991) The Cap and Poly(A) Tail Function Synergistically to Regulate mRNA Translational Efficiency. Genes & Development 5: 2108–2116. https://doi.org/10.1101/gad.5.11.2108.

Ganson, N. J., Povsic, T. J., Sullenger, B. A., Alexander, J. H., Zelenkofske, S. L., … Hershfield, M. S. (2016). Pre-existing Anti–Polyethylene Glycol Antibody Linked to First-Exposure Allergic Reactions to Pegnivacogin, A PEGylated RNA Aptamer. Journal of Allergy and Clinical Immunology 137(5): 1610-1613. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2015.10.034.

Garvey, L. H., & Nasser, S. (2020, December 17) Allergic Reactions to the First COVID-19 Vaccine: is Polyethylene Glycol (PEG) the Culprit? British Journal of Anaesthesia. Epub ahead of print. https://doi.org/10.1016/j.bja.2020.12.020.

Gao, Z., Xu, Y., Sun, C., Wang, X., Guo, Y., Qiu, S., & Ma, K. (2020). A systematic review of asymptomatic infections with COVID-19.Journal of Microbiology, Immunology and Infection 54(1): 12-16. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1684118220301134.

Gao, Z. W., Zhang, H. Z., Liu, C., & Dong, K. (2021). Autoantibodies in COVID-19: Frequency and Function. Autoimmune Reviews 20(3): 102754. https://doi.org/10.1016/j.autrev.2021.102754.

Geuking, M. B., Weber, J., Dewannieux, M., Gorelik, E., Heidmann, T., Hengartner, H., … Hangartner, L. (2009). Recombination of Retrotransposon and Exogenous RNA Virus Results in Nonretroviral cDNA Integration. Science 323(5912): 393-6. https://doi.org/10.1126/science.1167375.

Goddek, S. (2020). Vitamin D3 and K2 and Their Potential Contribution to Reducing the COVID-19 Mortality Rate. International Journal of Infectious Diseases 99: 286-290. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.07.080.

Gordon, J. W., Scangos, G. A., Plotkin, D. J., Barbosa, J. A. & Ruddle, F.H. (1980). Genetic Transformation of Mouse Embryos by Microinjection of Purified DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences USA.77: 7380-84. https://doi.org/10.1073/pnas.77.12.7380.

Grady, D. & Mazzei, P. (2021). Doctor’s Death After COVID Vaccine Is Being Investigated. New York Times Jan. 12. https://www.nytimes.com/2021/01/12/health/covid-vaccine-death.html.

Grady, D. (2021). A Few Covid Vaccine Recipients Developed a Rare Blood Disorder. New York Times Feb. 8. https://www.nytimes.com/2021/02/08/health/immune-thrombocytopenia-covid-vaccine-blood.html.

Haidere, M. F., Ratan, Z. A., Nowroz, S., Zaman, S. B., Jung, Y. J., Hosseinzadeh, H., & Cho, J. Y. (2021). COVID-19 Vaccine: CriticalQuestions with Complicated Answers. Biomolecules & therapeutics, 29(1), 1. https://doi.org/10.4062/biomolther.2020.178.

Hamad, I., Hunter, A. C., Szebeni, J. & Moghimi, S. M. (2008). Poly (Ethylene Glycol)s Generate Complement Activation Products in Human Serum through Increased Alternative Pathway Turnover and a MASP-2-Dependent Process. Molecular immunology 46(2): 225-232. https://doi.org/10.1016/j.molimm.2008.08.276.

Hawkes, R. A. (1964). Enhancement of the Infectivity of Arboviruses by Specific Antisera Produced in Domestic Fowls. Australian Journal of Experimental Biology and Medical Science 42(4): 465-482. https://doi.org/10.1038/icb.1964.44.

Ho, W., Gao, M.,Li, F., Li, J., Zhang, X.-Q. & Xu, X. (2021, January 18). Next‐Generation Vaccines: Nanoparticle‐Mediated DNA and mRNA Delivery. Advanced Healthcare Materials 10(8): e2001812. https://doi.org/10.1002/adhm.202001812.

Hong, L., Wang, Z., Wei, X., Shi, J. & Li, C. (2020). Antibodies Against Polyethylene Glycol in Human Blood: A Literature Review. Journal of Pharmacological and Toxicological Methods 102: 106678. https://doi.org/10.1016/j.vascn.2020.106678.

Hubert, B. Reverse Engineering the source code of the BioNTech/Pfizer SARS-CoV-2 Vaccine. Dec. 25, 2020. https://berthub.eu/articles/posts/reverse-engineering-source-code-of-the-biontech-pfizer-vaccine/

Idrees D, Kumar V. SARS-CoV-2 spike protein interactions with amyloidogenic proteins: Potential clues to Neurodegeneration. Biochemical and Biophysical Re-search Com-munications. 2021; 554: 94-98. https://www.doi.org/10.1016/j.bbrc.2021.03.100.

Jackson, L. A., Anderson, E. J., Rouphael, N. G., Roberts, P. C., Makhene, M., Coler, R. N. … Beigel, J. H. (2020). An mRNA Vaccine against SARS-CoV-2 Preliminary Report. The New England Journal of Medicine 383: 1920-31. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2022483.

Jacobs, J. & Armstrong, D. (2020, April 29) Trump’s `Operation Warp Speed’ Aims to Rush Coronavirus Vaccine Bloomberg. Retreived February 11 from https://www.bloomberg.com/news/articles/2020-04-29/trump-s-operation-warp-speed-aims-to-rush-coronavirus-vaccine.

Jaenisch R. (1976). Germ Line Integration and Mendelian Transmission of the Exogenous Moloney Leukemia Virus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 73: 1260-1264. https://doi.org/10.1073/pnas.73.4.1260.

Jansen, A. J. G., Spaan, T., Low, H. Z., Di Iorio D., van den Brand, J., Malte Tieke, M., … van der Vries, E. (2020). Influenza-Induced Thrombocytopenia is Dependent on the Subtype and Sialoglycan Receptor and Increases with Virus Pathogenicity. Blood Advances 4(13): 2967-2978. https://doi.org/10.1182/bloodadvances.2020001640.

Jiang, Y., Arase, N., Kohyama, M., Hirayasu,K., Suenaga, T., Jin, H., … Hisashi Arase , H. (2013) Transport of Misfolded Endoplasmic Reticulum Proteins to the Cell Surface by MHC Class II Molecules. International Immunology 25(4): 235-246. https://doi.org/10.1093/intimm/dxs155

Kaeser, G. E. & Chun, J. (2020). Mosaic Somatic Gene Recombination as a Potentially Unifying Hypothesis for Alzheimers Disease. Frontiers in Genetics 11: 390. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00390.

Kakarla, R., Hur, J., Kim, Y. J., Kim, J., and Chwae, Y.-J. (2020). Apoptotic Cell-derived Exosomes: Messages from Dying Cells. Experimental & Molecular Medicine 52: 16 https://www.doi.org/10.1038/s12276-019-0362-8.

Karikó, K., Muramatsu, H., Welsh, F. A., Ludwig, J., Kato, H., Akira, S. & Weissman, D. (2008). Incorporation of Pseudouridine Into mRNA Yields Superior Nonimmunogenic Vector With Increased Translational Capacity and International Journal of Vaccine Theory, Practice, and Research2(1), May 10, 2021 Page | 73Biological Stability. Molecular Therapy 16(11): 1833-1840. https://doi.org/10.1038/mt.2008.200.

Kelso, J. M. (2021) Anaphylactic Reactions to Novel mRNA SARS-CoV-2/COVID-19 Vaccines. Vaccine 39(6): 865–867. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2020.12.084.

Kemp, S. A., Collier, D. A. Datir, R. P., Ferreira, I. A. T. M. Gayed, S., Jahun, A. … Gupta, R. K. (2021) SARS-CoV-2 Evolution during Treatment of Chronic Infection. Nature 2021 Apr;592(7853):277-282. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03291-y.

Khodakaram-Tafti, A. & Farjanikish, G. H. (2017) Persistent Bovine Viral Diarrhea Virus (BVDV) Infection in Cattle Herds. Iranian Journal of Veterinary Research, Shiraz University 18(3): 154-163. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5674437/.

Kosuri, S. & Church, G. M., Large-Scale de Novo DNA Synthesis: Technologies and Applications. Nature Methods 2014; 11 (5): 499–507. https://doi.org/10.1038/nmeth.2918.

Koupenova, M., Corkrey, H. A., Vitseva, O., Manni, G., Pang, C. J., Clancy, L. … Freedman, J. E. (2019). The Role of Platelets in Mediating a Response to Human Influenza Infection. Nature Communications 2019;10: 1780. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09607-x.

Kozma, G. T., Mészáros, T., Vashegyi, I., Fülöp, T., Örfi, E., Dézsi, L., … Szebeni, J. (2019). Pseudo-anaphylaxis to Polyethylene Glycol (PEG)-Coated Liposomes: Roles of Anti-PEG IgM and Complement Activation in a Porcine Modelof Human Infusion Reactions. ACS Nano 13(8): 9315-9324. https://doi.org/10.1021/acsnano.9b03942.

Ku, C.-C., Chang, Y.-H., Chien, Y., & Lee, T.-L. (2016). Type I Interferon Inhibits Varicella-zoster Virus Replication by Interfering with the Dynamic Interaction between Mediator and IE62 within Replication Compartments. Cell & Bioscience 6: 21. https://doi.org/10.1186/s13578-016-0086-6.

Kuba, K., Imai, Y., Rao, S., Gao, H., Guo, F., Guan, B. … Penninger, J. M. (2005). A Crucial Role of Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2) in SARS Coronavirus-Induced Lung Injury. Natural Medicine 11: 875-879. https://doi.org/10.1038/nm1267.

Kudla, G., Lipinski, L., Caffin, F., Helwak, A., Zylicz, M. (2006) High Guanine and Cytosine Content Increases mRNA Levels in Mammalian Cells. PlOS Biology 4(6): e180. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040180.

Kullaya, V., de Jonge, M. E., Langereis, J. D., van der Gaast-de Jongh, C. E., Büll, C., Adema, G. J. … van der Ven, A. J. (2018). Desialylation of Platelets by Pneumococcal Neuraminidase A Induces ADP-Dependent Platelet Hyperreactivity. Infection and Immunity 86(10): e00213-18. https://doi.org/10.1128/IAI.00213-18.

Lambrecht, B. N., Kool, M., Willart, M. A. M. & Hammad, H. (2009). Mechanism of Action of Clinically Approved Adjuvants. Current opinion in immunology 21.1 (2009): 23-29. https://doi.org/10.1016/j.coi.2009.01.004.

Lazzaro, S., Giovani, C., Mangiavacchi, S., Magini,D., Maione, D., Baudner, B., … Buonsanti, C. (2015). CD8 T-cell Priming upon mRNA Vaccination is Restricted to Bone-marrow-derived Antigen-presenting Cells and May Involve Antigen Transfer from Myocytes.Immunology 146: 312-326. https://doi.org/10.1111/imm.12505.

Michael Klompas, Steve Bernstein, and Harvard Pilgrim Health Care, Inc. 2010. “Electronic Support for Public Health–Vaccine Adverse Event Reporting System (ESP-VAERS).” Rockville, MD: Harvard Pilgrim Health Care, Inc. https://healthit.ahrq.gov/sites/default/files/docs/publication/r18hs017045-lazarus-final-report-2011.pdf.

Lederer, K., Castaño, D., Gómez Atria, D., Oguin T. H., III, Wang, S., Manzoni, T. B., … (2020).SARS-CoV-2 mRNA Vaccines Foster Potent Antigen-Specific Germinal Center Responses Associated with Neutralizing Antibody Generation.Immunity 53: 1281-1295. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2020.11.009.

Lee, S. H., Cha, J. M., Lee, J. I., Joo, K. R., Shin, H. P., Baek, I. H. … Cho, J. L. (2015). Anaphylactic Shock Caused by Ingestion of Polyethylene Glycol. Intestinal research 13(1): 90-94. https://doi.org/10.5217/ir.2015.13.1.90.

Lee, W. S., Wheatley, A. K., Kent, S. J. & DeKosky, B. J. (2020). Antibody-Dependent Enhancement and SARS-CoV-2 Vaccines and Therapies. Nature Microbiology 5(10): 1185-1191. https://doi.org/10.1038/s41564-020-00789-5

Lema Tomé, C. M., Tyson, T., Rey, N. L., Grathwohl, S., Britschgi, M. and Brundin, P. (2013). Inflammation and α-Synuclein Prion-like Behavior in Parkinson’s Disease –Is There a Link? Molecular Neurobiology 47: 561-574. https://www.doi.org/10.1007/s12035-012-8267-8.

Lesbats, P., Engelman, A. N. & Cherepanov, P. (2016). Retroviral DNA Integration. Chemical Reviews 2016 116(20): 12730012757. https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.6b00125.

Liang, J., Zhu, H., Wang, X., Jing, B., Li, Z., Xia, X. … Sun, B. (2020). Adjuvants for Coronavirus Vaccines. Frontiers in Immunology 11: 2896. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.589833.

Lila, A. S., Shimizu, A. T. & Ishida, T. (2018). PEGylation and Anti-PEG Antibodies. Engineering of Biomaterials for Drug Delivery Systems. Woodhead Publishing 51-68. https://doi.org/10.1016/B978-0-08-101750-0.00003-9.

Limanaqi, F., Letizia Busceti, C., Biagioni, F., Lazzeri, G., Forte, M., Schiavon, S. … Fornai, F. (2020). Cell Clearing Systems as Targets of Polyphenols in Viral Infections: Potential Implications for COVID-19 Pathogenesis. Antioxidants 9: 1105. https://doi.org/10.3390/antiox9111105.

Lindsay, K. E., Bhosle, S. M., Zurla, C., Beyersdorf, J., Rogers, K. A., Vanover D. & Xiao, P. (2019). Visualization of Early Events in mRNA Vaccine Delivery in Non-Human Primates via PET–CT and Near-Infrared Imaging. Nature Biomedical Engineering 3: 371-380. https://doi.org/10.1038/s41551-019-0378-3.

Lipp, E., von Felten, A., Sax, H., Mller, D. & Berchtold, P. (1998). Antibodies Against Platelet Glycoproteins and Antiphospholipid Antibodies in Autoimmune Thrombocytopenia. European Journal of Haematology 60(5): 283-8. https://doi.org/10.1111/j.1600-0609.1998.tb01041.x.

Liu, L., Wei, Q., Lin, Q., Fang, J., Wang, H., Kwok, H., … Chen, Z. (2019). Anti–spike IgG Causes Severe Acute Lung Injury by Skewing Macrophage Responses During Acute SARS-CoV Infection. JCI Insight 4(4): e123158. https://doi.org/10.1172/jci.insight.123158.

Liu, M. A. (2019). A Comparison of Plasmid DNA and mRNA as Vaccine Technologies. Vaccines (Basel) 7(2): 37. https://doi.org/10.3390/vaccines7020037.

Liu, S., Hossinger, A., Gbbels, S., and Ina M. Vorberga, I. M. (2017). Prions on the Run: How Extracellular Vesicles Serve as Delivery Vehicles for Self-templating Protein Aggregates. Prion 11(2): 98-112. https://www.doi.org/10.1080/19336896.2017.1306162.

Liu, Y., Liu, J., Xia, H., Zhang, X., Fontes-Garfias, C. R., Swanson, K. A. … Shi, P.-Y. (2021). Neutralizing Activity of BNT162b2-Elicited Serum. N Engl J Med 384: 1466-1468. https://doi.org/10.1056/NEJMc2102017.

Louis, N., Evelegh, C., Graham, F. L. (1997) Cloning and Sequencing of the Cellular-Viral Junctions from the Human Adenovirus Type 5 Transformed 293 Cell Line. Virology 233: 423-429. https://doi.org/10.1006/viro.1997.8597.

Lu, J., Lu, G., Tan, S., Xia, J., Xiong, H., Yu, X. … Lin, J. (2020). A COVID-19 mRNA Vaccine Encoding SARS-CoV-2 Virus-like Particles Induces a Strong Antiviral-like Immune Response in Mice. Cell Research 30: 936-939. https://doi.org/10.1038/s41422-020-00392-7.

Lu, L., Li, J., Moussaoui, M. & Boix, E. (2018). Immune Modulation by Human Secreted RNases at the Extracellular Space. Frontiers in Immunology 9: 1012. https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.01012.

Lu, L. L., Suscovich, T. J., Fortune, S. M. & Alter G. (2018b). Beyond Binding: Antibody Effector Functions in Infectious Diseases. Nature Reviews Immunology18(1): 46-61. https://doi.org/10.1038/nri.2017.106.

Lucchetti, D., Santini, G., Perelli, L., Ricciardi-Tenore, C., Colella, F., Mores, N., … Montuschi, P. (2021). Detection and Characterization of Extracellular Vesicles in Exhaled Breath Condensate and Sputum of COPD and Severe Asthma Patients. European Respiratory Journal Apr 1; 2003024. [Epub ahead of print]. https://www.doi.org/10.1183/13993003.03024-2020.

Luganini, A. & Gribaudo, G. (2020). Retroviruses of the Human Virobiota: The Recycling of Viral Genes and the Resulting Advantages for Human Hosts During Evolution. Frontiers inMicrobiology 11: 1140. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.01140.

Lyons-Weiler, J. (2020). Pathogenic Priming Likely Contributes to Serious and Critical Illness and Mortality in COVID-19 via Autoimmunity. Journal of Translational Autoimmunity 3: 100051. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589909020300186.

Mahose, E. (2021) Covid-19: Booster Dose will be Needed in Autumn to Avoid Winter Surge, Says Government Adviser. BMJ 372: n664. https://doi.org/10.1136/bmj.n664.

Marino, M., Scuderi, F., Provenzano, C. & Bartoccioni, E. (2011) Skeletal Muscle Cells: fromLocal Inflammatory Response to Active Immunity. Gene Therapy 18: 109-116. https://doi.org/10.1038/gt.2010.124.

Matsuno, H., Yudoh, K., Katayama, R., Nakazawa, F., Uzuki, M., Sawai, T., … Kimura, T. (2002). The Role of TNF-αiin the Pathogenesis of Inflammation and Joint Destruction in Rheumatoid Arthritis (RA): a Study Using a Human RA/SCID Mouse Chimera. Rheumatology (Oxford) 41(3): 329-37. https://doi.org/10.1093/rheumatology/41.3.329.

McClintock, B. (1965). Components of Action of the Regulators Spm and Ac. Carnegie Institution of Washington Year Book 64: 527-536. http://repository.cshl.edu/id/eprint/34634/.

McNeil, M. M., Weintraub, E. S., Duffy, J., Sukumaran, L., Jacobsen, S. J., Klein, N. P. … DeStefano, F. (2016). Risk of Anaphylaxis after Vaccination in Children and Adults. The Journal of Allergy and Clinical Immunology 137(3): 868-78. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2015.07.048.

Mehta, N., Sales, R. M., Babagbemi, K., Levy, A. D., McGrath, A. L., Drotman, M. & Dodelzon. K. (2021). Unilateral axillary Adenopathy in the setting of COVID-19 vaccine. Clinical Imaging 75: 12-15. https://doi.org/10.1016/j.clinimag.2021.01.016.

Mi, S., Lee, X., Li, X., Veldman, G. M., Finnerty, H., Racie, L. … McCoy, J. M. (2000). Syncytin is a Captive Retroviral Envelope Protein Involved in Human Placental Morphogenesis. Nature 403(6771): 785-9. https://doi.org/10.1038/35001608.

Moderna. mRNA Platform: Enabling Drug Discovery & Development. 2020. https://www.modernatx.com/mrna-technology/mrna-platform-enabling-drug-discovery-development

Mohamed, M., Lila, A. S., Shimizu, T., Alaaeldin, E., Hussein, A., Sarhan, H. A., Szebeni, J. & Ishida, T. (2019). PEGylated Liposomes: Immunological Responses. Science and Technology of Advanced Materials 20(1): 710-724. https://doi.org/10.1080/14686996.2019.1627174.

Morens, D. M. (1994). Antibody-dependent Enhancement of Infection and the Pathogenesis of Viral Disease. Clinical Infectious Diseases 19(3): 500-512, https://doi.org/10.1093/clinids/19.3.500.

Mueller, B. K., Subramaniam, S., and Senes, A. (2014). A Frequent, GxxxG-mediated, Transmembrane Association Motif is Optimized for the Formation of Interhelical Cα-H Hydrogen Bonds. PNAS E888-E895. Proceedings of the Natural Academy of Sciences USA 111(10): E888-95. https://doi.org/10.1073/pnas.1319944111.

National Institutes of Health (December 11, 2020). NIH-Moderna COVID-19 Vaccine Shows Promising Interim. Results. NIH Record Vol. LXXII, No. 25. Retrieved January 27, 2021 from https://nihrecord.nih.gov/2020/12/11/nih-moderna-covid-19-vaccine-shows-promising-interim-results

Navarra, A., Albani, E., Castellano, S., Arruzzolo L., & Levi-Setti P. E. (2020). Coronavirus Disease-19 Infection: Implications on Male Fertility and Reproduction. Frontiers in Physiology 11: 574761. https://www.doi.org/10.3389/fphys.2020.574761.

Ndeupen, S., Qin, Z., Jacobsen, S., Estanbouli, H., Bouteau, A., & Igyártó, B.Z. (2021) The mRNA-LNP Platform’s Lipid Nanoparticle Component Used in Preclinical Vaccine Studies is Highly Inflammatory. bioRxiv 2021.03.04.430128. https://doi.org/10.1101/2021.03.04.430128.

Norling, K., Bernasconi, V., Hernández, V. A., Parveen, N., Edwards, K., Lycke, N. Y. … Bally. M. (2019). Gel Phase 1,2-Distearoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-Based Liposomes Are Superior to Fluid Phase Liposomes at Augmenting Both Antigen Presentation on Major Histocompatibility Complex Class II and Costimulatory Molecule Display by Dendritic Cells in Vitro. ACS Infectious Diseases 5(11): 1867-1878. https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.9b00189.

Oller, J. W., Jr. (2010). The Antithesis of Entropy: Biosemiotic Communication from Genetics to Human Language with Special Emphasis on the Immune Systems. Entropy 12: 631-705. https://www.doi.org/10.3390/e12040631.

Palucka, A. K., Blanck, J. P., Bennett, L., Pascual, V,, Banchereau, J. (2005) Cross-regulation of TNF and IFN-αin Autoimmune Diseases. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 102: 3372-3377. https://doi.org/10.1073/pnas.0408506102.

Pellionisz, A. J. (2012). The Decade of Fractogene: From Discovery to Utility -Proofs of Concept Open Genome-Based Clinical Applications. International Journal of Systemics, Cybernetics and Informatics 12-02: 17-28. http://www.junkdna.com/pellionisz_decade_of_fractogene.pdf.

Peron, J. P. S. & Nakaya, H. (2020). Susceptibility of theElderly to SARS-CoV-2 Infection: ACE-2 Overexpression, Shedding, and Antibody-dependent Enhancement (ADE). Clinics (Sao Paulo) 75: e1912. https://doi.org/10.6061/clinics/2020/e1912.

Pittoggi, C., Beraldi, R., Sciamanna, I., Barberi, L., Giordano, R., Magnano, A. R.& Spadafora C (2006). Generation of Biologically Active Retro-genes upon Interaction of Mouse Spermatozoa with Exogenous DNA. Molecular Reproduction and Development 73(10): 1239-46. https://doi.org/10.1002/mrd.20550.

Povsic, T. J., Lawrence, M. G., Lincoff, A. M., Mehran, R., Rusconi, C. P. … REGULATE-PCI Investigators. (2016). Pre-existing Anti-PEG Antibodies are Associated with Severe Immediate Allergic Reactions to Pegnivacogin, a PEGylated Aptamer. Journal of Allergy and Clinical Immunology 138(6): 1712-1715. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2016.04.058.

Pray, L. (2008) Transposons, or Jumping Genes: Not Junk DNA? Nature Education 1(1): 32. https://www.nature.com/scitable/topicpage/transposons-or-jumping-genes-not-junk-dna-1211/.

Prusiner, S. B. (1982). Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie Science 216(4542): 136-44. https://www.doi.org/10.1126/science.6801762.

Puga, I., Cols, M., Barra, C. M., He, B.,Cassis, L., Gentile, M. … Cerutti, A. (2011). B Cell-helper Neutrophils Stimulate the Diversification and Production of Immunoglobulin in the Marginal Zone of the Spleen. Natural Immunology 13(2): 170-80. https://doi.org/10.1038/ni.2194.

Pushparajah, D., Jimeneza, S., Wong, S., Alattas, H., Nafissi, N. & Slavcev, R. A. (2021) Advances in Gene-Based Vaccine Platforms to Address the COVID-19 Pandemic. Advanced Drug Delivery Reviews 170: 113-141. https://doi.org/10.1016/j.addr.2021.01.003.

Rico-Campà, A., Martínez-González, M. A., Alvarez-Alvarez, I., de Deus Mendonça, R., de la Fuente-Arrillaga, C., Gómez-Donoso, C. & Bes-Rastrollo, M. (2019). Association Between Consumption of Ultra-Processed Foods and All Cause Mortality: SUN Prospective Cohort Study. Journal of Infection and Public Health 13(10): 1373-1380. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31142450/

Rocha, E. P. C., & Danchin, A. (2002). Base composition bias might result from competition for metabolic resources. Trends in Genetics, 18(6), 291–294. https://doi.org/10.1016/S0168-9525(02)02690-2

Sarohan, A. R. (2020). COVID-19: Endogenous Retinoic Acid Theory and Retinoic Acid Depletion Syndrome. Medical Hypotheses 144: 110250. https://www.doi.org/10.1016/j.mehy.2020.110250.

Schiaffino, M. T., Di Natale, M., García-Martínez, E., Navarro, J., Muñoz-Blanco, J. L., Demelo-Rodríguez, P., & Sánchez-Mateos, P. (2020). Immunoserologic Detection and Diagnostic Relevance of Cross-reactive Autoantibodies in Coronavirus Disease 2019 Patients.The Journal of Infectious Diseases,222(9), 1439-1443. https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa485.

Schlake, T., Thess, A., Fotin-Mleczek, M. & Kallen, K.-J. (2012). Developing mRNA-vaccine technologies, RNA Biology 9: 1319–1330. https://doi.org/10.4161/rna.22269.

Sellaturay, P., Nasser, S., & Ewan, P. (2020). Polyethylene Glycol (PEG)-Induced Anaphylactic Reaction During Bowel Preparation. ACG Case Reports Journal 2(4) 216-217. https://doi.org/10.14309/crj.2015.63.

Sellaturay, P., Nasser, S., & Ewan, P. (2020). Polyethylene Glycol–Induced Systemic Allergic Reactions (Anaphylaxis). The Journal of Allergy and Clinical Immunology: In Practice 9(2): 670-675. https://doi.org/10.1016/j.jaip.2020.09.029.

Shaw, C.A. (2021). The Age of COVID-19: Fear, Loathing, and the New Normal. International Journal of Vaccine Theory, Practice, and Research 1: 98-142. https://ijvtpr.com/index.php/IJVTPR/article/view/11.

Shukla, R., Ramasamy, V., Shanmugam, R. K., Ahuja, R. & Khanna, N. (2020). Antibody-Dependent Enhancement: A Challenge for Developing a Safe Dengue Vaccine. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 10: 572681. https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.572681.

Slimani, Y., Abbassi, R., El Fatoiki, F. Z., Barrou, L., & Chiheb, S. (2021). Systemic Lupus Erythematosus and Varicella‐Like Rash Following COVID‐19 in a Previously Healthy Patient.Journal of Medical Virology93(2): 1184-1187. https://doi.org/10.1002/jmv.26513.

Steele, E. J., Gorczynski, R. M., Lindley, R. A., Liu, Y., Temple, R., Tokoro, G., … Wickramasinghe, , N. C. (2019). Lamarck and Panspermia -On the Efficient Spread of Living Systems Throughout the Cosmos. Progress in Biophysics and Molecular Biology 149: 10-32. https://doi.org/10.1016/j.pbiomolbio.2019.08.010.

Steiner, J. A., Angot, E., and Brundin, P. (2011). A Deadly Spread: Cellular Mechanisms of α-Synuclein Transfer. Cell Death and Differentiation 18: 1425-1433. https://www.doi.org/10.1038/cdd.2011.53.

Stokes, A., Pion, J., Binazon, O., Laffont, B., Bigras, M., Dubois, G. … Rodriguez L.-A. (2020). Nonclinical Safety Assessment of Repeated Administration and Biodistribution of a Novel Rabies Self-amplifying mRNA Vaccine in Rats. Regulatory Toxicology and Pharmacology 113: 104648. https://doi.org/10.1016/j.yrtph.2020.104648.

Su, J. R., Moro, P. L., Ng, C. S., Lewis, P. W., Said, M. A., & Cano, M.V. (2019). Anaphylaxis after vaccination reported to theVaccine Adverse Event Reporting System, 1990-2016.Journal of Allergy and Clinical Immunology 143(4): 1465-1473. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2018.12.1003.

Sun, R.-J. & Shan, N.-N. (2019). Megakaryocytic Dysfunction in Immune Thrombocytopenia is Linked to Autophagy Cancer Cell International 19: 59. https://doi.org/10.1186/s12935-019-0779-0.

Suzuki, Y. J. & Gychka, S. G. (2021). SARS-CoV-2 Spike Protein Elicits Cell Signaling in Human Host Cells: Implications for Possible Consequences of COVID-19 Vaccines. Vaccines 9: 36. https://doi.org/10.3390/vaccines9010036.

Suzuki, Y. J. (2020). The Viral Protein Fragment Theory of COVID-19 Pathogenesis. Medical Hypotheses 144: 110267. https://doi.org/10.1016/j.mehy.2020.110267.

Suzuki, Y. J., Nikolaienko, S. I., Dibrova, V. A., Dibrova, Y. V., Vasylyk, V. M., Novikov, M. Y. … Gychka, S. G. (2021). SARS-CoV-2 Spike Protein-Mediated Cell Signaling in Lung Vascular Cells. Vascular Pharmacology 137: 106823. https://doi.org/10.1016/j.vph.2020.106823.

Suzuki, Y.J., Nikolaienko, S.I., Dibrova, V.A., Dibrova, Y.V., Vasylyk, V.M., Novikov, M.Y. … Gychka, S.G. (2020). SARS-CoV-2 Spike Protein-Mediated Cell Signaling in Lung Vascular Cells. Vascular Pharmacology 137: 106823. https://www.doi.org/10.1016/j.vph.2020.106823.

Takada, A., Feldmann, H., Ksiazek, T. G. & Kawaoka, Y. (2003). Antibody-Dependent Enhancement of Ebola Virus Infection. Virology 77(13): 7539-7544. https://doi.org/10.1128/JVI.77.13.7539-7544.2003.

Temin, H. M. and Mizutani, S. (1970). RNA-dependent DNA polymerasein virions of Rous Sarcoma Virus. Nature 226: 1211–3. https://www.doi.org/10.1038/2261211a0.

Tetz, G. and Tetz, V. (2020). SARS-CoV-2 Prion-Like Domains in Spike Proteins Enable Higher Affinity to ACE2. Preprints 2020030422. https://www.doi.org/10.20944/preprints202003.0422.v1.

Tetz, G. and Tetz, V (2018). Prion-like Domains in Eukaryotic Viruses. Scientific Reports 8: 8931. https://doi.org/10.1038/s41598-018-27256-w.

U.S. Department of Health and Human Services, Food and Drug Administration. Center for Biologics Evaluation and Research. (2020, June) Development and Licensure of Vaccines to Prevent COVID-19 Guidance for Industry. Retrieved February 11, 2021 from https://www.fda.gov/regulatory-information/search-fda-guidance-documents/development-and-licensure-vaccines-prevent-covid-19.

US Food and Drug Administration (2021). Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine EUA Fact Sheet for Healthcare Providers Administering Vaccine (Vaccination Providers). https://www.fda.gov/media/144413

Verma, S., Saksena, S. & Sadri-Ardekani, H. (2020). ACE2 Receptor Expression in Testes: Implications in Coronavirus Disease 2019 Pathogenesis. Biology of Reproduction 103(3): 449-451. https://doi.org/10.1093/biolre/ioaa080.

Vlachoyiannopoulos, P. G., Magira, E., Alexopoulos, H., Jahaj, E., Theophilopoulou, K., Kotanidou, A., & Tzioufas, A. G. (2020). Autoantibodies Related to Systemic Autoimmune Rheumatic Diseases in Severely IllPatients with COVID-19.Annals of the Rheumatic Diseases79(12): 1661-1663. http://dx.doi.org/10.1136/annrheumdis-2020-218009.

Vaidya, M. and Sugaya, K (2020). DNA Associated with Circulating Exosomes as a Biomarker for Glioma. Genes 11: 1276. https://www.doi.org/10.3390/genes11111276.

Vojdani, A., & Kharrazian, D. (2020). Potential Antigenic Cross-Reactivity Between SARS-CoV-2 and Human Tissue with a Possible Link to an Increase in Autoimmune Diseases.Clinical Immunology (Orlando, Fla.)217: 108480. https://doi.org/10.1016/j.clim.2020.108480.

Vojdani, A., Vojdani, E., & Kharrazian, D. (2021). Reaction of Human Monoclonal Antibodies to SARS-CoV-2 Proteins with Tissue Antigens: Implications for Autoimmune Diseases. Frontiers in Immunology 11: 3679. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.617089.

Wadhwa, A., Aljabbari, A., Lokras, A., Foged, C. & Thakur, A. (2020). Opportunities and Challenges in the Delivery of mRNA-based Vaccines. Pharmaceutics 12(2): 102. https://doi.org/10.3390/pharmaceutics12020102.

Wallukat, G., Hohberger, B., Wenzel, K.,Fürst, J.,Schulze-Rothe, S., Wallukat, A. … Müller, J. (2021). Functional Autoantibodies against G-protein CoupledReceptors in Patients with Persistent Post-COVID-19 Symptoms. Journal of Translational Autoimmunity 4: 100100. https://doi.org/10.1016/j.jtauto.2021.100100.

Walter, U., Tsiberidou, P., Kersten, M., Storch, A., and Lohle, M. (2018). Atrophy of the Vagus Nerve in Parkinsons Disease Revealed by High-resolution Ultrasonography. Frontiers in Neurology 9:805. https://www.doi.org/10.3389/fneur.2018.00805.

Wan, Y., Shang, J., Sun, S., Tai, W., Chen, J., Geng, Q., … & Li, F. (2020). Molecular Mechanism for Antibody-Dependent Enhancement of Coronavirus Entry. Journal of virology, 94(5). https://doi.org/10.1128/JVI.02015-19.

Wang, C.-Y., Ma, S., Bi, S.-J., Su,L., Huang, S.-Y. … Peng, J. (2019). Enhancing Autophagy Protects Platelets in Immune Thrombocytopenia Patients. Ann Transl Med 7(7): 134. https://doi.org/10.21037/atm.2019.03.04.

Wang, Z., Troilo, P. J., Wang, X., Griffiths, T.G. II, Pacchione, S. J., Barnum, A. B., … Ledwith, B. J. (2004). Detectionof integration of plasmid DNA into host genomic DNA following intramuscular injection and electroporation. Gene Therapy 11: 711-721. https://doi.org/10.1038/sj.gt.3302213.

Wang, Z.& Xu, X. (2020). ScRNA-seq Profiling of Human Testes Reveals the Presence of the ACE2 Receptor, a Targetfor SARS-CoV-2 Infection in Spermatogonia, Leydig and Sertoli Cells. Cells 9: 920. https://doi.org/10.3390/cells9040920.

Weickenmeier, J., Jucker, M., Goriely, A., and Kuhl, E. (2019). A Physics-based Model Explains the Prion-like Features of Neurodegeneration in Alzheimer’s Disease, Parkinson’s Disease, and Amyotrophic Lateral Sclerosis. Journal of the Mechanics and Physics of Solids 124: 264-281. https://doi.org/10.1016/j.jmps.2018.10.013.

Weiner, A. M. (2002). SINEs and LINEs: the Art of Biting the Hand that Feeds You. Current Opinions in Cell Biology 14(3): 343-50. https://doi.org/10.1016/s0955-0674(02)00338-1.

Wikipedia contributors. (2021, February 13). ELISA. Retrieved February 16, 2021, from Wikipedia, The Free Encyclopedia. https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=ELISA&oldid=1006455262.

World Health Organization (2021, January 19). mRNA-1273 Vaccine (Moderna) Against COVID-19 Background Document: Draft Prepared by the Strategic Advisory Group of Experts (SAGE) on Immunization Working Group on COVID-19 vaccines. No. WHO/2019-nCoV/vaccines/mRNA-1273/2021.1. https://policycommons.net/artifacts/1424630/mrna-1273-vaccine-moderna-against-covid-19-background-document/

World Health Organization. (2021, January 14). Background document on mRNA vaccine BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) against COVID-19. License: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. https://apps.who.int/iris/handle/10665/338671.

Wrapp, D., Wang, N., Corbett, K. S., Goldsmith, J. A., Hsieh, C.-L., Abiona, O. … Graham, B. S. (2020). Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation. Science 2020; 367: 1260-3. https://doi.org/10.1126/science.abb2507.

Wu, F., Yan, R., Liu, M., Liu, Z., Wang, Y., Luan, D., … Huang, J. (2020). Antibody-Dependent Enhancement (ADE) of SARS-CoV-2 Infection in Recovered COVID-19 Patients: Studies Based on Cellular and Structural Biology Analysis. medRxiv preprint. https://doi.org/10.1101/2020.10.08.20209114.

Wylon, K. Sabine Dölle, S., & Margitta Worm, M. (2016). Polyethylene Glycol as a Cause of Anaphylaxis. Allergy, Asthma & Clinical Immunology 12(1): 1-3. https://doi.org/10.1186/s13223-016-0172-7.

Xu, S., Yang, K., Li, R. & Zhang, L. (2020) mRNA Vaccine Era –Mechanisms, Drug Platform and Clinical Prospection. International Journal of Molecular Science 21(18): 6582. https://doi.org/10.3390/ijms21186582.

Yang, Q. & Lai, S. K. (2015). Anti‐PEG Immunity: Emergence, Characteristics, and Unaddressed Questions. Wiley Interdisciplinary Reviews: Nanomedicine and Nanobiotechnology 7(5): 655-677. https://doi.org/10.1002/wnan.1339.

Young, R., Bekele, T., Gunn, A., Chapman, N., Chowdhary, V., Corrigan, K., … Yamey, G. (2018). Developing New Health Technologies for Neglected Diseases: A Pipeline Portfolio Review and Cost Model. Gates Open Res 2:23. https://doi.org/10.12688/gatesopenres.12817.2.

Zaman, M. (2021). COVID Vaccine Booster Shots Are Coming —Here’s What to Know. https://www.msn.com/en-us/health/medical/covid-vaccine-booster-shots-are-coming-here-s-what-to-know/ar-BB1foY4s. Accessed 5/1/2021.

Zamani, B., Moeini Taba, S.-M. & Shayestehpour, M. (2021). Systemic Lupus Erythematosus Manifestation Following COVID-19: A Case Report. Journal of Medical Case Reports15(1): 1-4. https://doi.org/10.1186/s13256-020-02582-8.

Zeng, C., Zhang, C, Walker, P. G. & Dong, Y. (2020). Formulation and Delivery Technologies for mRNA Vaccines. Current Topics in Microbiology and Immunology June 2. [Epub ahead of print]. https://doi.org/10.1007/82_2020_217.

Zhang, L., Richards, A., Barrasa, M, I., Hughes, S. H., Young, R. A. & Jaenisch, R. (2021). Reverse-transcribed SARS-CoV-2 RNA can Integrate into the Genome of Cultured Human Cells and can be Expressed in Patient-derived Tissues. Proceedings of the National Academy of Sciences 118(21): e2105968118. https://doi.org/10.1073/pnas.2105968118.

Zhang, X. W. & Yap, Y. L. (2004). The 3D Structure Analysis of SARS-CoV S1 Protein Reveals a Link to Influenza Virus Neuraminidase and Implications for Drug and Antibody Discovery. Theochemistry 681(1): 137-141. https://doi.org/10.1016/j.theochem.2004.04.065.

Zhou, Z.-H., Stone, C. A., Jr., Jakubovic, B., Phillips, E. J., Sussman, G., Park, J.-M. … Kozlowski, S. (2020). Anti-PEG IgE in Anaphylaxis Associated with Polyethylene Glycol. The Journal of Allergy and Clinical Immunology in Practice ;9(4): 1731-1733.e3. https://doi.org/10.1016/j.jaip.2020.11.011.

Zimmer, C., Corum, J., Wee, S.-L. Coronavirus Vaccine Tracker. New York Times. Updated Jan. 28, 2021. https://www.nytimes.com/interactive/2020/science/coronavirus-vaccine-tracker.html.

Zuo, Y., Estes, S. K., Ali, R. A., Gandhi, A. A., Yalavarthi, S., Shi, H., … & Knight, J. S. (2020). Prothrombotic Autoantibodies in Serum from Patients Hospitalized with COVID-19. Science Translational Medicine, 12(570): eabd3876. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.abd3876.

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La traduction française est publiée juste après, ici.

Source.

Worse Than the Disease? Reviewing Some Possible Unintended Consequences of the mRNA Vaccines Against COVID-19

INTERNATIONAL JOURNAL OF VACCINE THEORY, PRACTICE AND RESEARCH

Stephanie Seneff

Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory, MIT, Cambridge MA, 02139, USA, E-mail: seneff@csail.mit.edu

Greg Nigh

Naturopathic Oncology, Immersion Health, Portland, OR 97214, USA

ABSTRACT

Operation Warp Speed brought to market in the United States two mRNA vaccines, produced by Pfizer and Moderna. Interim data suggested high efficacy for both of these vaccines, which helped legitimize Emergency Use Authorization (EUA) by the FDA. However, the exceptionally rapid movement of these vaccines through controlled trials and into mass deployment raises multiple safety concerns. In this review we first describe the technology underlying these vaccines in detail. We then review both components of and the intended biological response to these vaccines, including production of the spike protein itself, and their potential relationship to a wide range of both acute and long-term induced pathologies, such as blood disorders, neurodegenerative diseases and autoimmune diseases. Among these potential induced pathologies, we discuss the relevance of prion-protein-related amino acid sequences within the spike protein. We also present a brief review of studies supporting the potential for spike protein “shedding”, transmission of the protein from a vaccinated to an unvaccinated person, resulting in symptoms induced in the latter.We finish by addressing a common point of debate, namely, whether or not these vaccines could modify the DNA of those receiving the vaccination. While there are no studies demonstrating definitively that this is happening, we provide a plausible scenario, supported by previously established pathways for transformation and transport of genetic material, whereby injected mRNA could ultimately be incorporated into germ cell DNA for transgenerational transmission. We conclude with our recommendations regarding surveillance that will help to clarify the long-term effects of these experimental drugs and allow us to better assess the true risk/benefit ratio of these novel technologies.

Keywords : antibody dependent enhancement, autoimmune diseases, gene editing, lipid nanoparticles, messenger RNA, prion diseases, reverse transcription, SARS-CoV-2 vaccines

Introduction

Unprecedented. This word has defined so much about 2020 and the pandemic related to SARS-CoV-2. In addition to an unprecedented disease and its global response, COVID-19 also initiated an unprecedented process of vaccine research, production, testing, and public distribution (Shaw, 2021). The sense of urgency around combatting the virus led to the creation, in March 2020, of Operation Warp Speed (OWS), then-President Donald Trump’s program to bring a vaccine against COVID-19 to market as quickly as possible(Jacobs and Armstrong, 2020).

OWS established a few more unprecedented aspects of COVID-19. First, it brought the US Department of Defense into direct collaboration with US health departments with respect to vaccine distribution (Bonsell, 2021). Second, the National Institutes of Health (NIH) collaborated with the biotechnology company Moderna in bringing an unprecedented type of vaccine against infectious disease to market, one utilizing a technology based on messenger RNA (mRNA) (National Institutes of Health, 2020).

The confluence of these unprecedented events has rapidly brought to public awareness the promise and potential of mRNA vaccines as a new weapon against infectious diseases into the future. At the same time, events without precedent are, by definition, without a history and context against which to fully assess risks, hoped-for benefits, safety, and long-term viability as a positive contribution to public health.

In this paper we will be briefly reviewing oneparticular aspect of these unprecedented events, namely the development and deployment of mRNA vaccines against the targeted class of infectious diseases under the umbrella of “SARS-CoV-2.”We believe many of the issues we raise here will be applicable to any future mRNA vaccine that might be produced against other infectious agents, or in applications related to cancer and genetic diseases, while others seem specifically relevant to mRNA vaccines currently being implemented against the subclass of corona viruses. While the promises of this technology have been widely heralded, the objectively assessed risks and safety concerns have received far less detailed attention. It is our intention to review several highly concerning molecular aspects of infectious disease-related mRNA technology, and to correlate these with both documented and potential pathological effects.

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Unprecedented

Many aspects of Covid-19 and subsequent vaccine development are unprecedented for a vaccine deployed for use in the general population. Some of these includes the following.

1. First to use PEG (polyethylene glycol) in an injection (see text)
2. First to use mRNAvaccine technology against an infectious agent
3. First time Moderna has brought any product to market
4. First to have public health officials telling those receiving the vaccination to expect an adverse reaction
5. First to be implemented publicly with nothing more than preliminary efficacy data (see text)
6. First vaccine to make no clear claims about reducing infections, transmissibility, or deaths
7. First coronavirus vaccine ever attempted in humans
8. First injection of genetically modified polynucleotides in the general population

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Vaccine Development

Development of mRNA vaccines against infectious disease is unprecedented in many ways. In a 2018 publication sponsored by the Bill and Melinda Gates Foundation, vaccines were divided into three categories: Simple, Complex, and Unprecedented (Young et al., 2018). Simple and Complex vaccines represented standard and modified applications of existing vaccine technologies. Unprecedented represents a category of vaccine against a disease for which there has never before been a suitable vaccine. Vaccines against HIV and malaria are examples. As their analysis indicates, depicted in Figure 1, unprecedented vaccines are expected to take 12.5 years to develop. Even more ominously, they have a 5% estimated chance of making it through Phase II trials (assessing efficacy) and, of that 5%, a 40% chance of making it through Phase III trials (assessing population benefit). In other words, an unprecedented vaccine was predicted to have a 2% probability of success at the stage of a Phase III clinical trial. As the authors bluntly put it, there is a “low probability of success, especially for unprecedented vaccines.” (Young et al., 2018)

(IMAGE)

Figure 1. Launching innovative vaccines is costly and time-consuming, with a low probability of success, especially for unprecedented vaccines (adapted from Young et al, 2018).

With that in mind, two years later we have an unprecedented vaccine with reports of 90-95% efficacy (Baden et al. 2020). In fact, these reports of efficacy are the primary motivation behind public support of vaccination adoption (U.S. Department of Health and Human Services, 2020). This defies not only predictions, but also expectations. The British Medical Journal(BMJ) may be the only prominent conventional medical publication that has given a platform to voices calling attention to concerns around the efficacy of the COVID-19 vaccines. There are indeed reasons to believe that estimations of efficacy are in need of re-evaluation.

Peter Doshi, an associate editor of the BMJ, has published two important analyses (Doshi 2021a, 2021b) of the raw data releasedto the FDA by the vaccine makers, data that are the basis for the claim of high efficacy. Unfortunately, these were published to the BMJ’s blog and not in its peer-reviewed content. Doshi, though, has published a study regarding vaccine efficacy and the questionable utility of vaccine trial endpoints in BMJ’s peer reviewed content (Doshi 2020).

A central aspect of Doshi’s critique of the preliminary efficacy data is the exclusion of over 3400 “suspected COVID-19 cases” that were not included in the interim analysis of the Pfizer vaccine data submitted to the FDA. Further, a low-but-non-trivial percent of individuals in both Moderna and Pfizer trials were deemed to be SARS-CoV-1-positive at baseline despite prior infection being grounds for exclusion. For these and other reasons the interim efficacy estimate of around 95% for both vaccines is suspect.

A more recent analysis looked specifically at the issue of relative vs. absolute risk reduction. While the high estimates of risk reduction are based upon relative risks, the absolute risk reduction is a more appropriate metric for a member of the general public to determine whether a vaccination provides a meaningful risk reduction personally. In that analysis, utilizing data supplied by the vaccine makers to the FDA, the Moderna vaccine at the time of interim analysis demonstrated an absolute risk reduction of 1.1% (p= 0.004), while the Pfizer vaccine absolute risk reduction was 0.7% (p<0.000) (Brown 2021).

Others have brought up important additional questions regarding COVID-19 vaccine development, questions with direct relevance to the mRNA vaccines reviewed here. For example, Haidere, et. al. (2021) identify four “critical questions” related to development of these vaccines, questions that are germane to both their safety and their efficacy:

• Will Vaccines Stimulate the Immune Response?
• Will Vaccines Provide Sustainable Immune Endurance?
• How Will SARS-CoV-2 Mutate?
• Are We Prepared for Vaccine Backfires?

Lack of standard and extended preclinical and clinical trials of the two implemented mRNA vaccines leaves each of these questions to be answered over time. It is now only through observation of pertinent physiological and epidemiological data generated by widescale delivery of the vaccines to the general public that these questions will be resolved. And this is only possible if there is free access to unbiased reporting of outcomes –something that seems unlikely given the widespread censorship of vaccine-related information because of the perceived need to declare success at all cost.

The two mRNA vaccines that have made it through phase 3 trials and are now being delivered to the general population are the Moderna vaccine and the Pfizer-BioNTech vaccine. The vaccines have much in common. Both are based on mRNA encoding the spike protein of the SARS-CoV-2 virus. Both demonstrated a relative efficacy rateof 94-95%. Preliminary indications are that antibodies are still present after three months. Both recommend two doses spaced by three or four weeks, and recently there are reports of annual booster injections being necessary (Mahose, 2021). Both are delivered through muscle injection, and both require deep-freeze storage to keep the RNA from breaking down. This is because, unlike double-stranded DNA which is very stable, single-strand RNA products are apt to be damaged or rendered powerless at warm temperatures and must be kept extremely cold to retain their potential efficacy (Pushparajah et al., 2021). It is claimed by the manufacturers that the Pfizer vaccine requires storage at -94 degrees Fahrenheit (-70 degrees Celsius), which makes it very challenging to transport it and keep it cold during the interim before it is finally administered. The Moderna vaccine can be stored for 6 months at -4 degrees Fahrenheit (-20 degrees Celsius), and it can be stored safely in the refrigerator for 30 days following thawing (Zimmer et al., 2021).

Two other vaccines that are now being administered under emergency use are the Johnson & Johnson vaccine and the AstraZeneca vaccine. Both are based on a vector DNA technology that is very different from the technology used inthe mRNA vaccines. While these vaccines were also rushed to market with insufficient evaluation, they are not the subject of this paper so we will just describe briefly how they are developed. These vaccines are based on a defective version of an adenovirus, a double-stranded DNA virus that causes the common cold. The adenovirus has been genetically modified in two ways, such that it cannot replicate due to critical missing genes, and its genome has been augmented with the DNA code for the SARS-CoV-2 spike protein. AstraZeneca’s production involves an immortalized human cell line called Human Embryonic Kidney (HEK) 293, which is grown in culture along with the defective viruses (Dicks et al., 2012). The HEK cell line was genetically modified back in the 1970s by augmenting its DNA with segments from an adenovirus that supply the missing genes needed for replication of the defective virus (Louis et al., 1997). Johnson & Johnson uses a similar technique based on a fetal retinal cellline. Because the manufacture of these vaccines requires genetically modified human tumor cell lines, there is the potential for human DNA contamination as well as many other potential contaminants.

The media has generated a great deal of excitement about this revolutionary technology, but there are also concerns that we may not be realizing the complexity of the body’s potential for reactions to foreign mRNA and other ingredients in these vaccines that go far beyond the simple goal of tricking the body into producing antibodies to the spike protein.

In the remainder of this paper, we will first describe in more detail the technology behind mRNA vaccines. We devote several sections to specific aspects of the mRNA vaccines that concern us with regard to potential for both predictable and unpredictable negative consequences. We conclude with a plea to governments and the pharmaceutical industry to consider exercising greater caution in the current undertaking to vaccinate as many people as possible against SARS-CoV-2.

Technology of mRNA Vaccines

In the early phase of nucleotide-based gene therapy development, there was considerably more effort invested in gene delivery through DNA plasmids rather than through mRNA technology. Two major obstacles for mRNA are its transient nature due to its susceptibility to breakdown by RNAses, as well as its known power to invoke a strong immune response, which interferes with its transcription into protein. Plasmid DNA has been shown to persist in muscle up to six months, whereas mRNA almost certainly disappears much sooner. For vaccine applications, it was originally thought that the immunogenic nature of RNA could work to an advantage, as the mRNA could double as an adjuvant for the vaccine, eliminating the arguments in favor of a toxic additive like aluminum. However, the immune response results not only in an inflammatory response but also the rapid clearance of the RNA and suppression of transcription. So this idea turned out not to be practical.

There was an extensive period of time over which various ideas were explored to try to keep the mRNA from breaking down before it could produce protein. A major advance was the realization that substituting methyl-pseudouridine for all the uridine nucleotides would stabilize RNA against degradation, allowing it to survive long enough to produce adequate amounts of protein antigen needed for immunogenesis (Liu, 2019). This form of mRNA delivered in the vaccine is never seen in nature, and therefore has the potential for unknown consequences.

The Pfizer-BioNTech and Moderna mRNA vaccines are based on very similar technologies, where a lipid nanoparticle encloses an RNA sequence coding for the full-length SARS-CoV-2 spike protein. In the manufacturing process, the first step is to assemble a DNA molecule encoding the spike protein. This process has now been commoditized, so it’s relatively straightforward to obtain a DNA molecule from a specification of the sequence of nucleotides (Corbett et al., 2020). Following a cell-free in vitro transcription from DNA, utilizing an enzymatic reaction catalyzed by RNA polymerase, the single-stranded RNA is stabilized through specific nucleoside modifications, and highly purified.

The company Moderna, in Cambridge, MA, is one of the developers of deployed mRNA vaccines for SARS-CoV-2. Moderna executives have a grand vision of extending the technology for many applications where the body can be directed to produce therapeutic proteins not just for antibody production but also to treat genetic diseases and cancer, among others. They are developing a generic platform where DNA is the storage element, messenger RNA is the “software” and the proteins that the RNA codes for represent diverse application domains. The vision is grandiose and the theoretical potential applications are vast (Moderna, 2020). The technology is impressive, but manipulation of the code of life could lead to completely unanticipated negative effects, potentially long term or even permanent.

SARS-CoV-2 is a member of the class of positive-strand RNA viruses, which means that they code directly for the proteins that the RNA encodes, rather than requiring a copy to an antisense strand prior to translation into protein. The virus consists primarily of the single-strand RNA molecule packaged up inside a protein coat, consisting of the virus’s structural proteins, most notably the spike protein, which facilitates both viral binding to a receptor (in the case of SARS-CoV-2 this is the ACE2 receptor) and virus fusion with the host cell membrane. The SARS-CoV-2 spike protein is the primary target for neutralizing antibodies. It is a class I fusion glycoprotein, and it is analogous to haemagglutinin produced by influenza viruses and the fusion glycoprotein produced by syncytial viruses, as well as gp160 producedby human immunodeficiency virus (HIV) (Corbett et al., 2020).

The mRNA vaccines are the culmination of years of research in exploring the possibility of using RNA encapsulated in a lipid particle as a messenger. The host cell’s existing biological machinery is co-opted to facilitate the natural production of protein from the mRNA. The field has blossomed in part because of the ease with which specific oligonucleotide DNA sequences can be synthesized in the laboratory without the direct involvement of living organisms. This technology has become commoditized and can be done at large-scale, with relatively low cost. Enzymatic conversion of DNA to RNA is also straightforward, and it is feasible to isolate essentially pure single-strand RNA from the reaction soup (Kosuri and Church, 2014).

1. Considerations in mRNA Selection and Modification

While the process is simple in principle, the manufacturers of mRNA vaccines do face some considerable technical challenges. The first, as we’ve discussed, is that extracellular mRNA itself can induce an immune response which would result in its rapid clearance before it is even taken up by cells. So, the mRNA needs to be encased in a nanoparticle that will keep it hidden from the immune system. The second issue is getting thecells to take up the nanoparticles. This can be solved in part by incorporating phospholipids into the nanoparticle to take advantage of natural pathways of lipid particle endocytosis. The third problem is to activate the machinery that is involved in translating RNA into protein. In the case of SARS-CoV-2, the protein that is produced is the spike protein. Following spike protein synthesis, antigen-presenting cells need to present the spike protein to T cells, which will ultimately produce protective memory antibodies (Moderna, 2020). This step is not particularly straightforward, because the nanoparticles are mostly taken up by muscle cells, which, being immobile, are not necessarily equipped to launch an immune response. As we will see, the likely scenario is that the spike protein is synthesized by muscle cells and then handed over to macrophages acting as antigen-presenting cells, which then launch the standard B-cell-based antibody-generating cascade response.

The mRNA that is enclosed in the vaccines undergoes several modification steps following its synthesis from a DNA template. Some of these steps involve preparing it to look exactly like a human mRNA sequence appropriately modified to support ribosomal translation into protein. Other modifications have the goal of protecting it from breakdown, so that sufficient protein can be produced to elicit an antibody response. Unmodified mRNA induces an immune response that leads to high serum levels of interferon-α (IF-α), which is considered an undesirableresponse. However, researchers have found that replacing all of the uridines in the mRNA with N-methyl-pseudouridine enhances stability of the molecule while reducing its immunogenicity (Karikó et al. 2008; Corbett et al., 2020). This step is part of the preparation of the mRNA in the vaccines, but, in addition, a 7-methylguanosine “cap” is added to the 5’ end of the molecule and a poly-adenine (poly-A) tail, consisting of 100 or more adenine nucleotides, is added to the 3’ end. The cap and tail are essential in maintaining the stability of the mRNA within the cytosol and promoting translation into protein (Schlake et al., 2012; Gallie, 1991).

Normally, the spike protein flips very easily from a pre-fusion configuration to a post-fusion configuration. The spike protein that is in these vaccineshas been tweaked to encourage it to favor a stable configuration in its prefusion state, as this state provokes a stronger immune response (Jackson et al., 2020). This was done via a “genetic mutation,” by replacing a critical two-residue segment with two proline residues at positions 986 and 987, at the top of the central helix of the S2 subunit (Wrapp et al., 2020). Proline is a highly inflexible amino acid, so it interferes with the transition to the fusion state. This modification provides antibodies much better access to the critical site that supports fusion and subsequent cellular uptake. But might this also mean that the genetically modified version of the spike protein produced by the human host cell following instructions from the vaccine mRNA lingers in the plasma membrane bound to ACE2 receptors because of impaired fusion capabilities? What might be the consequence of this? We don’t know.

Researchers in China published a report in Naturein August 2020 in which they presented data on several experimental mRNA vaccines where the mRNA coded for various fragments and proteins in the SARS-CoV-2 virus. They tested three distinct vaccine formulations for their ability to induce an appropriate immune response inmice. The three structural proteins, S (spike), M and E are minimal requirements to assemble a “virus-like particle” (VLP). Their hypothesis was that providing M and E as well as the S spike protein in the mRNA code would permit the assembly of VLPs that might elicit an improved immune response, because they more closely resemble the natural virus than S protein exposed on the surface of cells that have taken up only the S protein mRNA from the vaccine nanoparticles. They were also hoping that critical fragments of the spike protein would be sufficient to induce immunity, rather than the entire spike protein, if viral-like particles could be produced through augmentation with M and E (Lu et al., 2020).

They confirmed experimentally that a vaccine containing the complete genes for all three proteins elicited a robust immune response that lasted for at least eight weeks following the second dose of the vaccine. Its performance was far superior to that of a vaccine containing only the spike protein. Disappointingly, a vaccine that contained only critical components of the spike protein, augmented with the other two envelope proteins, elicited practically no response.

Moderna researchers have conducted similar studies with similar results. They concluded that the spike protein alone was clearly inferior to a formulation containing RNA encoding all three envelope proteins, and they hypothesized that this was due to the fact that all three proteins were needed to allow the cell to release intact virus-like particles, rather than to just post the spike protein in the plasma membrane. The spike protein alone failed to initiate a T cell response in animal studies, whereas the formulation with all three proteins did (Corbett et al., 2020).

The two emergency-approved vaccines only contain mRNA code for spike protein (without E or M), and there must have been a good reason for this decision, despite its observed poor performance. It is possible that more sophisticated design of the lipid nanoparticle (see below) resulted in the ability to have the lipids serve as an adjuvant (similar to aluminum that is commonly added to traditional vaccines) while still protecting the RNA from degradation.

Another curious modification in the RNA code is that the developers have enriched the sequence in cytosines and guanines (Cs and Gs) at the expense of adenines and uracils (As and Us). They have been careful to replace only the third position in the codon in this way, and only when it does not alter the amino acid map (Hubert, 2020). It has been demonstrated experimentally that GC-rich mRNA sequences are expressed (translated into protein) up to 100-fold more efficiently than GC-poor sequences (Kudla et al., 2006). So this appears to be another modificationto further assure synthesis of abundant copies of the spike protein. We do not know the unintended consequences of this maneuver. Intracellular pathogens, including viruses, tend to have low GC content compared to the host cell’s genome (Rocha and Danchin, 2020). So, this modification may have been motivated in part by the desire to enhance the effectiveness of the deception that the protein is a human protein.

All of these various modifications to the RNA are designed to make it resist breakdown, appear more like a human messenger RNA protein-coding sequence, and efficiently translate into antigenic protein.

2. Lipid Nanoparticle Construction

Lipid nanoparticles (LNPs), also known as liposomes, can encapsulate RNA molecules, protecting them from enzymatic degradation by ribonucleases, and thus they form an essential ingredient of a successful delivery method (Wadhwa et al., 2020; Xu et al., 2020). These artificial constructs closely resemble exosomes. Exosomes are extracellullar vesicles secreted by cells and taken up by their neighbors, and they also often embed DNA or RNA. Thus, these nanoparticles can take advantage of natural endocytosis processes that normally internalize extracellular exosomes into endosomes. As the endosome acidifies to become a lysosome, the mRNA is released into the cytoplasm, and this is where translation into protein takes place. Liposomes have actually been found to be more successful at enhancing antigen presentation and maturation of dendritic cells, when compared to fusion proteins that encapsulate virus-based vaccines (Norling et al., 2019).

The lipid nanoparticles (LNPs) in these vaccines are composed of ionizable cationic lipids, phospholipids, cholesterol and polyethyleine glycol (PEG). Together, this mixture assembles into a stable lipid bilayer around the mRNA molecule. The phospholipids in these experimental vaccines consist of a phosphatidylcholine headgroup connected to two saturated alkyl tails through a glycerol linker. The lipid used in these vaccines, named 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DSPC), has 18 repeat carbon units. The relatively long chain tends to form a gel phase rather than a fluid phase. Molecules with shorter chains (such as a 12-carbon chain) tend to stay in a fluid phase instead. Gel phase liposomes utilizing DSPC have been found to have superior performance in protecting RNA from degradation because the longer alkyl chains are much more constrained in their movements within the lipid domain. They also appear to be more efficient as an adjuvant, increasing the release of the cytockines tumor necrosis factor-α (TNF-α), interleukin (IL)-6 and IL-1β from exposed cells (Norling et al., 2019). However, their ability to induce an inflammatory response may be the cause of the many symptoms people are experiencing, such as pain, swelling, fever and sleepiness. A study published in bioRxiv verified experimentally that these ionizable cationic lipids in lipid nanoparticles induce a strong inflammatory response in mice (Ndeupen et al., 2021).

The current mRNA vaccines are delivered through intramuscular injection. Muscles contain a large network of blood vessels where immune cells can be recruited to the injection site (Zeng et al., 2020). Muscle cells generally can enhance an immune reaction once immune cells infiltrate, in response to an adjuvant (Marino et al., 2011). Careful analysis of the response to an mRNA vaccine, administered to mice, revealed that antigen is expressed initially within muscle cells and then transferred to antigen-presenting cells, suggesting “cross-priming” as the primary path for initiating a CD8 Tcell response (Lazzaro et al., 2015). One can speculate that muscle cells make use of an immune response that is normally used to deal with misfolded human proteins. Such proteins induce upregulation of major histocompatibility complex (MHC) class II proteins, which then bind to the misfolded proteins and transport them intact to the plasma membrane (Jiang et al., 2013).

The MHC-bound surface protein then induces an inflammatory response and subsequent infiltration of antigen-presenting cells (e.g., dendritic cells and macrophages) into the muscle tissue, which then take up the displayed proteins and carry them into the lymph system to present them to T cells. These Tcells can then finally launch the cascade that ultimately produces memory antibodies specific to the protein. Muscle cells do express MHC class II proteins (Cifuentes-Diaz et al., 1992). As contrasted with class I, class II MHC proteins specialize in transporting intact proteins to the surface as opposed to small peptide sequences derived from the partial breakdown of the proteins (Jiang et al., 2013).

An in vitro study on non-human primates demonstrated that radiolabeled mRNA moved from the injection site into the draining lymph node and remained there for at least 28 hours. Antigen presenting cells (APCs) in both the muscle tissue as well as the draining lymph nodes were shown to contain radiolabeled mRNA (Lindsay et al., 2019). Classical APCs include dendritic cells, macrophages, Langerhans cells (in the skin) and B cells. Many of the side effects associated with these vaccines involve pain and inflammation at the injection site, as would be expected given the rapid infiltration of immune cells.

Lymphadenopathy is an inflammatory state in the lymph system associated with swollen lymph nodes. Swollen lymph nodes in the arm pit (axillary lymphadenopathy) is a feature of metastatic breast cancer. A paper published in 2021 described four cases of women who developed axillary lymphadenopathy following a SARS-CoV-2 vaccine (Mehta et al., 2021). The authors urged caution in misinterpreting this condition as an indicator requiring biopsy follow-up for possible breast cancer. This symptom corroborates tracer studies showing that the mRNA vaccine is predominantly taken up by APCs that then presumably synthesize the antigen (spike protein) from the mRNA and migrate into the lymph system, displaying spike protein on their membranes.

A list of the most common adverse effects reportedby the FDA that were experienced during the Pfizer-BioNTech clinical trials include “injection site pain, fatigue, headache, muscle pain, chills, joint pain, fever, injection site swelling, injection site redness, nausea, malaise, and lymphadenopathy.” (US Food and Drug Administration, 2021).

We turn now to individual molecular and organ system concerns that arise with these mRNA vaccines.

Adjuvants, Polyethylene Glycol, and Anaphylaxis

Adjuvants are vaccine additives intended to “elicit distinctive immunological profiles with regard to the direction, duration, and strength of immune responses” from the vaccines to which they are added (Liang et al., 2020). Alum or other aluminum compounds are most commonly utilized in traditional vaccines, and they elicit a wide range of systemic immune activation pathways as well as stromal cell activation at the site of the injection (Lambrecht et al., 2009; Danielsson & Eriksson, 2021).

An aluminum-based adjuvant was determined not to be optimal for a coronavirus vaccine, so other solutions were sought (Liang et. al., 2020). A solution presented itself in the form of the widely used pharmaceutical ingredient polyethylene glycol, or PEG. A limiting factor in the use of nucleic-acid-based vaccines is the tendency for the nucleic acids to be quickly degraded by nuclease enzymes (Ho et al., 2021). Regarding the RNAse enzymes targeting injected mRNA, these enzymes are widely distributed both intracellularly (primarily within the lysosomes) (Fujiwara et al., 2017) and extracellularly (Lu et al., 2018). To overcome this limitation, both mRNA vaccines currently deployed against COVID-19 utilize lipid-based nanoparticles as delivery vehicles. The mRNA cargo is placed inside a shell composed of synthetic lipids and cholesterol, along with PEG to stabilize the mRNA molecule against degradation.

The vaccine produced by Pfizer/BioNTech creates nanoparticles from 2-[(polyethylene glycol)-2000]-N,N-ditetradecylacetamide, or ALC-0159, commonly abbreviated simply as PEG (World Health Organization, 2021, January 14). The Moderna vaccine contains another PEG variant, SM-102, 1,2-dimyristoyl-rac-glycero-3-methoxypolyethylene glycol2000 (World Health Organization, 2021, January 19). For convenience we will abbreviate both PEG-modified lipids as PEG, and refer to the vaccines as PEGylated according to standard nomenclature.

The lipid shell plays a triple role. First, it protects the genetic material from degradation prior to cellular uptake. Second, the lipid shell, which also contains cholesterol, facilitates cellular uptake through fusion with the lipid membrane of the cell and subsequent endocytosis of the lipid particle, invoking naturally existing processes. And finally, it acts as an adjuvant (Ho et al., 2021). It is in this latter role asimmune stimulant that most concerns have been raised regarding the widespread use of PEG in an injection therapy.

In an article published in May 2019, prior to large clinical trials involving these PEGylated vaccines, Mohamed et. al. (2019) described a number of concerning findings regarding PEG and the immunological activation it had been shown to produce, which includes humoral, cell-mediated, and complement-based activation. They note that, paradoxically, large injection doses of PEG cause no apparent allergic reaction. Small doses, though, can lead to dramatic pathological immune activation. Vaccines employing PEGylation utilize micromolar amounts of these lipids, constituting this potentially immunogenic low-dose exposure.

In animal studies it has been shown that complement activation is responsible for both anaphylaxis and cardiovascular collapse, and injected PEG activates multiple complement pathways in humans as well. The authors of one study conclude by noting that “This cascade of secondary mediators substantially amplifies effector immune responses and may induce anaphylaxis in sensitive individuals. Indeed, recent studies in pigs have demonstrated that systemic complement activation (e.g., induced following intravenous injection of PEGylated liposomes) can underlie cardiac anaphylaxis where C5a played a causal role.” (Hamad et al., 2008) It is also important to note that anaphylactoid shock in pigs occurred not with first injected exposure, but following second injected exposure (Kozma et al., 2019).

The presence of antibodies against PEG is widespread in the population (Zhou et al., 2020). Yang and Lai (2015) found that around 42% of blood samples surveyed contained anti-PEG antibodies, and they warn that these could have important consequencesfor any PEG-based therapeutics introduced. Hong et. al. (2020) found anti-PEG antibodies with a prevalence up to 72% in populations with no prior exposure to PEG-based medical therapy. Lila et. al. (2018) note that the “existence of such anti-PEG antibodies has been intimately correlated with an impairment of therapeutic efficacy in tandem with the development of severe adverse effects in several clinical settings employing PEGylated-based therapeutics.”

Anaphylaxis to vaccines has previously been assumedto be rare based on the frequency of such events reported to VAERS, a database established by the Centers for Disease Control and Prevention in 1990 for reporting of adverse events related to vaccines (Centers for Disease Control and Prevention, 1990; Su et al., 2019). While rare, anaphylaxis can be life-threatening, so it is important to monitor for the possibility in the short period following vaccination (McNeil et al., 2016).

Sellaturay et. al., after reviewing 5 cases of anaphylaxis they link to PEG exposure, one near-fatal and involving cardiac arrest, write, “PEG is a high-risk ’hidden’ allergen, usually unsuspected and can cause frequent allergic reactions due to inadvertent re-exposure. Allergy investigation carries the risk of anaphylaxis and should be undertaken only in specialist drug allergy centres.” (Sellaturay et al., 2020). In fact it has already been demonstrated that pre-existing antibodies to PEG are linked to more common and more severe reactions upon re-exposure (Ganson et al., 2016).

Is anaphylaxis upon exposure to PEG happening with a frequency relevant to public health? Numerous studies have now documented the phenomenon (Lee et al., 2015; Povsic et al., 2016; Wylon et al., 2016). Anaphylactic reactions to the mRNA vaccines are widely reported in the media (Kelso, 2021) and, as noted above, have been frequently reported in the VAERS database (690 reports of anaphylaxis following SARS-CoV-2 vaccines up to January 29, 2021). There are also some initial case studies published in the peer-reviewed literature (Garvey & Nasser, 2020; CDC COVID-19 Response Team, 2021, January 15). Anaphylaxis reactions to vaccines prior to these COVID-19 vaccines were generally reported at rates less than 2 cases per million vaccinations (McNeil et al., 2016), while the current rate with the COVID-19 vaccinations was reported by the CDC to be more than 11 cases per million (CDC COVID-19 Response Team, 2021, January 29). However, a published prospective study on 64,900 medical employees, where their reactions to their first mRNA vaccination were carefully monitored, found that 2.1% of the subjects reported acute allergic reactions. A more extreme reaction involving anaphylaxis occurred at a rate of 247 per million vaccinations (Blumenthal et al., 2021). This is more than 21 times as many as were initially reported by the CDC. The second injection exposure is likely to cause even larger numbers of anaphylactic reactions.

mRNA Vaccines, Spike Proteins, and Antibody-Dependent Enhancement (ADE)

ADE is an immunological phenomenon first described in 1964 (Hawkes et al., 1964). In that publication Hawkes described a set of experiments in which cultures of flavivirus were incubated with avian sera containing high titers of antibodies against those viruses. The unexpected finding was that, with increasingly high dilutions of the antibody-containing sera, cell infectivity was enhanced. Lack of an explanation for how this could happen is likely responsible for its being largely ignored for almost 20 years (Morens et al., 1994).

Multiple pathways have been proposed through which antibodies both directly and indirectly participate in the neutralization of infections (Lu et al., 2018b). ADE is a special case of what can happen when low, non-neutralizing levels of either specific or cross-reactive antibodies against a virus are present at the time of infection. These antibodies might be present due to prior exposure to the virus, exposure to a related virus, or due to prior vaccination against the virus. Upon reinfection, antibodies in insufficient numbers to neutralize the virus nevertheless bind to the virus. These antibodies then dock at the Fc receptor on cell surfaces, facilitating viral entry into the cell and subsequently enhancing the infectivity of the virus (Wan et. al.,2020).

ADE is believed to underlie the more severe dengue fever often observed in those with previous exposure (Beltramello et al., 2010), and might also play a role in more severe disease among those previously vaccinated against the disease (Shukla et al., 2020). ADE is also believed to play a role in Ebola (Takada et al., 2003), zika virus infection (Bardina et al., 2017), and other flavivirus infections (Campos et al., 2020).

In an extended correspondence published in Nature Biotechnology, Eroshenko et. al. offer a comprehensive review of evidence suggesting that ADE could become manifest with any vaccinations employed against SARS-CoV-2. Importantly, they note that ADE has been observed with coronavirus vaccines tested in both in vitroand in vivomodels (Eroshenko et al., 2020). Others have warned about the same possibility with SARS-CoV-2 vaccines. A theory for how ADE might occur in the case of a SARS-CoV-2 vaccine suggests that non-neutralizing antibodies form immune complexes with viral antigens to provoke excessive secretion of pro-inflammatory cytokines, and, in the extreme case, a cytokine storm causing widespread local tissue damage (Lee et al., 2020). One extensive review of ADE potentially associated with SARS-CoV-2 vaccines noted, “At present, there are no known clinical findings, immunological assays or biomarkers that can differentiate any severe viral infection from immune-enhanced disease, whether by measuring antibodies, T cells or intrinsic host responses” (Arvin et al. 2020; Liu et al.,2019). We will return to this point again below.

Preexisting immunoglobulin G (IgG) antibodies, induced by prior vaccination, contribute to severe pulmonary damage by SARS-CoV in macaques (Liu et al., 2019). Peron and Nakaya (2020) provide evidence suggesting that the much more diverse range of prior exposures to coronaviruses experienced by the elderly might predispose them to ADE upon exposure to SARS-CoV-2. A concerning pre-print article reported that plasma from 76% of patients who had recovered from severe COVID-19 disease, when added to cultures of SARS-CoV-2 and susceptible cells, exhibited enhanced ability for SARS-CoV-2 viral infection of Raji cells (Wu et al., 2020). The authors note that “the antibody titers [against the spike protein] were higher in elderly patients of COVID-19, and stronger antibody response was associated with delayed viral clearance and increased disease severity in patients. Hence it is reasonable to speculate that S protein-specific antibodies may contribute to disease severity during SARS-CoV-2 infection.” (Wu et al., 2020)

It has been reported that all three US vaccine manufacturers – Moderna, Pfizer, and Johnson & Johnson – are working to develop booster shots (Zaman 2021). With tens of millions of young adults and even children now with vaccine-induced coronavirus spike protein antibodies, there exists the possibility of triggering ADE related to either future SARS-CoV-2 infection or booster injection among this younger population. Time will tell.

The mRNA vaccines ultimately deliver the highly antigenic spike protein to antigen-presenting cells. As such, monoclonal antibodies against the spike protein are the expected outcome of the currently deployed mRNA vaccines. Human spike protein monoclonal antibodies were found to produce high levels of cross-reactive antibodies against endogenous human proteins (Vojdani et. al., 2021; reviewed in more detail below). Given evidence only partially reviewed here, there is sufficient reason to suspect that antibodies to the spike protein will contribute to ADE provoked by prior SARS-CoV-2 infection or vaccination, which may manifest as either acute or chronic autoimmune and inflammatory conditions. We have noted above that it is not possible to distinguish an ADE manifestation of disease from a true, non-ADE viral infection. In this light it is important to recognize that, when diseases and deaths occur shortly after vaccination with an mRNA vaccine, it can never be definitively determined, even with a full investigation, that the vaccine reaction was not a proximal cause.

Pathogenic Priming, Multisystem Inflammatory Disease, and Autoimmunity

Pathogenic priming is a concept that is similar in outcome to ADE, but different in the underlying mechanism. We discuss it here as a unique mechanism through which the mRNA vaccines could provokeassociated pathologies.

In April 2020 an important paper was published regarding the potential for self-reactive antibodies to be generated following exposure to the spike protein and other antigenic epitopes spread over the length of SARS-CoV-2. Lyons-Weiler (2020) coined the phrase “pathogen priming” because he believed the more commonly used “immune enhancement” fails to capture the severity of the condition and its consequences. In his in silico analysis, Lyons-Weiler compared all antigenic SARS-CoV-2 protein epitopes flagged in the SVMTriP database (http://sysbio.unl.edu/SVMTriP/) and searched the p-BLAST database (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) for homology between those epitopes and endogenous human proteins. Of the 37 SARS-CoV-2 proteins analyzed, 29 had antigenic regions. All but one of these 29 had homology with human proteins (putative self-antigens)and were predicted to be autoreactogenic. The largest number of homologies were associated with the spike (S) protein and the NS3 protein, both having 6 homologous human proteins.

A functional analysis of the endogenous human proteins homologous with viral proteins found that over 1/3 of them are associated with the adaptive immune system. The author speculates that prior virus exposure or prior vaccination, either of which could initiate antibody production that targets these endogenous proteins, may be playing a role in the development of more severe disease in the elderly in particular. In this case the pre-existing antibodies act to suppress the adaptive immune system and lead to more severe disease.

Another group (Ehrenfeld et. al., 2020), in a paper predominantly about the wide range of autoimmune diseases found in association with a prior SARS-CoV-2 infection, also investigated how the spike protein could trigger such a range of diseases. They report, in Table 1 of that reference, strings of heptapeptides within the human proteome that overlap with the spike protein generated by SARS-CoV-2. They identified 26 heptapeptides found in humans and in the spike protein. It is interesting to note that 2 of the 26 overlapping heptapeptides were found to be sequential, a strikingly long string of identical peptides to be found in common between endogenous human proteins and the spike protein. Commenting on the overlapping peptides they had discovered and the potential for this to drive many types of autoimmunitysimultaneously, they comment, “The clinical scenario that emerges is upsetting.” Indeed, it is.

In May of 2020 another important paper in this regard was published by Vojdani and Kharrazian (2020). The authors used both mouse and rabbit monoclonal antibodies against the 2003 SARS spike protein to test for reactivity against not only the spike protein of SARS-CoV-2, but also against several endogenous human proteins. They discovered that there was a high level of binding not only with the SARS-CoV-2 spike protein, but against a wide range of endogenous proteins. “[W]e found that the strongest reactions were with transglutaminase 3 (tTG3), transglutaminase 2 (tTG2), ENA, myelin basic protein (MBP), mitochondria, nuclear antigen (NA), α-myosin, thyroid peroxidase (TPO), collagen, claudin 5+6, and S100B.” (Vojdani and Kharrazian, 2020).

These important findings need to be emphasized. Antibodies with a high binding affinity to SARS-CoV-2 spike and other proteins also have a high binding affinity with tTG (associated with Celiac Disease), TPO (Hashimoto’s thyroiditis), myelin basic protein (multiple sclerosis), and several endogenous proteins. Unlike the autoimmune process associated with pathogen priming, these autoimmune diseases typically take years to manifest symptomatically.

The autoantibodies generated by the spike protein predicted by Lyons-Weiler (2020) and described above were confirmed with an in vitro study published more recently. In this follow-on paper, Vojdani et. al., (2021) looked again at the issue of cross-reactivity of antibodies, this time using human monoclonal antibodies (mAbs) against the SARS-CoV-2 spike protein rather than mouse and rabbit mAbs. Their results confirmed and extended their prior findings. “At a cutoff of 0.32 OD [optical density], SARS-CoV-2 membrane protein antibody reacted with 18 out of the 55 tested antigens.” These 18 endogenous antigens encompass reactivity to tissue in liver, mitochondria, the nervous and digestive system, the pancreas, and elsewhere in the body.

In a report on multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C), Carter et. al. (2020) studied 23 cases. Seventeen of 23 (68%) patients had serological evidence of prior SARS-CoV-2 infection. Of the three antibodies assessed in the patient population (nucleocapsid, RBD, and spike), IgG spike protein antibody optical density (which quantifies antibody concentrations against a standardized curve (Wikipedia, 2021)), was highest (see Figure 1d in Carter et al., 2020).

MIS-C is now commonly speculated to be an example of immune priming by prior exposure to SARS-CoV-2 or to other coronaviruses. Buonsenso et. al. (2020) reviewed multiple immunologic similarities between MIS-C and disease related to prior β-hemolytic Group A streptococcal infection (GAS). The authors write, “We can speculate that children’s multiple exposition to SARS-CoV-2 with parents with COVID-19 can work as a priming of the immune system, as happens with GAS infection and, in genetically predisposed children, lead to [MIS-C] development. Another hypothesis is that previous infections with other coronaviruses, much more frequent in the pediatric population, may have primed the child immune system to SARS-CoV-2 virus.”

In June 2019 Galeotti and Bayry (2020) reviewed the occurrence of both autoimmune and inflammatory diseases in patients with COVID-19. They focus their analysis on MIS-C. After reviewing several previously published reports of a temporal link between COVID-19 and onset of MIS-C and describing a number of possible mechanistic connections between the two, the authors noted that no causal link had been established. In a somewhat prescient recommendation, they wrote, “A fine analysis of homology between various antigens of SARS-CoV-2 and self-antigens, by use of in silico approaches and validation in experimental models, should be considered in order to confirm this hypothesis.” It is precisely this type of in silico analysis carried out by Lyons-Weiler (2020) and by Ehrenfeld et. al. (2020) described in the opening paragraphs of this section which found the tight homology between viral antigens and self-antigens. While this may not definitively confirm the causal link hypothesized by Galeotti and Bayry, it is strong supporting evidence.

Autoimmunity is becoming much more widely recognized as a sequela of COVID-19. There are multiple reports of previously healthy individuals who developed diseases such as idiopathic thrombocytopenic purpura, Guillain-Barré syndrome and autoimmune haemolytic anaemia (Galeotti and Bayry, 2020). There are three independent case reports of systemic lupus erythemosus (SLE) with cutaneous manifestations following symptomatic COVID-19. In one case a 39-year-old male had SLE onset two months following outpatient treatment for COVID-19 (Zamani et.al., 2021). Another striking case of rapidly progressing and fatal SLE with cutaneous manifestations is described by Slimani et.al. (2021).

Autoantibodies are very commonly found in COVID-19 patients, including antibodies found in blood (Vlachoyiannopoulos et. al., 2020) and cerebrospinal fluid (CFS) (Franke et. al., 2021). Though SARS-CoV-2 is not found in the CSF, it is theorized that the autoantibodies created in response to SARS-CoV-2 exposure may lead to at least some portion of the neurological complications documented inCOVID-19 patients. One important Letter to the Editor submitted to the journal Arthritis & Rheumatology by Bertin et. al. (2020) noted the high prevalence and strong association (p=0.009) of autoantibodies against cardiolipin in COVID-19 patients with severe disease.

Zuo et. al. (2020) found anti-phospholipid autoantibodies in 52% of hospitalized COVID-19 patients and speculated that these antibodies contribute to the high incidence of coagulopathies in these patients. Schiaffino et. al. (2020) reported that serum from a high percentage of hospitalized COVID-19 patients contained autoantibodies reactive to the plasma membrane of hepatocytes and gastric cells. One patient with Guillain-Barre Syndrome was found to have antibody reactivity in cerebrospinal fluid (CFS), leading the authors to suggest that cross-reactivity with proteins in the CFS could lead to neurological complications seen in some COVID-19 patients. In a more recent review, Gao et. al. (2021) noted high levels of autoantibodies in COVID-19 patients across multiple studies. They conclude, “[O]ne of the potential side effects of giving a mass vaccine could be an mergence [sic] of autoimmune diseases especially in individuals who are genetically prone for autoimmunity.”

A recent publication compiles a great deal of evidence that autoantibodies against a broad range of receptors and tissue can be found in individuals who have had previous SARS-CoV-2 infection. “All 31 former COVID-19 patients had between 2 and 7 different GPCR-fAABs [G-protein coupled receptor functional autoantibodies] that acted as receptor agonists.”(Wallukat et. al. 2021) The diversity of GPCR-fAABs identified, encompassing both agonist and antagonist activity on target receptors, strongly correlated with a range of post-COVID-19 symptoms, including tachycardia, bradycardia, alopecia, attention deficit, PoTS, neuropathies, and others.

The same study, referencing the autoantibodies predicted by Lyons-Weiler (2020) mentioned above, notes with obvious grave concern: “The Sars-CoV-2 spike protein is a potential epitopic target for biomimicry-induced autoimmunological processes [25]. Therefore, we feel it will be extremely important to investigate whether GPCR-fAABs will also become detectable after immunisation by vaccination against the virus.”

We have reviewed the evidence here that the spike protein of SARS-CoV-2 has extensive sequence homology with multiple endogenous human proteins and could prime the immune system toward development of both auto-inflammatory and autoimmune disease. This is particularly concerning given that the protein has been redesigned with two extra proline residues to potentially impede its clearance from the circulation through membrane fusion. These diseases could present acutely and over relatively short time spans such as with MIS-C or could potentially not manifest for months or years following exposure to the spike protein, whether via natural infection or via vaccination.

Many who test positive for COVID-19 express no symptoms. The number of asymptomatic, PCR-positive cases varies widely between studies, from a low of 1.6% to a high of 56.5% (Gao et. al., 2020). Those who are insensitive to COVID-19 probably have a very strong innate immune system. The healthy mucosal barrier’s neutrophils and macrophages rapidly clear the viruses, often without the need for any antibodies to be produced by the adaptive system. However, the vaccine intentionally completely bypasses the mucosal immune system, both through its injection past the natural mucosal barriers and its artificial configuration as an RNA-containing nanoparticle. As noted in Carsetti (2020), those with a strong innate immune response almost universally experience either asymptomatic infection or only mild COVID-19 disease presentation. Nevertheless, they might face chronic autoimmune disease, as described previously, as a consequence of excessive antibody production in response to the vaccine, which was not necessary in the first place.

The Spleen, Platelets and Thrombocytopenia

Dr. Gregory Michael, an obstetrician in Miami Beach, died of a cerebral hemorrhage 16 days after receiving the first dose of the Pfizer/BioNTech COVID-19 vaccine. Within three days of the vaccine, he developed idiopathic thrombocytopenic purpura (ITP), an autoimmune disorder in which the immune cells attack and destroy the platelets. His platelet count dropped precipitously, and this caused an inability to stop internal bleeding, leading to the stroke, as described in an article in the New York Times (Grady and Mazzei, 2021). The New York Times followed up with a second article that discussed several other cases of ITP following SARS-CoV-2 vaccination (Grady, 2021), and several other incidences of precipitous drop of platelets and thrombocytopenia following SARS-CoV-2 vaccination have been reported in the Vaccine Adverse Event Reporting System (VAERS).

1. Biodistribution of mRNA Vaccines

Several studies on mRNA-based vaccines have confirmed independently that the spleen is a major center of activity for the immune response. A study on an mRNA-based influenza virus vaccine is extremely relevant for answering the question of the biodistribution of the mRNA in the vaccine. This vaccine, like the SARS-CoV-2 vaccines, was designed as lipid nanoparticles with modified RNA coding for hemagglutinin (the equivalent surface fusion protein to the spike protein in corona viruses), and was administered through muscular injection. The concentration of mRNA was tracked over time in various tissue samples, and the maximum concentration observed at each site was recorded. Not surprisingly, the concentration was highest in the muscle at the injection site (5,680 ng/mL). This level decreased slowly over time, reaching half the original value at 18.8 hours following injection. The next highest level was observed in the proximal lymph node, peaking at 2,120 ng/mL and not dropping to half this value until 25.4 hours later. Among organs, the highest levels by far were found in the spleen (86.69 ng/mL) and liver (47.2 ng/mL). Elsewhere in the body the concentration was at 100-to 1,000-fold lower levels. In particular, distal lymph nodes only had a peak concentration of 8 ng/mL. They concluded that the mRNA distributes from the injection site to the liver and spleen via the lymphatic system, ultimately reaching the general circulation. This likely happens through its transport inside macrophages and other immune cells that take it up at the muscular injection site. Disturbingly, it also reaches into the brain, although at much lower levels (Bahl et al., 2017). The European Medicines Agency assessment report for the Moderna vaccine also noted that mRNA could be detected in the brain following intramuscular administration at about 2% of the level found in the plasma (European Medicines Agency, 2021).

In another experiment conducted to track the biodistribution pathway of RNA vaccines, a rabies RNA vaccine was administered intramuscularly to rats in a single dose. The vaccine included a code for an immunogenic rabies protein as well as the code for RNA polymerase and was formulated as an oil-in-water nanoemulsion. Thus, it is not entirely representative of the SARS-CoV-2 mRNA vaccines. Nevertheless, its intramuscular administration and its dependence on RNA uptake by immune cells likely means that it would migrate through the tissues in a similar pathway as the SARS-CoV-2 vaccine. The authors observed an enlargement of the draining lymph nodes, and tissue studies revealed that the rabies RNA appeared initially at the injection site and in the draining lymph nodes within one day, and was also found in blood, lungs, spleen and liver (Stokes et al., 2020). These results are consistent with the above study on influenza mRNA vaccines.

Finally, a study comparing luciferase-expressing mRNA nanoparticles with luciferase-expressing mRNA dendritic cells as an alternative approach to vaccination revealed that the luciferase signal reached a broader range of lymphoid sites with the nanoparticle delivery mechanism. More importantly, the luciferase signal was concentrated in the spleen for the nanoparticles compared to dominance in the lungs for the dendritic cells (Firdessa-Fite and Creuso, 2020).

2. Immune Thrombocytopenia

Immune thrombocytopenia (ITP) has emerged as an important complication of COVID-19 (Bhattacharjee and Banerjee, 2020). In many cases, it emerges after full recovery from the disease, i.e, after the virus has been cleared, suggesting it is an autoimmune phenomenon. A likely pathway by which ITP could occur following vaccination is through the migration of immune cells carrying a cargo of mRNA nanoparticles via the lymph system into the spleen. These immune cells would produce spike protein according to the code in the nanoparticles, and the spike protein would induce B cell generation of IgG antibodies to it.

ITP appears initially as petechiae or purpura on the skin, and/or bleeding from mucosal surfaces. It has a high risk of fatality through haemorrhaging and stroke. ITP is characterized by both increased platelet destruction and reduced platelet production, and autoantibodies play a pivotal role (Sun and Shan, 2019). Platelets are coated by anti-platelet antibodies and immune complexes, and this induces their clearance by phagocytes.

Particularly under conditions of impaired autophagy, the resulting signaling cascade can also result in suppression of production of megakaryocytes in the bone marrow, which are the precursor cells for platelet production (Sun and Shan, 2019). A case study of a patient diagnosed with COVID-19 is revealing because he developed sudden onset thrombocytopenia a couple of days after he had been released from the hospital based on a negative COVID-19 nucleic acid test. Following this development, it was verified that the patient had a reduced number of platelet-producing megakaryocytes, while autoimmune antibodies were negative, suggesting a problem with platelet production rather than platelet destruction (Chen et al., 2020).

Autophagy is essential for clearing damaged proteins, organelles, and bacterial and viral pathogens. Alterations in autophagy pathways are emerging as a hallmark of the pathogenesis of many respiratory viruses, including influenza virus, MERS-CoV, SARS-CoV and, importantly, SARS-CoV-2 (Limanaqi et al., 2020). Autophagy is surely critical in the clearance of spike protein produced by immune cells programmed to produce it through the mRNA vaccines.

One can speculate that impaired autophagy prevents clearance of the spike protein produced by macrophages from the vaccine mRNA. As we will show later, platelets possess autophagic proteins and use autophagy to clear viruses. Impaired autophagy is a characteristic feature of ITP, and it may be key to the autoimmune attack on the platelets (Wang et al., 2019).

3. A Critical Role for the Spleen

The spleen is the largest secondary lymphoid organ in humans and it contains as much as 1/3 of the body’s platelet supplies. The spleen is the primary site for platelet destruction during ITP, as it controls the antibody response against platelets. The two main autoantibodies associated with ITP are against immunoglobulin G (IgG) and the glycoprotein (GP) IIb/IIIa complex on platelets (Aslam et al., 2016).

The spleen plays a central role in the clearance of foreign antigens and the synthesis of IgG by B cells. Upon exposure to an antigen, such as the spike protein, neutrophils in the marginal zone of the spleen acquire the ability to interact with B cells, inducing antibody production (Puga et al., 2011). This is likely crucial for successful vaccination outcome. The pseudouridine modification of mRNA is important for assuring RNA survival long enough for it to reach the spleen. In an experiment on injection of mRNA nanoparticles into mice, both the delivered mRNA and the encoded protein could be detected in the spleen at 1, 4, and 24 hours after injection, at significantly higher levels than when non-modified RNA was used (Karikó et al., 2008).

A sophisticated platelet-neutrophil cross-communication mechanism in the spleen can lead to thrombocytopenia, mediated by a pathological response called NETosis. Platelet-TLR7 (toll-like receptor 7) recognizes influenza particles in circulation and leads to their engulfment and endocytosis by the platelets. After engulfing the viruses, the platelets stimulate neutrophils to release their DNA within Neutrophil Extracellular Traps (NETs) (Koupenova et al., 2019), and the DNA, in excessive amounts, launches a prothrombotic cascade.

4. Lessons from Influenza

The influenza virus, like the corona virus, is a single-strand RNA virus. Thrombocytopenia is a common complication of influenza infection, and its severity predicts clinical outcomes in critically ill patients (Jansen et al., 2020). Platelets contain abundant glycoproteins in their membranes which act as receptors and support adhesion to the endothelial wall. Autoantibodies against platelet glycoproteins are found in the majority of patients with autoimmune thrombocytopenia (Lipp et al., 1998). The influenza virus binds to cells via glycoproteins, and it releases an enzyme called neuraminidase that can break down the glycosaminoglycans bound to the glycoproteins and release them. This action likely exposes the platelet glycoproteins to B cells, inducing autoantibody production. Neuraminidase expressed by the pathogen Streptococcus pneumoniae has been shown to desialylate platelets, leading to platelet hyperactivity (Kullaya et al., 2018).

Platelets appear to play an important role in viral clearance. Within one minute after platelets were incubated together with influenza viruses, the viruses had already attached to the platelets. Subsequent internalization, possibly by phagocytosis, peaked at 30 minutes (Jansen et al., 2020).

The SARS-CoV-2 spike protein binds sialic acid, which means it could attach to glycoproteins in the platelet membranes (Baker et al., 2020). There is a structural similarity between the S1 spike protein in SARS CoV and neuraminidase expressed by the influenza virus, which might mean that the spike protein possesses neuraminidase activity (Zhang et al., 2004). Several viruses express neuraminidase, and it generally acts enzymatically to catabolize the glycans in glycoproteins through desialylation.

Thus, it seems plausible that a dangerous cascade leading to ITP could ensue following mRNA vaccination, even with no live virus present, particularly in the context of impaired autophagy. Immune cells in the arm muscle take up the RNA particles and circulate within the lymph system, accumulating in the spleen. There, the immune cells produce abundant spike protein, which binds to the platelet glycoproteins and desialylates them. Platelet interaction with neutrophils causes NETosis and the launch of an inflammatory cascade. The exposed glycoproteins become targets for autoimmune antibodies that then attack and remove the platelets, leading to a rapid drop in platelet counts, and a life-threatening event.

Activation of Latent Herpes Zoster

An observational study conducted at Tel Aviv Medical Center and the Carmel Medical Center in Haifa, Israel, found a significantly increased rate of herpes zoster following the Pfizer vaccination (Furer 2021). This observational study monitored patients with pre-existing autoimmune inflammatory rheumatic diseases (AIIRD). Among the 491 patients with AIIRD over the study period, 6 (1.2%) were diagnosed with herpes zoster as a first-ever diagnosis between 2 days and 2 weeks after either the first or second vaccination. In the control group of 99 patients there were no herpes zoster cases identified.

The CDC’s VAERS database, queried on April 19, 2021, contains 278 reports of herpes zoster following either the Moderna or Pfizer vaccinations. Given the documented underreporting to VAERS (Lazarus et al. 2010), and given the associational nature of VAERS reports, it is not possible to prove any causal link between the vaccinations and the zoster reports. However, we believe the occurrence of zoster is another important ‘signal’ in VAERS.

This increased risk to shingles, if valid, may have important broader implications. Multiple studies have shown that patients with either primary or acquired immune deficiency are more susceptible to severe herpes zoster infection (Ansari et al., 2020). This suggests that the mRNA vaccines may be suppressing the innate immune response. There is cross-talk between TNF-α and type I interferon in autoimmune disease, wherein each suppresses the other (Palucka et al., 2005). Type I interferon inhibits varicella-zoster virus replication (Ku et al., 2016). TNF-α is sharply upregulated in an inflammatory response, which is induced by the lipid nanoparticles in the vaccine. Its upregulation is also associated with the chronic inflammatory state of rheumatoid arthritis (Matsuno et al., 2002). Exuberant TNF-α expression following vaccination may be interfering with the dendritic cell INF-α response that keeps latent herpes zoster in check.

Spike Protein Toxicity

The picture is now emerging that SARS-CoV-2 has serious effects on the vasculature in multiple organs, including the brain vasculature. As mentioned earlier, the spike protein facilitates entry of the virus into a host cell by binding to ACE2 in the plasma membrane. ACE2 is a type I integral membrane protein that cleaves angiotensin II into angiotensin(1-7), thus clearing angiotensin II and lowering blood pressure. In a series of papers, Yuichiro Suzuki in collaboration with other authors presented a strong argument that the spike protein by itself can cause a signaling response in the vasculature with potentially widespread consequences (Suzuki, 2020; Suzuki et al., 2020; Suzuki et al., 2021; Suzuki and Gychka, 2021). These authors observed that, in severe cases of COVID-19, SARS-CoV-2 causes significant morphological changes to the pulmonary vasculature. Post-mortem analysis of the lungs of patients who died from COVID-19 revealed histological features showing vascular wall thickening, mainly due to hypertrophy of the tunica media. Enlarged smooth muscle cells had become rounded, with swollen nuclei and cytoplasmic vacuoles (Suzuki et al., 2020). Furthermore, they showed that exposure of cultured human pulmonary artery smooth muscle cells to the SARS-CoV-2 spike protein S1 subunit was sufficient to promote cell signaling without the rest of the virus components.

Follow-on papers (Suzuki et al., 2021, Suzuki and Gychka, 2021) showed that the spike protein S1 subunit suppresses ACE2, causing a condition resembling pulmonary arterial hypertension (PAH), a severe lung disease with very high mortality. Their model is depicted here in Figure 2. Ominously, Suzuki and Gychka (2021) wrote: “Thus, these in vivo studies demonstrated that the spike protein of SARS-CoV-1 (without the rest of the virus) reduces the ACE2 expression, increases the level of angiotensin II, and exacerbates the lung injury.” The “in vivo studies” they referred to here (Kuba et al., 2005) had shown that SARS coronavirus-induced lung injury was primarily due to inhibition of ACE2 by the SARS-CoV spike protein, causing a large increase in angiotensin-II. Suzuki et al. (2021) went on to demonstrate experimentally that the S1 component of the SARS-CoV-2 virus, at a low concentration of 130 pM, activated the MEK/ERK/MAPK signaling pathway to promote cell growth. They speculated that these effects would not be restricted to the lung vasculature. The signaling cascade triggered in the heart vasculature would cause coronary artery disease, and activation in the brain could lead to stroke. Systemic hypertension would also be predicted. They hypothesized that this ability of the spike protein to promote pulmonary arterial hypertension could predispose patients who recover from SARS-CoV-2 to later develop right ventricular heart failure. Furthermore, they suggested that a similar effect could happen in response to the mRNA vaccines, and they warned of potential long-term consequences to both children and adults who received COVID-19 vaccines based on the spike protein (Suzuki and Gychka, 2021).

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Figure 2: A simple model for a process by which the spike protein produced through the mRNA vaccines could induce a pathological response distinct from the desirable induction of antibodies to suppress viral entry. Redrawn with permission from Suzuki and Gychka, 2021

An interesting study by Lei et. al. (2021) found that pseudovirus — spheres decorated with the SARS-CoV-2 S1 protein but lacking any viral DNA in their core — caused inflammation and damage in both the arteries and lungs of mice exposed intratracheally. They then exposed healthy human endothelial cells to the same pseudovirus particles. Binding of these particles to endothelial ACE2 receptors led to mitochondrial damage and fragmentation in those endothelial cells, leading to the characteristic pathological changes in the associated tissue. This study makes it clear that spike protein alone, unassociated with the rest of the viral genome, is sufficient to cause the endothelial damage associated with COVID-19. The implications for vaccines intended to cause cells to manufacture the spike protein are clear and are an obvious cause for concern.

Neurological symptoms associated with COVID-19, such as headache, nausea and dizziness, encephalitis and fatal brain blood clots are all indicators of damaging viral effects on the brain. Buzhdygan et al. (2020) proposed that primary human brain microvascular endothelial cells could cause these symptoms. ACE2 is ubiquitously expressed in the endothelial cells in the brain capillaries. ACE2 expression is upregulated in the brain vasculature in association with dementia and hypertension, both of which are risk factors for bad outcomes from COVID-19. In an in vitro study of the blood-brain barrier, the S1 component of the spike protein promoted loss of barrier integrity, suggesting that the spike protein acting alone triggers a pro-inflammatory response in brain endothelial cells, which could explain the neurological consequences of the disease (Buzhdygan et al., 2020). The implications of this observation are disturbing because the mRNA vaccines induce synthesis of the spike protein, which could theoretically act in a similar way to harm the brain.

The spike protein generated endogenously by the vaccine could also negatively impact the male testes, as the ACE2 receptor is highly expressed in Leydig cells in the testes (Verma et al., 2020). Several studies have now shown that the coronavirus spike protein is able to gain access to cells in the testes via the ACE2 receptor, and disrupt male reproduction (Navarra et al., 2020; Wang and Xu, 2020). A paper involving postmortem examination of testicles of six male COVID-19 patients found microscopic evidence of spike protein in interstitial cells in the testes of patients with damaged testicles (Achua et al., 2021).

A Possible Link to Prion Diseases and Neurodegeneration

Prion diseases are a collection of neurodegenerative diseases that are induced through the misfolding of important bodily proteins, which form toxic oligomers that eventually precipitate out as fibrils causing widespread damage to neurons. Stanley Prusiner first coined the name `prion’ to describe these misfolded proteins (Prusiner, 1982). The best-known prion disease is MADCOW disease (bovine spongiform encephalopathy), which became an epidemic in European cattle beginning in the 1980s. The CDC web site on prion diseases states that “prion diseases are usually rapidly progressive and always fatal.”(Centers for Disease Control and Prevention, 2018). It is now believed that many neurodegenerative diseases, including Alzheimer’s, Parkinson’s disease, and amyotrophic lateral sclerosis (ALS) may be prion diseases, and researchers have identified specificproteinaceous infectious particles linked to these diseases (Weickenmeier et al., 2019).

Furthermore, researchers have identified a signature motif linked to susceptibility to misfolding into toxic oligomers, called the glycine zipper motif. It is characterized by a pattern of two glycine residues spaced by three intervening amino acids, represented as GxxxG. The bovine prion linked to MADCOW has a spectacular sequence of ten GxxxGs in a row (see uniprot.org/uniprot/P10279).

More generally, the GxxxG motif is a common feature of transmembrane proteins, and the glycines play an essential role in cross-linking α-helices in the protein (Mueller et al., 2014). Prionproteins become toxic when the α-helices misfold as β-sheets, and the protein is then impaired in its ability to enter the membrane (Prusiner, 1982). Glycines within the glycine zipper transmembrane motifs in the amyloid-β precursor protein (APP) play a central role in the misfolding of amyloid-β linked to Alzheimer’s disease (Decock et al., 2016). APP contains a total of four GxxxG motifs.

When considering that the SARS-CoV-2 spike protein is a transmembrane protein, and that it contains five GxxxG motifs in its sequence (see uniprot.org/uniprot/P0DTC2), it becomes extremely plausible that it could behave as a prion. One of the GxxxG sequences is present within its membrane fusion domain. Recall that the mRNA vaccines are designed with an altered sequencethat replaces two adjacent amino acids in the fusion domain with a pair of prolines. This is done intentionally in order to force the protein to remain in its open state and make it harder for it to fuse with the membrane. This seems to us like a dangerous step towards misfolding potentially leading to prion disease.

A paper published by J. Bart Classen (2021) proposed that the spike protein in the mRNA vaccines could cause prion-like diseases, in part through its ability to bind to many known proteins andinduce their misfolding into potential prions. Idrees and Kumar (2021) have proposed that the spike protein’s S1 component is prone to act as a functional amyloid and form toxic aggregates. These authors wrote that S1 has the ability “to form amyloid and toxic aggregates that can act as seeds to aggregate many of the misfolded brain proteins and can ultimately lead to neurodegeneration.”

According to Tetz and Tetz (2020), the form of the spike protein in SARS-CoV-2 has prion regions that are not present in the spike proteins for other coronaviruses. While this was reported in a non-peer-reviewed article, the authors had published a previous paper in 2018 identifying prion-like regions in multiple eukaryotic viruses, so they have considerable expertise in this area (Tetz and Tetz, 2018).

A final point here relates to information about the Pfizer vaccine in particular. The European Medicines Agency (EMA) Public Assessment Report is a document submitted to gain approval to market the vaccine in Europe. It describes in detail a review of the manufacturing process as well as a wide range of associated testing data. One concerning revelation is the presence of “fragmented species” of RNA in the injection solution. These are RNA fragments resulting from early termination of the process of transcription from the DNA template. These fragments, if translated by the cell following injection, would generate incomplete spike proteins, again resulting in altered and unpredictable three-dimensional structure and a physiological impact that is at best neutral and at worst detrimental to cellular functioning. There were considerably more of these fragmented forms of RNA found in the commercially manufactured products than in the products used in clinical trials. The latter were produced via a much more tightly controlled manufacturing process.

Pfizer claims the RNA fragments “likely… will not result in expressed proteins” due to their assumed rapid degradation within the cell. No data was presented to rule out protein expression, though, leaving the reviewers to comment, “These [fragmented RNA] forms are poorly characterised, and the limited data provided for protein expression do not fully address the uncertainties relating to the risk of translating proteins/peptides other than the intended spike protein” (EMA 2020). To our knowledge no data has been forthcoming since that time.

While we are not asserting that non-spike proteins generated from fragmented RNA would be misfolded or otherwise pathological, we believe they would at least contribute to the cellular stress that promotes prion-associated conformational changes in the spike protein that is present.

1. Lessons from Parkinson’s Disease

Parkinson’s disease is a neurodegenerative disease associated with Lewy body deposits in the brain, and the main protein found in these Lewy bodies is α-synuclein. That protein, α-Synuclein, is certainly prion-like insofar as under certain conditions it aggregates into toxic soluble oligomers and fibrils (Lema Tomé et al., 2013). Research has shown that misfolded α-synuclein can form first in the gut and then travel from there to the brain along the vagus nerve, probably in the form of exosomes released from dying cells where the misfolded protein originated (Kakarla et al., 2020; Steiner et al., 2011). The cellular conditions that promote misfolding include both an acidic pH and high expression of inflammatory cytokines. It is clear that the vagus nerve is critical for transmission of misfolded proteins to the brain, because severance of the vagus nerve protects from Parkinson’s. Vagus nerve atrophy in association with Parkinson’s disease provides further evidence of the involvement of the vagus nerve in transport of misfolded α-synuclein oligomers from the gut to the brain (Walter et al., 2018). Another pathway is through the olfactory nerve, and a loss of a sense of smell is an early sign of Parkinson’s disease. Ominously, diminution or loss of the sense of smell is also a common symptom of SARS-CoV-2 infection.

There are many parallels between α-synuclein and the spike protein, suggesting the possibility of prion-like disease following vaccination. We have already shown that the mRNA in the vaccine ends up in high concentrations in the liver and spleen, two organs that are well connected to the vagus nerve. The cationic lipids in the vaccine create an acidic pH conducive to misfolding, and they also induce a strong inflammatory response, another predisposing condition.

Germinal centers are structures within the spleen and other secondary lymphoid organs where follicular dendritic cells present antigens to Bcells, which in turn perfect their antibody response. Researchers have shown that mRNA vaccines, in contrast with recombinant protein vaccines, elicit a robust development of neutralizing antibodies at these germinal centers in the spleen (Lederer et al., 2020). However, this also means that mRNA vaccines induce an ideal situation for prion formation from the spike protein, and its transport via exosomes along the vagus nerve to the brain.

Studies have shown that prion spread from one animal to another first appears in the lymphoid tissues, particularly the spleen. Differentiated follicular dendritic cells are central to the process, as they accumulate misfolded prion proteins (Al-Dybiat et al., 2019). An inflammatory response upregulates synthesis of α-synuclein in these dendritic cells, increasing the risk of prion formation. Prions that accumulate in the cytoplasm are packaged up into lipid bodies that are released as exosomes (Liu et al., 2017). These exosomes eventually travel to the brain, causing disease.

2. Vaccine Shedding

There has been considerable chatter on the Internet about the possibility of vaccinated people causing disease in unvaccinated people in close proximity. While this may seem hard to believe, there is a plausible process by which it could occur through the release of exosomes from dendritic cells in the spleen containing misfolded spike proteins, in complex with other prion reconformed proteins. These exosomes can travel to distant places. It is not impossible to imagine that they are being released from the lungs and inhaled by a nearby person. Extracellular vesicles, including exosomes, have been detected in sputum, mucus, epithelial lining fluid, and bronchoalveolar lavage fluid in association with respiratory diseases (Lucchetti et al., 2021).

A Phase 1/2/3 study undertaken by BioNTech on the Pfizer mRNA vaccine implied in their study protocol that they anticipated the possibility of secondary exposure to the vaccine (BioNTech, 2020). The protocol included the requirement that “exposure during pregnancy” should be reported by the study participants. They then gave examples of “environmental exposure during pregnancy” which included exposure “to the study intervention by inhalation or skin contact.” They even suggested two levels of indirect exposure: “A male family member or healthcare provider who has been exposed to the study intervention by inhalation or skin contact then exposes his female partner prior to or around the time of conception.”

Emergence of Novel Variants of SARS-CoV-2

An interesting hypothesis has been proposed in a paper published in Nature, which described a case of serious COVID-19 disease in a cancer patient who was taking immune-suppressing cancer chemotherapy drugs (Kemp et al., 2021). The patient survived for 101 days after admission to the hospital, finally succumbing in the battle against the virus. The patient constantly shed viruses over the entire 101 days, and therefore he was moved to a negative-pressure high air-change infectious disease isolation room, to prevent contagious spread.

During the course of the hospital stay, the patient was treated with Remdesivir and subsequently with two rounds of antibody-containing plasma taken from individuals who had recovered from COVID-19 (convalescent plasma). It was only after the plasma treatments that the virus began to rapidly mutate, and a dominant new strain eventually emerged, verified from samples taken from the nose and throat of the patient. An immune-compromised patient offers little support from cytotoxic T cells to clear the virus.

An in vitro experiment demonstrated that this mutant strain had reduced sensitivity to multiple units of convalescent plasma taken from several recovered patients. The authors proposed that the administered antibodies had actually accelerated the mutation rate in the virus, because the patient was unable to fully clear the virus due to their weak immune response. This allowed a “survival of the fittest” program to set in, ultimately populating the patient’s body with a novel antibody-resistant strain. Prolonged viral replication in this patient led to “viral immune escape,” and similar resistant strains could potentially spread very quickly within an exposed population (Kemp et al., 2021). Indeed, a similar process might plausibly be at work to produce the highly contagious new strains that are now appearing in the United Kingdom, South Africa and Brazil.

There are at least two concerns that we have regarding this experiment, in relation to the mRNA vaccines. The first is that, via continued infection of immune-compromised patients, we can expect continued emergence of more novel strains that are resistant to the antibodies induced by the vaccine, such that the vaccine may quickly become obsolete, and there may well be demands for the population to undergo another mass vaccination campaign. Already a published study by researchers from Pfizer has shown that vaccine effectiveness is reduced for many of these variant strains. The vaccine was only 2/3 as effective against the South African strain as against the original strain (Liu et al., 2021).

The second more ominous consideration is to ponder what will happen with an immune-compromised patient following vaccination. It is conceivable that they will respond to the vaccine by producing antibodies, but those antibodies will be unable to contain the disease following exposure to COVID-19 due to impaired function of cytotoxic T cells. This scenario is not much different from the administration of convalescent plasma to immune-compromised patients, and so it might engender the evolution of antibody-resistant strains in the same way, only on a much grander scale. This possibility will surely be used to argue for repeated rounds of vaccines every few months, with increasing numbers of viral variants coded into the vaccines. This is an arms race that we will probably lose.

Potential for Permanent Incorporation of Spike Protein Gene into human DNA

It has been claimed that mRNA-based vaccines are safer than DNA-vectored vaccines that work by incorporating the genetic code for the target antigenic protein into a DNA virus, because the RNA cannot become inadvertently incorporated into the human genome. However, it is not at all clear that this is true. The classic model of DNA → RNA → protein is now known to be false. It is now indisputable that there is a large class of viruses called retroviruses that carry genes that reverse transcribe RNA back into complementary DNA (cDNA). In 1975, Howard Temin, Renato Dulbecco, and David Baltimore shared the Nobel Prize in Physiology or Medicine in 1975 for their discovery of reverse transcriptase and its synthesis by retroviruses (such as human immunodeficiency virus (HIV)) to derive DNA from RNA (Temin and Mizutani, 1970, Baltimore, 1970).

Much later, it was discovered that reverse transcriptase is not unique to retroviruses. More than a third of the human genome is devoted to mysterious mobile DNA elements called SINEs and LINEs (short and long interspersed nuclear elements, respectively). LINEs provide reverse transcriptase capabilities to convert RNA into DNA, and SINEs provide support for integrating the DNA into the genome. Thus, these elements provide the tools needed toconvert RNA into DNA and incorporate it into the genome so as to maintain the new gene through future generations (Weiner, 2002).

SINEs and LINEs are members of a larger class of genetic elements called retrotransposons. Retrotransposons can copy and paste their DNA to a new site in the genome via an RNA intermediate, while possibly introducing genetic alterations in the process (Pray, 2008). Retrotransposons, also known as “jumping genes,” were first identified by the geneticist Barbara McClintock of Cold Spring Harbor Laboratory in New York, over 50 years ago (McClintock, 1965). Much later, in 1983, she was recognized with a Nobel prize for this work.

Remarkably, retrotransposons seem to be able to expand their domain from generation to generation. LINEs and SINEs collaborate to invade new genomic sites through translation of their DNA to RNA and back to a fresh copy of DNA, which is then inserted at an AT-rich region of the genome. These LINEs and SINEs had long been considered to be “junk” DNA, an absurd idea that has now been dispelled, as awareness of their critical functions has grown. In particular, it has now become clear that they can also import RNA from an exogenous source into a mammalian host’s DNA. Retroviral-like repeat elements found in the mouse genome called intracisternal A particles (IAPs) have been shown to be capable of incorporating viral RNA into the mouse genome. Recombination between an exogenous nonretroviral RNA virus and an IAP retrotansposon resulted in reverse transcription of the viral RNA and integration into the host’s genome (Geuking et al., 2009).

Furthermore, as we shall see later, the mRNA in the new SARS-CoV-2 vaccines could also get passed on from generation to generation, with the help of LINEs expressed in sperm, via non-integrated cDNA encapsulated in plasmids. The implications of this predictable phenomenon are unclear, but potentially far-reaching.

1. Exogenous and Endogenous Retroviruses

There is also a concern that the RNA in the mRNA vaccines could be transferred into the human genome with assistance from retroviruses. Retroviruses are a class of viruses that maintain their genomic information in the form of RNA, but that possess the enzymes needed to reverse transcribe their RNA into DNA and insert it into a host genome. They then rely on existing natural tools from the host to produce copies of the virus through translation of DNA back into RNA and to produce the proteins that the viral RNA codes for and assemble them into a fresh viral particle (Lesbats et al., 2016).

Human endogenous retroviruses (HERVs) are benign sections in the DNA of humans that closely resemble retroviruses, and that are believed to have become permanent sequences in the human genome through a process of integration from what was originally an exogenous retrovirus. Endogenous retroviruses are abundant in all jawed vertebrates and are estimated to occupy 5-8% of the human genome. The protein syncytin, which has become essential for placental fusion with the uterine wall and for the fusion step between the sperm and the egg at fertilization, is a good example of an endogenous retroviral protein. Syncytin is the envelope gene of a recently identified human endogenous defective retrovirus, HERV-W (Mi et al., 2000). During gestation, the fetus expresses high levels of another endogenous retrovirus, HERV-R, and it appears to protect the fetus from immune attack from the mother (Luganini and Gribaudo, 2020). Endogenous retroviral elements closely resemble retrotransposons. Their reverse transcriptase, when expressed, has the theoretical capability to convert spike protein RNA from the mRNA vaccines into DNA.

2. Permanent DNA integration of Exogenous Retrovirus Genes

Humans are colonized by a large collection of exogenous retroviruses that in many casescause no harm to the host, and may even be symbiotic (Luganini and Gribaudo, 2020). Exogenous viruses can be converted to endogenous viruses (permanently incorporated into host DNA) in the laboratory, as demonstrated by Rudolf Jaenisch (Jaenisch, 1976), who infected preimplantation mouse embryos with the Moloney murine leukemia virus (M-MuLV). The mice generated from these infected embryos developed leukemia, and the viral DNA was integrated into their germ line and transmitted to their offspring. Besides the incorporation of viral DNA into the host genome, it was also shown as early as 1980 that DNA plasmids could be microinjected into the nuclei of mouse embryos to produce transgenic mice that breed true (Gordon et al., 1980). The plasmid DNA was incorporated into the nuclear genome of the mice through existing natural processes, thus preserving the newly acquired genetic information in the offspring’s genome. This discovery has been the basis for many genetic engineering experiments on transgenic mice engineered to express newly acquired human genes since then (Bouabe and Okkenhaug, 2013).

3. LINE-1 is Widely Expressed

LINEs alone make up over 20% of the human genome. The most common LINE is LINE-1, which encodes a reverse transcriptase that regulates fundamental biological processes. LINE-1 is expressed in many cell types, but at especially high levels in sperm. Sperm cells can be used as vectors of both exogenous DNA and exogenous RNA molecules through sperm-mediated gene transfer assays. Sperm can reverse transcribe exogenous RNA directly into cDNA and can deliver plasmids packaging up this cDNA to the fertilized egg. These plasmids are able to propagate themselves within the developing embryo and to populate many tissues in the fetus. In fact, they survive into adulthood as extrachromosomal structures and are capable of being passed on to progeny. These plasmids are transcriptionally competent, meaning that they can be used to synthesize proteins encoded by the DNA they contain (Pittoggi et al., 2006).

In addition to sperm, embryos also express reverse transcriptase prior to implantation, and its inhibition causes developmental arrest. LINE-1 is also expressed by cancer cells, and RNA interference-mediated silencing of human LINE-1 induces differentiation in many cancer cell lines. Reverse-transcriptase machinery is implicated in the genesis of new genetic information, both in cancer cells and in germ cells. Many tumor tissues have been found to express high levels of LINE-1, and to contain many extrachromosomal plasmids in their nucleus. Malignant gliomas are the primary tumors of the central nervous system. It has been shown experimentally that these tumors release exosomes containing DNA, RNA and proteins, that end up in the general circulation (Vaidya and Sugaya, 2020). LINE-1 is also highly expressed in immune cells in several autoimmune diseases such as systemic lupus erythematosus, Sjögrens and psoriasis (Zhang et al., 2020).

4. Integrating Spike Protein Gene into Human Genome

Remarkably, it has been demonstrated that neurons from the brain of Alzheimer’s patients harbor multiple variants of the gene for amyloid precursor protein APP, incorporated into the genome, which are created through a process called somatic gene recombination (SGR) (Kaeser et al., 2020). SGR requires gene transcription, DNA strand-breaks, and reverse transcriptase activity, all of which may be promoted by well-known Alzheimer’s disease risk factors. The DNA coding for APP is reverse transcribed into RNA and then transcribed back into DNA and incorporated into the genome at a strand break site. Since RNA is more susceptible to mutations, the DNA in these mosaic copies contains many mutant variants of the gene, so the cell becomes a mosaic, capable of producing multiple variants of APP. Neurons from Alzheimer’s patients contained as many as 500 million base pairs of excess DNA in their chromosomes (Bushman et al., 2015).

Researchers from MIT and Harvard published a disturbing paper in 2021, where they provided strong evidence that the SARS-CoV-2 RNA can be reverse transcribed into DNA and integrated into human DNA (Zhang et al., 2021). They were led to investigate this idea after having observed that many patients continue to test positive for COVID-19 after the virus has already been cleared from their body. The authors found chimeric transcripts that contained viral DNA sequences fused to cellular DNA sequences in patients who had recovered from COVID-19. Since COVID-19 often induces a cytokine storm in severe cases, they confirmed the possibility of enhanced reverse transcriptase activity through an in vitro study using cytokine-containing conditioned media in cell cultures. They found a 2-3-fold upregulation of endogenous LINE-1 expression in response to cytokines. The exogenous RNA from the virus incorporated into human DNA could produce fragments of viral proteins indefinitely after the infection has been cleared, and this yields a false-positive on a PCR test.

5. Bovine Viral Diarrhea: A Disturbing Model

Bovine Viral Diarrhea (BVD) is an infectious viral disease that affects cattle throughout the world. It is a member of the class of pestiviruses, which are small, spherical, single-stranded, enveloped RNA viruses. The disease is associated with gastrointestinal, respiratory and reproductive diseases. A unique characteristic of BVD is that the virus can cross the placenta of an infected pregnant dam. This can result in the birth of a calf which carries intra-cellular viral particles which it mistakes as `self.’ Its immune system refuses to recognize the virus as a foreign invasion, and, as a result, the calf sheds the virus in large quantities throughout its life, potentially infecting the entire herd. It has become a widespread practice to identify such carrier calves and cull them from the herd in an attempt to curtail infection (Khodakaram-Tafti & Farjanikish, 2017).

It seems plausible that a dangerous situation may arise in the future where a woman receives an mRNA vaccine for SARS-CoV-2 and then conceives a child shortly thereafter. The sperm would be free to take up RNA-embedded liposomes from the vaccine and convert them to DNA using LINE-1. They would then produce plasmids containing the code for the spike protein which would be taken up by the fertilized egg through the process described above. The infant that is born is then potentially unable to mount antibodies to the spike protein because their immune system considers it to be `self.’ Should that infant get infected with SARS-CoV-2 at any time in its lifespan, its immune system would not mount a defense against the virus, and the virus would presumably be free to multiply in the infant’s body without restraint. The infant would logically become a super-spreader in such a situation. Admittedly, this is speculation at this time, but there is evidence from what we know about retrotransposons, sperm, fertilization, the immune system and viruses, that such a scenario cannot be ruled out. It has already been demonstrated in mouse experiments that the genetic elements in DNA vector vaccines, which are essentially plasmids, can integrate into the host genome (Wang et al., 2004). In fact, such a process has been suggested as a basis for Lamarckian evolution defined as the inheritance of acquired traits (Steele, 1980).

The realization that what was formerly called “junk DNA” is not junk, is just one of the results coming out of the new philosophical paradigm in human language, biology and genetics that is based on fractal genomics (Pellionisz, 2012) — a paradigm that Pellionisz has linked to the involvement of « true narrative representations » (TNRs; Oller, 2010), realized as “iterations of a fractal template” in the highly repetitive processes of normal development of the many branching structures of the human body. These processes are numerous in the lungs, kidneys, veins and arteries, and most importantly in the brain. The mRNA vaccines are an experimental gene therapy with the potential to incorporate the code for the SARS-CoV-2 spike protein into human DNA. This DNA code could instruct the synthesis of large numbers of copies of proteinaceous infectious particles, and this has the potential to insert multiple false signals into the unfolding narrative, resulting in unpredictable outcomes.

Conclusion

Experimental mRNA vaccines have been heralded as having the potential for great benefits, but they also harbor the possibility of potentially tragic andeven catastrophic unforeseen consequences. The mRNA vaccines against SARS-CoV-2 have been implemented with great fanfare, but there are many aspects of their widespread utilization that merit concern. We have reviewed some, but not all, of those concerns here, and we want to emphasize that these concerns are potentially serious and might not be evident for years or even transgenerationally. In order to adequately rule out the adverse potentialities described in this paper, we recommend, at a minimum, that the following research and surveillance practices be adopted:

• A national effort to collect detailed data on adverse events associated with the mRNA vaccines with abundant funding allocation, tracked well beyond the first couple of weeks after vaccination.
• Repeated autoantibody testing of the vaccine-recipient population. The autoantibodies tested could be standardized and should be based upon previously documented antibodies and autoantibodies potentially elicited by the spike protein. These include autoantibodies against phospholipids, collagen, actin, thyroperoxidase (TPO), myelin basic protein, tissue transglutaminase, and perhaps others.
• Immunological profiling related to cytokine balance and related biological effects. Tests should include, at a minimum, IL-6, INF-α, D-dimer, fibrinogen, and C-reactive protein.
• Studies comparing populations who were vaccinated with the mRNA vaccines and those who were not to confirm the expected decreased infection rate and milder symptoms of the vaccinated group, whileat the same time comparing the rates of various autoimmune diseases and prion diseases in the same two populations.
• Studies to assess whether it is possible for an unvaccinated person to acquire vaccine-specific forms of the spike proteins from a vaccinated person in close proximity.
• In vitro studies to assess whether the mRNA nanoparticles can be taken up by sperm and converted into cDNA plasmids.
• Animal studies to determine whether vaccination shortly before conception can result in offspring carrying spike-protein-encoding plasmids in their tissues, possibly integrated into their genome.
• In vitro studies aimed to better understand the toxicity of the spike protein to the brain, heart, testes, etc.

Public policy around mass vaccination has generally proceeded on the assumption that the risk/benefit ratio for the novel mRNA vaccines is a “slam dunk.” With the massive vaccination campaign well under way in response to the declared international emergency of COVID-19, we have rushed into vaccine experiments on a world-wide scale. At the very least, we should take advantage of the data that are available from these experiments to learn more about this new and previously untested technology. And, in the future, we urge governments to proceed with more caution in the face of new biotechnologies.

Finally, as an obvious but tragically ignored suggestion, the government should also be encouraging the population to take safe and affordable steps to boost their immune systems naturally, such as getting out in the sunlight to raise vitamin D levels (Ali, 2020), and eating mainly organic whole foods rather than chemical-laden processed foods (Rico-Campà et al., 2019). Also, eating foods that are good sources of vitamin A, vitamin C and vitamin K2 should be encouraged, as deficiencies in these vitamins are linked to bad outcomes from COVID-19 (Goddek, 2020; Sarohan, 2020)

Acknowledgements

This research was funded in part by Quanta Computers, Inc., Taiwan, under the auspices of the Qmulus project.

Competing interests

The authors have no competing interests or conflicts to declare.

References

Achua, J. K., Chu, K. Y., Ibrahim, E., Khodamoradi, K., Delma, K. S., Ramsamy, R. … Arora, H. (2021). Histopathology and Ultrastructural Findings of Fatal COVID-19 Infections on Testis. The World Journal of Men’s Health 39(1): 65-74. https://doi.org/10.5534/wjmh.200170.

Al-Dybiat, I., Moudjou, M., Martin, D., Reine, F., Herzog, L., Truchet, S., … Sibille, P. (2019) Prion Strain-dependent Tropism is Maintained between Spleen and Granuloma and Relies on Lymphofollicular Structures. Scientific Reports 9: 14656. https://doi.org/10.1038/s41598-019-51084-1

Ali, N. (2020). Role of Vitamin D in Preventing of COVID-19 Infection, Progression and Severity. Journal of Infection and Public Health 13(10): 1373-1380. https://doi.org/10.1016/j.jiph.2020.06.021.

Ansari, B. Rosen, L. B., Lisco, A., Gilden, D., Holland, S. M., Zerbe, C. S., … Cohen, J. I. (2020). Primary and Acquired Immunodeficiencies Associated with Severe Varicella-Zoster Virus Infections. Clinical Infectious Diseases August 28 [Epub ahead of print]. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1274.

Arvin, A. M., Fink, K. Schmid, M. A., Cathcart, A., Spreafico, R., Havenar-Daughton, C. … Virgin, H. W. (2020). A Perspective on Potential Antibody-Dependent Enhancement of SARS-CoV-2. Nature 584(7821): 353-363. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2538-8

Aslam, R., Kapur, R., egel, G. B., Guo, L., Zufferey, A., Ni, H. & Semple, J. W. (2016). The Spleen Dictates Platelet Destruction, Anti-platelet Antibody Production, and Lymphocyte Distribution Patterns in a Murine Model of Immune Thrombocytopenia. Experimental Hematology 44(10): 924-930. https://doi.org/10.1016/j.exphem.2016.07.004.

Baden, L. R., El Sahly, H. M., Essink, B.,Kotloff, K., Frey, S., Novak, R. … Zaks, T. (2021). Efficacy and Safety of the mRNA-1273 SARS-CoV-2 Vaccine. The New England Journal of Medicine 384: 403-416. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2035389.

Bahl, K., Senn, J. J., Yuzhakov, O., Bulychev, A., Brito, L. A., Hassett, K. J. … Ciaramella, G. (2017). Preclinical and Clinical Demonstration of Immunogenicity by mRNA Vaccines against H10N8 and H7N9 Influenza Viruses. Molecular Therapy 25(6): 1316-1327. http://dx.doi.org/10.1016/j.ymthe.2017.03.035.

Baker, A. N., Richards,S.-J., Guy, C. S., Congdon, T. R., Hasan, M., Zwetsloot, A. J., … Gibson, M. I. (2020). The SARS-COV-2 Spike Protein Binds Sialic Acids and Enables Rapid Detection in a Lateral Flow Point of Care Diagnostic Device. ACS Central Science 6(11): 2046-2052. https://doi.org/10.1021/acscentsci.0c00855.

Baltimore, D. (1970). Viral RNA-dependent DNA Polymerase: RNA-dependent DNA Polymerase in visions of RNA Tumor Viruses. Nature 226(5252): 1209-1211. https://doi.org/10.1038/2261209a0.

Bardina, S. V., Bunduc, P., Tripathi, S., Duehr, J., Frere, J. J., Brown, J. A. … Lim, J. K. (2017). Enhancementof Zika Virus Pathogenesis by Preexisting Antiflavivirus Immunity. Science 356(6334): 175-180. https://doi.org/10.1126/science.aal4365.

Beltramello, M., Williams, K. L., Simmons, C. P., Macagno, A., Simonelli, L., Ha Quyen, N. T. … Sallusto, F. (2010). The Human Immune Response to Dengue Virus is Dominated by Highly Cross-Reactive Antibodies Endowed with Neutralizing and Enhancing Activity. Cell Host Microbe 8(3): 271-83. https://doi.org/10.1016/j.chom.2010.08.007.

Bertin, D., Brodovitch, A., Beziane, A., Hug, S., Bouamri, A., Mege, J. L. … Bardin, N. (2020). Anticardiolipin IgG Autoantibody Level Is an Independent Risk Factor for COVID‐19 Severity.Arthritis & Rheumatology,72(11), 1953-1955. https://doi.org/10.1002/art.41409.

Bhattacharjee, S. & Banerjee, M. (2020). Immune Thrombocytopenia Secondary to COVID-19: a Systematic Review SN Comprehensive Clinical Medicine 2: 2048-2058. https://doi.org/10.1007/s42399-020-00521-8.

BioNTech (2020). A Phase 1/2/3, Placebo-Controlled, Randomized, Observer-Blind, Dose-Finding Study to Evaluate the Safety, Tolerability, Immunogenicity, and Efficacy of Sars-CoV-2 RNA Vaccine Candidates against COVID-19 in Healthy Individuals. PF-07302048 (BNT162 RNA-Based COVID-19 Vaccines) Protocol C4591001. November. https://media.tghn.org/medialibrary/2020/11/C4591001_Clinical_Protocol_Nov2020_Pfizer_BioNTech.pdf.

Blumenthal, K. G., Robinson, L. B., Camargo, C. Jr., Shenoy, E. S., Banerji, A., Landman, A. B., Wickner, P. (2021) Acute Allergic Reactions to mRNA COVID-19 Vaccines. Journal of the American Medical Association 325(15):1562-1565. https://doi.org/10.1001/jama.2021.3976.

Bonsell, D. (2021, January 10). Largest Multi-Site Distribution Complex in Defense Department Delivers for Operation Warp. Defense Logistics Agency. Retrieved January 27, 2021, from https://www.dla.mil/AboutDLA/News/NewsArticleView/Article/2467282/largest-warehouse-in-defense-department-delivers-for-operation-warp-speed/

Bouabe, H. & Okkenhaug, K. (2013). Gene Targeting in Mice: a Review. Methods in Molecular Biology 2013; 1064: 315-336. https://doi.org/10.1007/978-1-62703-601-6_23.

Brown, R. B. (2021) Outcome Reporting Bias in COVID-19 mRNA Vaccine Clinical Trials.Medicina (Kaunas) 57(3): 199. https://www.doi.org/10.3390/medicina57030199.

Buonsenso, D., Riitano, F., & Valentini, P. (2020). Pediatric Inflammatory Multisystem Syndrome Temporally Related with SARS-CoV-2: Immunological Similarities with Acute Rheumatic Fever and Toxic Shock Syndrome.Frontiers in Pediatrics8: 574. https://doi.org/10.3389/fped.2020.00574.

Bushman, D. M., Kaeser, G. E., Siddoway, B., Westra, J. W., Rivera, R. R., Rehen, S. K. … Chun, J. (2015). Genomic Mosaicism with Increased Amyloid Precursor Protein (APP) Gene Copy Number in Single Neurons from Sporadic Alzheimers Disease Brains. eLife 4: e05116. https://doi.org/10.7554/eLife.05116.

Buzhdygana, T. P., DeOrec, B. J., Baldwin-Leclair, A., Bullock, T. A., McGary, H. M…. Ramirez, S. H. (2020). The SARS-CoV-2 Spike Protein Alters Barrier Function in 2D Static and 3D Microfluidic in-Vitro Models of the Human Blood-Brain Barrier. Neurobiology of Disease 146: 105131. https://doi.org/10.1016/j.nbd.2020.105131.

CDC COVID-19 Response Team; Food and Drug Administration (2021, January 15). Allergic Reactions Including Anaphylaxis After Receipt of the First Dose of Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine—United States, December 14–23, 2020. Morbidity and Mortality Weekly Report 70(2): 46. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7002e1.htm.

CDC COVID-19 Response Team; Food and Drug Administration (2021, January 29). Allergic Reactions Including Anaphylaxis After Receipt of the First Dose of Moderna COVID-19 Vaccine-United States. December 21, 2020 –January 10, 2021. MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report 70(4): 125-129. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7004e1.htm.

Campos, J. Slon, L., Mongkolsapaya, J., & Screaton, G. R. (2018). The Immune Response Against Flaviviruses. Nature immunology 19(11): 1189-1198. https://doi.org/10.1038/s41590-018-0210-3.

Carsetti, R., Zaffina, S., Piano Mortari, E., Terreri, S., Corrente, F., Capponi, C., … & Locatelli, F. (2020). Different Innate and Adaptive Immune Responses to SARS-CoV-2 Infection of Asymptomatic, Mild, and Severe Cases.Frontiers in immunology,11, 3365. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.610300/full

Carter, M. J., Fish, M., Jennings, A., Doores, K. J., Wellman, P., Seow, J., … Shankar-Hari, M. (2020). Peripheral Immunophenotypes in Children with Multisystem Inflammatory Syndrome Associated with SARS-CoV-2 Infection.Nature Medicine,26(11), 1701-1707. https://doi.org/10.1038/s41591-020-1054-6.

Centers for Disease Control and Prevention. COVID Data Tracker. https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#vaccinations.Accessed 2/6/21.

Centers for Disease Control and Prevention, Prion Diseases. October 9, 2018. https://www.cdc.gov/prions/index.html.

Centers for Disease Control and Prevention (1990). Vaccine Adverse Events Reporting System [database]. Retrieved February 11, 2021 from https://vaers.hhs.gov/about.html

Chen, W., Yang, B., Li, Z., Wang, P., Chen, Y. & Zhou, H. (2020). Sudden Severe Thrombocytopenia in a Patient in the Recovery Stage of COVID-19. Lancet Haematology 7(8): e624. https://doi.org/10.1016/S2352-3026(20)30175-7.

Cifuentes-Diaz, C., Delaporte, C., Dautréaux,B., Charron, D. & Fardeau, M. (1992) Class II MHC Antigens in Normal Human Skeletal Muscle. Muscle Nerve 15(3): 295-302. https://doi.org/10.1002/mus.880150307.

Classen, J. B. (2021). Review of COVID-19 Vaccines and the Risk of Chronic Adverse Events Including Neurological Degeneration. Journal of Medical-Clinical Research and Reviews 5(4): 1-7. https://foundationforhealthresearch.org/review-of-covid-19-vaccines-and-the-risk-of-chronic-adverse-events/.

Corbett, K. S., Edwards, D.K., Leist, S. R., Abiona, O. M., Boyoglu-Barnum, S., Gillespie, R. A. … Graham, B. S. (2020) SARS-CoV-2 mRNA Vaccine Design Enabled by Prototype Pathogen Preparedness. Nature 586(7830): 567-571. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2622-0.

Danielsson, R. & Eriksson, H. (2021, January 7). Aluminium Adjuvants in Vaccines –A Way to Modulate the Immune Response. Seminars in Cell & Developmental Biology. (Epub ahead of print) https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2020.12.008.

Decock, M, Stanga, S., Octave, J.-N., Dewachter, I., Smith, S. O., Constantinescu, S. N., and Kienlen-Campard, P. (2016). Glycines from the APP GXXXG/GXXXA Trans-membrane Motifs Promote Formation of Pathogenic A Oligomers in Cells. Frontiers in Aging Neuroscience 8: 107. https://doi.org/10.3389/fnagi.2016.00107.

Dicks, M. D. J., Spencer, A. J., Edwards, N. J., Wadell, G., Bojang, %K., Gilbert, S.C., … Cottingham, M. G. (2012). A Novel Chimpanzee Adenovirus Vector with Low Human Seroprevalence: Improved Systems for Vector Derivation and Comparative Immunogenicity. PLoS ONE 7(7): e40385. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0040385.

Doshi, P. (2020). Will COVID-19 Vaccines Save Lives? Current Trials Aren’t Designed to Tell Us. BMJ 371: m4037. https://doi.org/10.1136/bmj.m4037.

Doshi, P. (2021a). Peter Doshi: Pfizer and Moderna’s “95% effective” vaccines—we need more details and the raw data. BMJ blog. Accessed 02/20/2021. https://blogs.bmj.com/bmj/2021/01/04/peter-doshi-pfizer-and-modernas-95-effective-vaccines-we-need-more-details-and-the-raw-data/

Doshi, P. (2021b). Clarification: Pfizer and Moderna’s “95% effective” Vaccines –We Need More Details and the Raw Data. BMJ blog. Accessed 02/20/21. https://blogs.bmj.com/bmj/2021/02/05/clarification-pfizer-and-modernas-95-effective-vaccines-we-need-more-details-and-the-raw-data/

Ehrenfeld, M., Tincani, A., Andreoli, L., Cattalini, M., Greenbaum, A., Kanduc, D. … Shoenfeld, Y. (2020). COVID-19 and Autoimmunity. Autoimmunity Reviews 19(8): 102597. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7289100/

EMA Public Assessment Report on Pfizer-BioNTech Vaccine. (2020). Accessed 5/2/21. https://www.documentcloud.org/documents/20516010-ema-assessment-report-12-21-2020#document/p35/a2023027

Eroshenko, N., Gill, T., Keaveney, M. K., Church, G. M., Trevejo, J. M. & Rajaniemi, H. (2020). Implications of Antibody-dependent Enhancement of Infection for SARS-CoV-2 Countermeasures. Nature Biotechnology 38(7): 789-791. https://doi.org/10.1038/s41587-020-0577-1.

European Medicines Agency. Committee for Medicinal Products for Human Use (CHMP) Assessment report. COVID-19 Vaccine Moderna. Common name: COVID-19 mRNA Vaccine (nucleoside-modified) Procedure. No. EMEA/H/C/005791/0000. March 11 2021. p. 47. https://www.ema.europa.eu/en/documents/assessment-report/covid-19-vaccine-moderna-epar-public-assessment-report_en.pdf

Firdessa-Fite, R. & Creusot, R. J. (2020). Nanoparticles versus Dendritic Cells as Vehicles to Deliver mRNA Encoding Multiple Epitopes for Immunotherapy. Molecular Therapy: Methods & Clinical Development 16: 50-62. https://doi.org/10.1016/j.omtm.2019.10.015.

Franke, C., Ferse, C., Kreye, J., Reincke, S. M., Sanchez-Sendin, E., Rocco, A., … & Pruess, H. (2021). High Frequency of Cerebrospinal Fluid Autoantibodies in COVID-19 Patients with Neurological Symptoms.Brain, Behavior, and Immunity 93: 415-419. https://doi.org/10.1016/j.bbi.2020.12.022.

Fujiwara, Y., Wada, K. & Kabuta, T. (2017). Lysosomal Degradation of Intracellular Nucleic Acids –Multiple Autophagic Pathways. The Journal of Biochemistry 161(2): 145-154. https://doi.org/10.1093/jb/mvw085.

Furer, V., Zisman, D., Kibari, A., Rimar, D., Paran, Y., & Elkayam, O. (2021). Herpes zoster Following BNT162b2 mRNA Covid-19 Vaccination in Patients with Autoimmune Inflammatory Rheumatic Diseases: a Case Series. Rheumatology keab345. April 12 [Epub ahead of print] https://doi.org/10.1093/rheumatology/keab345.

Galeotti, C., & Bayry, J. (2020). Autoimmune and Inflammatory Diseases Following COVID-19.Nature Reviews Rheumatology,16(8), 413-414. https://doi.org/10.1038/s41584-020-0448-7.

Gallie, D.R., (1991) The Cap and Poly(A) Tail Function Synergistically to Regulate mRNA Translational Efficiency. Genes & Development 5: 2108–2116. https://doi.org/10.1101/gad.5.11.2108.

Ganson, N. J., Povsic, T. J., Sullenger, B. A., Alexander, J. H., Zelenkofske, S. L., … Hershfield, M. S. (2016). Pre-existing Anti–Polyethylene Glycol Antibody Linked to First-Exposure Allergic Reactions to Pegnivacogin, A PEGylated RNA Aptamer. Journal of Allergy and Clinical Immunology 137(5): 1610-1613. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2015.10.034.

Garvey, L. H., & Nasser, S. (2020, December 17) Allergic Reactions to the First COVID-19 Vaccine: is Polyethylene Glycol (PEG) the Culprit? British Journal of Anaesthesia. Epub ahead of print. https://doi.org/10.1016/j.bja.2020.12.020.

Gao, Z., Xu, Y., Sun, C., Wang, X., Guo, Y., Qiu, S., & Ma, K. (2020). A systematic review of asymptomatic infections with COVID-19.Journal of Microbiology, Immunology and Infection 54(1): 12-16. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1684118220301134.

Gao, Z. W., Zhang, H. Z., Liu, C., & Dong, K. (2021). Autoantibodies in COVID-19: Frequency and Function. Autoimmune Reviews 20(3): 102754. https://doi.org/10.1016/j.autrev.2021.102754.

Geuking, M. B., Weber, J., Dewannieux, M., Gorelik, E., Heidmann, T., Hengartner, H., … Hangartner, L. (2009). Recombination of Retrotransposon and Exogenous RNA Virus Results in Nonretroviral cDNA Integration. Science 323(5912): 393-6. https://doi.org/10.1126/science.1167375.

Goddek, S. (2020). Vitamin D3 and K2 and Their Potential Contribution to Reducing the COVID-19 Mortality Rate. International Journal of Infectious Diseases 99: 286-290. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.07.080.

Gordon, J. W., Scangos, G. A., Plotkin, D. J., Barbosa, J. A. & Ruddle, F.H. (1980). Genetic Transformation of Mouse Embryos by Microinjection of Purified DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences USA.77: 7380-84. https://doi.org/10.1073/pnas.77.12.7380.

Grady, D. & Mazzei, P. (2021). Doctor’s Death After COVID Vaccine Is Being Investigated. New York Times Jan. 12. https://www.nytimes.com/2021/01/12/health/covid-vaccine-death.html.

Grady, D. (2021). A Few Covid Vaccine Recipients Developed a Rare Blood Disorder. New York Times Feb. 8. https://www.nytimes.com/2021/02/08/health/immune-thrombocytopenia-covid-vaccine-blood.html.

Haidere, M. F., Ratan, Z. A., Nowroz, S., Zaman, S. B., Jung, Y. J., Hosseinzadeh, H., & Cho, J. Y. (2021). COVID-19 Vaccine: CriticalQuestions with Complicated Answers. Biomolecules & therapeutics, 29(1), 1. https://doi.org/10.4062/biomolther.2020.178.

Hamad, I., Hunter, A. C., Szebeni, J. & Moghimi, S. M. (2008). Poly (Ethylene Glycol)s Generate Complement Activation Products in Human Serum through Increased Alternative Pathway Turnover and a MASP-2-Dependent Process. Molecular immunology 46(2): 225-232. https://doi.org/10.1016/j.molimm.2008.08.276.

Hawkes, R. A. (1964). Enhancement of the Infectivity of Arboviruses by Specific Antisera Produced in Domestic Fowls. Australian Journal of Experimental Biology and Medical Science 42(4): 465-482. https://doi.org/10.1038/icb.1964.44.

Ho, W., Gao, M.,Li, F., Li, J., Zhang, X.-Q. & Xu, X. (2021, January 18). Next‐Generation Vaccines: Nanoparticle‐Mediated DNA and mRNA Delivery. Advanced Healthcare Materials 10(8): e2001812. https://doi.org/10.1002/adhm.202001812.

Hong, L., Wang, Z., Wei, X., Shi, J. & Li, C. (2020). Antibodies Against Polyethylene Glycol in Human Blood: A Literature Review. Journal of Pharmacological and Toxicological Methods 102: 106678. https://doi.org/10.1016/j.vascn.2020.106678.

Hubert, B. Reverse Engineering the source code of the BioNTech/Pfizer SARS-CoV-2 Vaccine. Dec. 25, 2020. https://berthub.eu/articles/posts/reverse-engineering-source-code-of-the-biontech-pfizer-vaccine/

Idrees D, Kumar V. SARS-CoV-2 spike protein interactions with amyloidogenic proteins: Potential clues to Neurodegeneration. Biochemical and Biophysical Re-search Com-munications. 2021; 554: 94-98. https://www.doi.org/10.1016/j.bbrc.2021.03.100.

Jackson, L. A., Anderson, E. J., Rouphael, N. G., Roberts, P. C., Makhene, M., Coler, R. N. … Beigel, J. H. (2020). An mRNA Vaccine against SARS-CoV-2 Preliminary Report. The New England Journal of Medicine 383: 1920-31. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2022483.

Jacobs, J. & Armstrong, D. (2020, April 29) Trump’s `Operation Warp Speed’ Aims to Rush Coronavirus Vaccine Bloomberg. Retreived February 11 from https://www.bloomberg.com/news/articles/2020-04-29/trump-s-operation-warp-speed-aims-to-rush-coronavirus-vaccine.

Jaenisch R. (1976). Germ Line Integration and Mendelian Transmission of the Exogenous Moloney Leukemia Virus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 73: 1260-1264. https://doi.org/10.1073/pnas.73.4.1260.

Jansen, A. J. G., Spaan, T., Low, H. Z., Di Iorio D., van den Brand, J., Malte Tieke, M., … van der Vries, E. (2020). Influenza-Induced Thrombocytopenia is Dependent on the Subtype and Sialoglycan Receptor and Increases with Virus Pathogenicity. Blood Advances 4(13): 2967-2978. https://doi.org/10.1182/bloodadvances.2020001640.

Jiang, Y., Arase, N., Kohyama, M., Hirayasu,K., Suenaga, T., Jin, H., … Hisashi Arase , H. (2013) Transport of Misfolded Endoplasmic Reticulum Proteins to the Cell Surface by MHC Class II Molecules. International Immunology 25(4): 235-246. https://doi.org/10.1093/intimm/dxs155

Kaeser, G. E. & Chun, J. (2020). Mosaic Somatic Gene Recombination as a Potentially Unifying Hypothesis for Alzheimers Disease. Frontiers in Genetics 11: 390. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00390.

Kakarla, R., Hur, J., Kim, Y. J., Kim, J., and Chwae, Y.-J. (2020). Apoptotic Cell-derived Exosomes: Messages from Dying Cells. Experimental & Molecular Medicine 52: 16 https://www.doi.org/10.1038/s12276-019-0362-8.

Karikó, K., Muramatsu, H., Welsh, F. A., Ludwig, J., Kato, H., Akira, S. & Weissman, D. (2008). Incorporation of Pseudouridine Into mRNA Yields Superior Nonimmunogenic Vector With Increased Translational Capacity and International Journal of Vaccine Theory, Practice, and Research2(1), May 10, 2021 Page | 73Biological Stability. Molecular Therapy 16(11): 1833-1840. https://doi.org/10.1038/mt.2008.200.

Kelso, J. M. (2021) Anaphylactic Reactions to Novel mRNA SARS-CoV-2/COVID-19 Vaccines. Vaccine 39(6): 865–867. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2020.12.084.

Kemp, S. A., Collier, D. A. Datir, R. P., Ferreira, I. A. T. M. Gayed, S., Jahun, A. … Gupta, R. K. (2021) SARS-CoV-2 Evolution during Treatment of Chronic Infection. Nature 2021 Apr;592(7853):277-282. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03291-y.

Khodakaram-Tafti, A. & Farjanikish, G. H. (2017) Persistent Bovine Viral Diarrhea Virus (BVDV) Infection in Cattle Herds. Iranian Journal of Veterinary Research, Shiraz University 18(3): 154-163. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5674437/.

Kosuri, S. & Church, G. M., Large-Scale de Novo DNA Synthesis: Technologies and Applications. Nature Methods 2014; 11 (5): 499–507. https://doi.org/10.1038/nmeth.2918.

Koupenova, M., Corkrey, H. A., Vitseva, O., Manni, G., Pang, C. J., Clancy, L. … Freedman, J. E. (2019). The Role of Platelets in Mediating a Response to Human Influenza Infection. Nature Communications 2019;10: 1780. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09607-x.

Kozma, G. T., Mészáros, T., Vashegyi, I., Fülöp, T., Örfi, E., Dézsi, L., … Szebeni, J. (2019). Pseudo-anaphylaxis to Polyethylene Glycol (PEG)-Coated Liposomes: Roles of Anti-PEG IgM and Complement Activation in a Porcine Modelof Human Infusion Reactions. ACS Nano 13(8): 9315-9324. https://doi.org/10.1021/acsnano.9b03942.

Ku, C.-C., Chang, Y.-H., Chien, Y., & Lee, T.-L. (2016). Type I Interferon Inhibits Varicella-zoster Virus Replication by Interfering with the Dynamic Interaction between Mediator and IE62 within Replication Compartments. Cell & Bioscience 6: 21. https://doi.org/10.1186/s13578-016-0086-6.

Kuba, K., Imai, Y., Rao, S., Gao, H., Guo, F., Guan, B. … Penninger, J. M. (2005). A Crucial Role of Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2) in SARS Coronavirus-Induced Lung Injury. Natural Medicine 11: 875-879. https://doi.org/10.1038/nm1267.

Kudla, G., Lipinski, L., Caffin, F., Helwak, A., Zylicz, M. (2006) High Guanine and Cytosine Content Increases mRNA Levels in Mammalian Cells. PlOS Biology 4(6): e180. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040180.

Kullaya, V., de Jonge, M. E., Langereis, J. D., van der Gaast-de Jongh, C. E., Büll, C., Adema, G. J. … van der Ven, A. J. (2018). Desialylation of Platelets by Pneumococcal Neuraminidase A Induces ADP-Dependent Platelet Hyperreactivity. Infection and Immunity 86(10): e00213-18. https://doi.org/10.1128/IAI.00213-18.

Lambrecht, B. N., Kool, M., Willart, M. A. M. & Hammad, H. (2009). Mechanism of Action of Clinically Approved Adjuvants. Current opinion in immunology 21.1 (2009): 23-29. https://doi.org/10.1016/j.coi.2009.01.004.

Lazzaro, S., Giovani, C., Mangiavacchi, S., Magini,D., Maione, D., Baudner, B., … Buonsanti, C. (2015). CD8 T-cell Priming upon mRNA Vaccination is Restricted to Bone-marrow-derived Antigen-presenting Cells and May Involve Antigen Transfer from Myocytes.Immunology 146: 312-326. https://doi.org/10.1111/imm.12505.

Michael Klompas, Steve Bernstein, and Harvard Pilgrim Health Care, Inc. 2010. “Electronic Support for Public Health–Vaccine Adverse Event Reporting System (ESP-VAERS).” Rockville, MD: Harvard Pilgrim Health Care, Inc. https://healthit.ahrq.gov/sites/default/files/docs/publication/r18hs017045-lazarus-final-report-2011.pdf.

Lederer, K., Castaño, D., Gómez Atria, D., Oguin T. H., III, Wang, S., Manzoni, T. B., … (2020).SARS-CoV-2 mRNA Vaccines Foster Potent Antigen-Specific Germinal Center Responses Associated with Neutralizing Antibody Generation.Immunity 53: 1281-1295. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2020.11.009.

Lee, S. H., Cha, J. M., Lee, J. I., Joo, K. R., Shin, H. P., Baek, I. H. … Cho, J. L. (2015). Anaphylactic Shock Caused by Ingestion of Polyethylene Glycol. Intestinal research 13(1): 90-94. https://doi.org/10.5217/ir.2015.13.1.90.

Lee, W. S., Wheatley, A. K., Kent, S. J. & DeKosky, B. J. (2020). Antibody-Dependent Enhancement and SARS-CoV-2 Vaccines and Therapies. Nature Microbiology 5(10): 1185-1191. https://doi.org/10.1038/s41564-020-00789-5

Lema Tomé, C. M., Tyson, T., Rey, N. L., Grathwohl, S., Britschgi, M. and Brundin, P. (2013). Inflammation and α-Synuclein Prion-like Behavior in Parkinson’s Disease –Is There a Link? Molecular Neurobiology 47: 561-574. https://www.doi.org/10.1007/s12035-012-8267-8.

Lesbats, P., Engelman, A. N. & Cherepanov, P. (2016). Retroviral DNA Integration. Chemical Reviews 2016 116(20): 12730012757. https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.6b00125.

Liang, J., Zhu, H., Wang, X., Jing, B., Li, Z., Xia, X. … Sun, B. (2020). Adjuvants for Coronavirus Vaccines. Frontiers in Immunology 11: 2896. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.589833.

Lila, A. S., Shimizu, A. T. & Ishida, T. (2018). PEGylation and Anti-PEG Antibodies. Engineering of Biomaterials for Drug Delivery Systems. Woodhead Publishing 51-68. https://doi.org/10.1016/B978-0-08-101750-0.00003-9.

Limanaqi, F., Letizia Busceti, C., Biagioni, F., Lazzeri, G., Forte, M., Schiavon, S. … Fornai, F. (2020). Cell Clearing Systems as Targets of Polyphenols in Viral Infections: Potential Implications for COVID-19 Pathogenesis. Antioxidants 9: 1105. https://doi.org/10.3390/antiox9111105.

Lindsay, K. E., Bhosle, S. M., Zurla, C., Beyersdorf, J., Rogers, K. A., Vanover D. & Xiao, P. (2019). Visualization of Early Events in mRNA Vaccine Delivery in Non-Human Primates via PET–CT and Near-Infrared Imaging. Nature Biomedical Engineering 3: 371-380. https://doi.org/10.1038/s41551-019-0378-3.

Lipp, E., von Felten, A., Sax, H., Mller, D. & Berchtold, P. (1998). Antibodies Against Platelet Glycoproteins and Antiphospholipid Antibodies in Autoimmune Thrombocytopenia. European Journal of Haematology 60(5): 283-8. https://doi.org/10.1111/j.1600-0609.1998.tb01041.x.

Liu, L., Wei, Q., Lin, Q., Fang, J., Wang, H., Kwok, H., … Chen, Z. (2019). Anti–spike IgG Causes Severe Acute Lung Injury by Skewing Macrophage Responses During Acute SARS-CoV Infection. JCI Insight 4(4): e123158. https://doi.org/10.1172/jci.insight.123158.

Liu, M. A. (2019). A Comparison of Plasmid DNA and mRNA as Vaccine Technologies. Vaccines (Basel) 7(2): 37. https://doi.org/10.3390/vaccines7020037.

Liu, S., Hossinger, A., Gbbels, S., and Ina M. Vorberga, I. M. (2017). Prions on the Run: How Extracellular Vesicles Serve as Delivery Vehicles for Self-templating Protein Aggregates. Prion 11(2): 98-112. https://www.doi.org/10.1080/19336896.2017.1306162.

Liu, Y., Liu, J., Xia, H., Zhang, X., Fontes-Garfias, C. R., Swanson, K. A. … Shi, P.-Y. (2021). Neutralizing Activity of BNT162b2-Elicited Serum. N Engl J Med 384: 1466-1468. https://doi.org/10.1056/NEJMc2102017.

Louis, N., Evelegh, C., Graham, F. L. (1997) Cloning and Sequencing of the Cellular-Viral Junctions from the Human Adenovirus Type 5 Transformed 293 Cell Line. Virology 233: 423-429. https://doi.org/10.1006/viro.1997.8597.

Lu, J., Lu, G., Tan, S., Xia, J., Xiong, H., Yu, X. … Lin, J. (2020). A COVID-19 mRNA Vaccine Encoding SARS-CoV-2 Virus-like Particles Induces a Strong Antiviral-like Immune Response in Mice. Cell Research 30: 936-939. https://doi.org/10.1038/s41422-020-00392-7.

Lu, L., Li, J., Moussaoui, M. & Boix, E. (2018). Immune Modulation by Human Secreted RNases at the Extracellular Space. Frontiers in Immunology 9: 1012. https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.01012.

Lu, L. L., Suscovich, T. J., Fortune, S. M. & Alter G. (2018b). Beyond Binding: Antibody Effector Functions in Infectious Diseases. Nature Reviews Immunology18(1): 46-61. https://doi.org/10.1038/nri.2017.106.

Lucchetti, D., Santini, G., Perelli, L., Ricciardi-Tenore, C., Colella, F., Mores, N., … Montuschi, P. (2021). Detection and Characterization of Extracellular Vesicles in Exhaled Breath Condensate and Sputum of COPD and Severe Asthma Patients. European Respiratory Journal Apr 1; 2003024. [Epub ahead of print]. https://www.doi.org/10.1183/13993003.03024-2020.

Luganini, A. & Gribaudo, G. (2020). Retroviruses of the Human Virobiota: The Recycling of Viral Genes and the Resulting Advantages for Human Hosts During Evolution. Frontiers inMicrobiology 11: 1140. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.01140.

Lyons-Weiler, J. (2020). Pathogenic Priming Likely Contributes to Serious and Critical Illness and Mortality in COVID-19 via Autoimmunity. Journal of Translational Autoimmunity 3: 100051. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589909020300186.

Mahose, E. (2021) Covid-19: Booster Dose will be Needed in Autumn to Avoid Winter Surge, Says Government Adviser. BMJ 372: n664. https://doi.org/10.1136/bmj.n664.

Marino, M., Scuderi, F., Provenzano, C. & Bartoccioni, E. (2011) Skeletal Muscle Cells: fromLocal Inflammatory Response to Active Immunity. Gene Therapy 18: 109-116. https://doi.org/10.1038/gt.2010.124.

Matsuno, H., Yudoh, K., Katayama, R., Nakazawa, F., Uzuki, M., Sawai, T., … Kimura, T. (2002). The Role of TNF-αiin the Pathogenesis of Inflammation and Joint Destruction in Rheumatoid Arthritis (RA): a Study Using a Human RA/SCID Mouse Chimera. Rheumatology (Oxford) 41(3): 329-37. https://doi.org/10.1093/rheumatology/41.3.329.

McClintock, B. (1965). Components of Action of the Regulators Spm and Ac. Carnegie Institution of Washington Year Book 64: 527-536. http://repository.cshl.edu/id/eprint/34634/.

McNeil, M. M., Weintraub, E. S., Duffy, J., Sukumaran, L., Jacobsen, S. J., Klein, N. P. … DeStefano, F. (2016). Risk of Anaphylaxis after Vaccination in Children and Adults. The Journal of Allergy and Clinical Immunology 137(3): 868-78. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2015.07.048.

Mehta, N., Sales, R. M., Babagbemi, K., Levy, A. D., McGrath, A. L., Drotman, M. & Dodelzon. K. (2021). Unilateral axillary Adenopathy in the setting of COVID-19 vaccine. Clinical Imaging 75: 12-15. https://doi.org/10.1016/j.clinimag.2021.01.016.

Mi, S., Lee, X., Li, X., Veldman, G. M., Finnerty, H., Racie, L. … McCoy, J. M. (2000). Syncytin is a Captive Retroviral Envelope Protein Involved in Human Placental Morphogenesis. Nature 403(6771): 785-9. https://doi.org/10.1038/35001608.

Moderna. mRNA Platform: Enabling Drug Discovery & Development. 2020. https://www.modernatx.com/mrna-technology/mrna-platform-enabling-drug-discovery-development

Mohamed, M., Lila, A. S., Shimizu, T., Alaaeldin, E., Hussein, A., Sarhan, H. A., Szebeni, J. & Ishida, T. (2019). PEGylated Liposomes: Immunological Responses. Science and Technology of Advanced Materials 20(1): 710-724. https://doi.org/10.1080/14686996.2019.1627174.

Morens, D. M. (1994). Antibody-dependent Enhancement of Infection and the Pathogenesis of Viral Disease. Clinical Infectious Diseases 19(3): 500-512, https://doi.org/10.1093/clinids/19.3.500.

Mueller, B. K., Subramaniam, S., and Senes, A. (2014). A Frequent, GxxxG-mediated, Transmembrane Association Motif is Optimized for the Formation of Interhelical Cα-H Hydrogen Bonds. PNAS E888-E895. Proceedings of the Natural Academy of Sciences USA 111(10): E888-95. https://doi.org/10.1073/pnas.1319944111.

National Institutes of Health (December 11, 2020). NIH-Moderna COVID-19 Vaccine Shows Promising Interim. Results. NIH Record Vol. LXXII, No. 25. Retrieved January 27, 2021 from https://nihrecord.nih.gov/2020/12/11/nih-moderna-covid-19-vaccine-shows-promising-interim-results

Navarra, A., Albani, E., Castellano, S., Arruzzolo L., & Levi-Setti P. E. (2020). Coronavirus Disease-19 Infection: Implications on Male Fertility and Reproduction. Frontiers in Physiology 11: 574761. https://www.doi.org/10.3389/fphys.2020.574761.

Ndeupen, S., Qin, Z., Jacobsen, S., Estanbouli, H., Bouteau, A., & Igyártó, B.Z. (2021) The mRNA-LNP Platform’s Lipid Nanoparticle Component Used in Preclinical Vaccine Studies is Highly Inflammatory. bioRxiv 2021.03.04.430128. https://doi.org/10.1101/2021.03.04.430128.

Norling, K., Bernasconi, V., Hernández, V. A., Parveen, N., Edwards, K., Lycke, N. Y. … Bally. M. (2019). Gel Phase 1,2-Distearoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-Based Liposomes Are Superior to Fluid Phase Liposomes at Augmenting Both Antigen Presentation on Major Histocompatibility Complex Class II and Costimulatory Molecule Display by Dendritic Cells in Vitro. ACS Infectious Diseases 5(11): 1867-1878. https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.9b00189.

Oller, J. W., Jr. (2010). The Antithesis of Entropy: Biosemiotic Communication from Genetics to Human Language with Special Emphasis on the Immune Systems. Entropy 12: 631-705. https://www.doi.org/10.3390/e12040631.

Palucka, A. K., Blanck, J. P., Bennett, L., Pascual, V,, Banchereau, J. (2005) Cross-regulation of TNF and IFN-αin Autoimmune Diseases. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 102: 3372-3377. https://doi.org/10.1073/pnas.0408506102.

Pellionisz, A. J. (2012). The Decade of Fractogene: From Discovery to Utility -Proofs of Concept Open Genome-Based Clinical Applications. International Journal of Systemics, Cybernetics and Informatics 12-02: 17-28. http://www.junkdna.com/pellionisz_decade_of_fractogene.pdf.

Peron, J. P. S. & Nakaya, H. (2020). Susceptibility of theElderly to SARS-CoV-2 Infection: ACE-2 Overexpression, Shedding, and Antibody-dependent Enhancement (ADE). Clinics (Sao Paulo) 75: e1912. https://doi.org/10.6061/clinics/2020/e1912.

Pittoggi, C., Beraldi, R., Sciamanna, I., Barberi, L., Giordano, R., Magnano, A. R.& Spadafora C (2006). Generation of Biologically Active Retro-genes upon Interaction of Mouse Spermatozoa with Exogenous DNA. Molecular Reproduction and Development 73(10): 1239-46. https://doi.org/10.1002/mrd.20550.

Povsic, T. J., Lawrence, M. G., Lincoff, A. M., Mehran, R., Rusconi, C. P. … REGULATE-PCI Investigators. (2016). Pre-existing Anti-PEG Antibodies are Associated with Severe Immediate Allergic Reactions to Pegnivacogin, a PEGylated Aptamer. Journal of Allergy and Clinical Immunology 138(6): 1712-1715. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2016.04.058.

Pray, L. (2008) Transposons, or Jumping Genes: Not Junk DNA? Nature Education 1(1): 32. https://www.nature.com/scitable/topicpage/transposons-or-jumping-genes-not-junk-dna-1211/.

Prusiner, S. B. (1982). Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie Science 216(4542): 136-44. https://www.doi.org/10.1126/science.6801762.

Puga, I., Cols, M., Barra, C. M., He, B.,Cassis, L., Gentile, M. … Cerutti, A. (2011). B Cell-helper Neutrophils Stimulate the Diversification and Production of Immunoglobulin in the Marginal Zone of the Spleen. Natural Immunology 13(2): 170-80. https://doi.org/10.1038/ni.2194.

Pushparajah, D., Jimeneza, S., Wong, S., Alattas, H., Nafissi, N. & Slavcev, R. A. (2021) Advances in Gene-Based Vaccine Platforms to Address the COVID-19 Pandemic. Advanced Drug Delivery Reviews 170: 113-141. https://doi.org/10.1016/j.addr.2021.01.003.

Rico-Campà, A., Martínez-González, M. A., Alvarez-Alvarez, I., de Deus Mendonça, R., de la Fuente-Arrillaga, C., Gómez-Donoso, C. & Bes-Rastrollo, M. (2019). Association Between Consumption of Ultra-Processed Foods and All Cause Mortality: SUN Prospective Cohort Study. Journal of Infection and Public Health 13(10): 1373-1380. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31142450/

Rocha, E. P. C., & Danchin, A. (2002). Base composition bias might result from competition for metabolic resources. Trends in Genetics, 18(6), 291–294. https://doi.org/10.1016/S0168-9525(02)02690-2

Sarohan, A. R. (2020). COVID-19: Endogenous Retinoic Acid Theory and Retinoic Acid Depletion Syndrome. Medical Hypotheses 144: 110250. https://www.doi.org/10.1016/j.mehy.2020.110250.

Schiaffino, M. T., Di Natale, M., García-Martínez, E., Navarro, J., Muñoz-Blanco, J. L., Demelo-Rodríguez, P., & Sánchez-Mateos, P. (2020). Immunoserologic Detection and Diagnostic Relevance of Cross-reactive Autoantibodies in Coronavirus Disease 2019 Patients.The Journal of Infectious Diseases,222(9), 1439-1443. https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa485.

Schlake, T., Thess, A., Fotin-Mleczek, M. & Kallen, K.-J. (2012). Developing mRNA-vaccine technologies, RNA Biology 9: 1319–1330. https://doi.org/10.4161/rna.22269.

Sellaturay, P., Nasser, S., & Ewan, P. (2020). Polyethylene Glycol (PEG)-Induced Anaphylactic Reaction During Bowel Preparation. ACG Case Reports Journal 2(4) 216-217. https://doi.org/10.14309/crj.2015.63.

Sellaturay, P., Nasser, S., & Ewan, P. (2020). Polyethylene Glycol–Induced Systemic Allergic Reactions (Anaphylaxis). The Journal of Allergy and Clinical Immunology: In Practice 9(2): 670-675. https://doi.org/10.1016/j.jaip.2020.09.029.

Shaw, C.A. (2021). The Age of COVID-19: Fear, Loathing, and the New Normal. International Journal of Vaccine Theory, Practice, and Research 1: 98-142. https://ijvtpr.com/index.php/IJVTPR/article/view/11.

Shukla, R., Ramasamy, V., Shanmugam, R. K., Ahuja, R. & Khanna, N. (2020). Antibody-Dependent Enhancement: A Challenge for Developing a Safe Dengue Vaccine. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 10: 572681. https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.572681.

Slimani, Y., Abbassi, R., El Fatoiki, F. Z., Barrou, L., & Chiheb, S. (2021). Systemic Lupus Erythematosus and Varicella‐Like Rash Following COVID‐19 in a Previously Healthy Patient.Journal of Medical Virology93(2): 1184-1187. https://doi.org/10.1002/jmv.26513.

Steele, E. J., Gorczynski, R. M., Lindley, R. A., Liu, Y., Temple, R., Tokoro, G., … Wickramasinghe, , N. C. (2019). Lamarck and Panspermia -On the Efficient Spread of Living Systems Throughout the Cosmos. Progress in Biophysics and Molecular Biology 149: 10-32. https://doi.org/10.1016/j.pbiomolbio.2019.08.010.

Steiner, J. A., Angot, E., and Brundin, P. (2011). A Deadly Spread: Cellular Mechanisms of α-Synuclein Transfer. Cell Death and Differentiation 18: 1425-1433. https://www.doi.org/10.1038/cdd.2011.53.

Stokes, A., Pion, J., Binazon, O., Laffont, B., Bigras, M., Dubois, G. … Rodriguez L.-A. (2020). Nonclinical Safety Assessment of Repeated Administration and Biodistribution of a Novel Rabies Self-amplifying mRNA Vaccine in Rats. Regulatory Toxicology and Pharmacology 113: 104648. https://doi.org/10.1016/j.yrtph.2020.104648.

Su, J. R., Moro, P. L., Ng, C. S., Lewis, P. W., Said, M. A., & Cano, M.V. (2019). Anaphylaxis after vaccination reported to theVaccine Adverse Event Reporting System, 1990-2016.Journal of Allergy and Clinical Immunology 143(4): 1465-1473. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2018.12.1003.

Sun, R.-J. & Shan, N.-N. (2019). Megakaryocytic Dysfunction in Immune Thrombocytopenia is Linked to Autophagy Cancer Cell International 19: 59. https://doi.org/10.1186/s12935-019-0779-0.

Suzuki, Y. J. & Gychka, S. G. (2021). SARS-CoV-2 Spike Protein Elicits Cell Signaling in Human Host Cells: Implications for Possible Consequences of COVID-19 Vaccines. Vaccines 9: 36. https://doi.org/10.3390/vaccines9010036.

Suzuki, Y. J. (2020). The Viral Protein Fragment Theory of COVID-19 Pathogenesis. Medical Hypotheses 144: 110267. https://doi.org/10.1016/j.mehy.2020.110267.

Suzuki, Y. J., Nikolaienko, S. I., Dibrova, V. A., Dibrova, Y. V., Vasylyk, V. M., Novikov, M. Y. … Gychka, S. G. (2021). SARS-CoV-2 Spike Protein-Mediated Cell Signaling in Lung Vascular Cells. Vascular Pharmacology 137: 106823. https://doi.org/10.1016/j.vph.2020.106823.

Suzuki, Y.J., Nikolaienko, S.I., Dibrova, V.A., Dibrova, Y.V., Vasylyk, V.M., Novikov, M.Y. … Gychka, S.G. (2020). SARS-CoV-2 Spike Protein-Mediated Cell Signaling in Lung Vascular Cells. Vascular Pharmacology 137: 106823. https://www.doi.org/10.1016/j.vph.2020.106823.

Takada, A., Feldmann, H., Ksiazek, T. G. & Kawaoka, Y. (2003). Antibody-Dependent Enhancement of Ebola Virus Infection. Virology 77(13): 7539-7544. https://doi.org/10.1128/JVI.77.13.7539-7544.2003.

Temin, H. M. and Mizutani, S. (1970). RNA-dependent DNA polymerasein virions of Rous Sarcoma Virus. Nature 226: 1211–3. https://www.doi.org/10.1038/2261211a0.

Tetz, G. and Tetz, V. (2020). SARS-CoV-2 Prion-Like Domains in Spike Proteins Enable Higher Affinity to ACE2. Preprints 2020030422. https://www.doi.org/10.20944/preprints202003.0422.v1.

Tetz, G. and Tetz, V (2018). Prion-like Domains in Eukaryotic Viruses. Scientific Reports 8: 8931. https://doi.org/10.1038/s41598-018-27256-w.

U.S. Department of Health and Human Services, Food and Drug Administration. Center for Biologics Evaluation and Research. (2020, June) Development and Licensure of Vaccines to Prevent COVID-19 Guidance for Industry. Retrieved February 11, 2021 from https://www.fda.gov/regulatory-information/search-fda-guidance-documents/development-and-licensure-vaccines-prevent-covid-19.

US Food and Drug Administration (2021). Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine EUA Fact Sheet for Healthcare Providers Administering Vaccine (Vaccination Providers). https://www.fda.gov/media/144413

Verma, S., Saksena, S. & Sadri-Ardekani, H. (2020). ACE2 Receptor Expression in Testes: Implications in Coronavirus Disease 2019 Pathogenesis. Biology of Reproduction 103(3): 449-451. https://doi.org/10.1093/biolre/ioaa080.

Vlachoyiannopoulos, P. G., Magira, E., Alexopoulos, H., Jahaj, E., Theophilopoulou, K., Kotanidou, A., & Tzioufas, A. G. (2020). Autoantibodies Related to Systemic Autoimmune Rheumatic Diseases in Severely IllPatients with COVID-19.Annals of the Rheumatic Diseases79(12): 1661-1663. http://dx.doi.org/10.1136/annrheumdis-2020-218009.

Vaidya, M. and Sugaya, K (2020). DNA Associated with Circulating Exosomes as a Biomarker for Glioma. Genes 11: 1276. https://www.doi.org/10.3390/genes11111276.

Vojdani, A., & Kharrazian, D. (2020). Potential Antigenic Cross-Reactivity Between SARS-CoV-2 and Human Tissue with a Possible Link to an Increase in Autoimmune Diseases.Clinical Immunology (Orlando, Fla.)217: 108480. https://doi.org/10.1016/j.clim.2020.108480.

Vojdani, A., Vojdani, E., & Kharrazian, D. (2021). Reaction of Human Monoclonal Antibodies to SARS-CoV-2 Proteins with Tissue Antigens: Implications for Autoimmune Diseases. Frontiers in Immunology 11: 3679. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.617089.

Wadhwa, A., Aljabbari, A., Lokras, A., Foged, C. & Thakur, A. (2020). Opportunities and Challenges in the Delivery of mRNA-based Vaccines. Pharmaceutics 12(2): 102. https://doi.org/10.3390/pharmaceutics12020102.

Wallukat, G., Hohberger, B., Wenzel, K.,Fürst, J.,Schulze-Rothe, S., Wallukat, A. … Müller, J. (2021). Functional Autoantibodies against G-protein CoupledReceptors in Patients with Persistent Post-COVID-19 Symptoms. Journal of Translational Autoimmunity 4: 100100. https://doi.org/10.1016/j.jtauto.2021.100100.

Walter, U., Tsiberidou, P., Kersten, M., Storch, A., and Lohle, M. (2018). Atrophy of the Vagus Nerve in Parkinsons Disease Revealed by High-resolution Ultrasonography. Frontiers in Neurology 9:805. https://www.doi.org/10.3389/fneur.2018.00805.

Wan, Y., Shang, J., Sun, S., Tai, W., Chen, J., Geng, Q., … & Li, F. (2020). Molecular Mechanism for Antibody-Dependent Enhancement of Coronavirus Entry. Journal of virology, 94(5). https://doi.org/10.1128/JVI.02015-19.

Wang, C.-Y., Ma, S., Bi, S.-J., Su,L., Huang, S.-Y. … Peng, J. (2019). Enhancing Autophagy Protects Platelets in Immune Thrombocytopenia Patients. Ann Transl Med 7(7): 134. https://doi.org/10.21037/atm.2019.03.04.

Wang, Z., Troilo, P. J., Wang, X., Griffiths, T.G. II, Pacchione, S. J., Barnum, A. B., … Ledwith, B. J. (2004). Detectionof integration of plasmid DNA into host genomic DNA following intramuscular injection and electroporation. Gene Therapy 11: 711-721. https://doi.org/10.1038/sj.gt.3302213.

Wang, Z.& Xu, X. (2020). ScRNA-seq Profiling of Human Testes Reveals the Presence of the ACE2 Receptor, a Targetfor SARS-CoV-2 Infection in Spermatogonia, Leydig and Sertoli Cells. Cells 9: 920. https://doi.org/10.3390/cells9040920.

Weickenmeier, J., Jucker, M., Goriely, A., and Kuhl, E. (2019). A Physics-based Model Explains the Prion-like Features of Neurodegeneration in Alzheimer’s Disease, Parkinson’s Disease, and Amyotrophic Lateral Sclerosis. Journal of the Mechanics and Physics of Solids 124: 264-281. https://doi.org/10.1016/j.jmps.2018.10.013.

Weiner, A. M. (2002). SINEs and LINEs: the Art of Biting the Hand that Feeds You. Current Opinions in Cell Biology 14(3): 343-50. https://doi.org/10.1016/s0955-0674(02)00338-1.

Wikipedia contributors. (2021, February 13). ELISA. Retrieved February 16, 2021, from Wikipedia, The Free Encyclopedia. https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=ELISA&oldid=1006455262.

World Health Organization (2021, January 19). mRNA-1273 Vaccine (Moderna) Against COVID-19 Background Document: Draft Prepared by the Strategic Advisory Group of Experts (SAGE) on Immunization Working Group on COVID-19 vaccines. No. WHO/2019-nCoV/vaccines/mRNA-1273/2021.1. https://policycommons.net/artifacts/1424630/mrna-1273-vaccine-moderna-against-covid-19-background-document/

World Health Organization. (2021, January 14). Background document on mRNA vaccine BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) against COVID-19. License: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. https://apps.who.int/iris/handle/10665/338671.

Wrapp, D., Wang, N., Corbett, K. S., Goldsmith, J. A., Hsieh, C.-L., Abiona, O. … Graham, B. S. (2020). Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation. Science 2020; 367: 1260-3. https://doi.org/10.1126/science.abb2507.

Wu, F., Yan, R., Liu, M., Liu, Z., Wang, Y., Luan, D., … Huang, J. (2020). Antibody-Dependent Enhancement (ADE) of SARS-CoV-2 Infection in Recovered COVID-19 Patients: Studies Based on Cellular and Structural Biology Analysis. medRxiv preprint. https://doi.org/10.1101/2020.10.08.20209114.

Wylon, K. Sabine Dölle, S., & Margitta Worm, M. (2016). Polyethylene Glycol as a Cause of Anaphylaxis. Allergy, Asthma & Clinical Immunology 12(1): 1-3. https://doi.org/10.1186/s13223-016-0172-7.

Xu, S., Yang, K., Li, R. & Zhang, L. (2020) mRNA Vaccine Era –Mechanisms, Drug Platform and Clinical Prospection. International Journal of Molecular Science 21(18): 6582. https://doi.org/10.3390/ijms21186582.

Yang, Q. & Lai, S. K. (2015). Anti‐PEG Immunity: Emergence, Characteristics, and Unaddressed Questions. Wiley Interdisciplinary Reviews: Nanomedicine and Nanobiotechnology 7(5): 655-677. https://doi.org/10.1002/wnan.1339.

Young, R., Bekele, T., Gunn, A., Chapman, N., Chowdhary, V., Corrigan, K., … Yamey, G. (2018). Developing New Health Technologies for Neglected Diseases: A Pipeline Portfolio Review and Cost Model. Gates Open Res 2:23. https://doi.org/10.12688/gatesopenres.12817.2.

Zaman, M. (2021). COVID Vaccine Booster Shots Are Coming —Here’s What to Know. https://www.msn.com/en-us/health/medical/covid-vaccine-booster-shots-are-coming-here-s-what-to-know/ar-BB1foY4s. Accessed 5/1/2021.

Zamani, B., Moeini Taba, S.-M. & Shayestehpour, M. (2021). Systemic Lupus Erythematosus Manifestation Following COVID-19: A Case Report. Journal of Medical Case Reports15(1): 1-4. https://doi.org/10.1186/s13256-020-02582-8.

Zeng, C., Zhang, C, Walker, P. G. & Dong, Y. (2020). Formulation and Delivery Technologies for mRNA Vaccines. Current Topics in Microbiology and Immunology June 2. [Epub ahead of print]. https://doi.org/10.1007/82_2020_217.

Zhang, L., Richards, A., Barrasa, M, I., Hughes, S. H., Young, R. A. & Jaenisch, R. (2021). Reverse-transcribed SARS-CoV-2 RNA can Integrate into the Genome of Cultured Human Cells and can be Expressed in Patient-derived Tissues. Proceedings of the National Academy of Sciences 118(21): e2105968118. https://doi.org/10.1073/pnas.2105968118.

Zhang, X. W. & Yap, Y. L. (2004). The 3D Structure Analysis of SARS-CoV S1 Protein Reveals a Link to Influenza Virus Neuraminidase and Implications for Drug and Antibody Discovery. Theochemistry 681(1): 137-141. https://doi.org/10.1016/j.theochem.2004.04.065.

Zhou, Z.-H., Stone, C. A., Jr., Jakubovic, B., Phillips, E. J., Sussman, G., Park, J.-M. … Kozlowski, S. (2020). Anti-PEG IgE in Anaphylaxis Associated with Polyethylene Glycol. The Journal of Allergy and Clinical Immunology in Practice ;9(4): 1731-1733.e3. https://doi.org/10.1016/j.jaip.2020.11.011.

Zimmer, C., Corum, J., Wee, S.-L. Coronavirus Vaccine Tracker. New York Times. Updated Jan. 28, 2021. https://www.nytimes.com/interactive/2020/science/coronavirus-vaccine-tracker.html.

Zuo, Y., Estes, S. K., Ali, R. A., Gandhi, A. A., Yalavarthi, S., Shi, H., … & Knight, J. S. (2020). Prothrombotic Autoantibodies in Serum from Patients Hospitalized with COVID-19. Science Translational Medicine, 12(570): eabd3876. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.abd3876.

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